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- PDB-5upb: Swit_4259, an Acetoacetate Decarboxylase-like Enzyme from Sphingo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5upb
タイトルSwit_4259, an Acetoacetate Decarboxylase-like Enzyme from Sphingomonas wittichii RW1
要素Acetoacetate decarboxylase
キーワードLYASE / Acetoacetate Decarboxylase-like Enzyme
機能・相同性Acetoacetate decarboxylase / Acetoacetate decarboxylase domain superfamily / Acetoacetate decarboxylase (ADC) / carboxy-lyase activity / Acetoacetate decarboxylase
機能・相同性情報
生物種Sphingomonas wittichii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.912 Å
データ登録者Mydy, L.S. / Silvaggi, N.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1157392 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Swit_4259, an acetoacetate decarboxylase-like enzyme from Sphingomonas wittichii RW1.
著者: Mydy, L.S. / Mashhadi, Z. / Knight, T.W. / Fenske, T. / Hagemann, T. / Hoppe, R.W. / Han, L. / Miller, T.R. / Schwabacher, A.W. / Silvaggi, N.R.
履歴
登録2017年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年9月27日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.32017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.42017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.52019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetoacetate decarboxylase
B: Acetoacetate decarboxylase
C: Acetoacetate decarboxylase
D: Acetoacetate decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8974
ポリマ－110,8974
非ポリマー00
水7,710428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19630 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area32740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.040, 75.040, 179.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 20 through 33 or (resid 34...
21(chain B and (resid 20 through 33 or (resid 34...
31(chain C and (resid 20 through 33 or (resid 34...
41(chain D and (resid 20 through 33 or (resid 34...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALALEULEU(chain A and (resid 20 through 33 or (resid 34...AA20 - 3319 - 32
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 20 through 33 or (resid 34...AA3433
13ALAALALEULEU(chain A and (resid 20 through 33 or (resid 34...AA4 - 2593 - 258
14ALAALALEULEU(chain A and (resid 20 through 33 or (resid 34...AA4 - 2593 - 258
15ALAALALEULEU(chain A and (resid 20 through 33 or (resid 34...AA4 - 2593 - 258
16ALAALALEULEU(chain A and (resid 20 through 33 or (resid 34...AA4 - 2593 - 258
21ALAALALEULEU(chain B and (resid 20 through 33 or (resid 34...BB20 - 3319 - 32
22ARGARGARGARG(chain B and (resid 20 through 33 or (resid 34...BB3433
23ALAALALEULEU(chain B and (resid 20 through 33 or (resid 34...BB4 - 2593 - 258
24ALAALALEULEU(chain B and (resid 20 through 33 or (resid 34...BB4 - 2593 - 258
25ALAALALEULEU(chain B and (resid 20 through 33 or (resid 34...BB4 - 2593 - 258
26ALAALALEULEU(chain B and (resid 20 through 33 or (resid 34...BB4 - 2593 - 258
31ALAALALEULEU(chain C and (resid 20 through 33 or (resid 34...CC20 - 3319 - 32
32ARGARGARGARG(chain C and (resid 20 through 33 or (resid 34...CC3433
33ALAALALEULEU(chain C and (resid 20 through 33 or (resid 34...CC2 - 2591 - 258
34ALAALALEULEU(chain C and (resid 20 through 33 or (resid 34...CC2 - 2591 - 258
35ALAALALEULEU(chain C and (resid 20 through 33 or (resid 34...CC2 - 2591 - 258
36ALAALALEULEU(chain C and (resid 20 through 33 or (resid 34...CC2 - 2591 - 258
41ALAALALEULEU(chain D and (resid 20 through 33 or (resid 34...DD20 - 3319 - 32
42ARGARGARGARG(chain D and (resid 20 through 33 or (resid 34...DD3433
43ALAALAGLUGLU(chain D and (resid 20 through 33 or (resid 34...DD2 - 2571 - 256
44ALAALAGLUGLU(chain D and (resid 20 through 33 or (resid 34...DD2 - 2571 - 256
45ALAALAGLUGLU(chain D and (resid 20 through 33 or (resid 34...DD2 - 2571 - 256
46ALAALAGLUGLU(chain D and (resid 20 through 33 or (resid 34...DD2 - 2571 - 256

-
要素

#1: タンパク質
Acetoacetate decarboxylase


分子量: 27724.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas wittichii (バクテリア)
株: RW1 / DSM 6014 / JCM 10273 / 遺伝子: Swit_4259 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5VE83
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.45 % / 解説: Long, hexagonal rods
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 12% PEG 10000, 0.1M Tris pH 8.0, 0.3M ammonium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→44.96 Å / Num. obs: 87644 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/av σ(I): 6.8 / Net I/σ(I): 13.92
反射 シェル解像度: 1.91→1.95 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4465 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11_2567精密化
MOSFLM7.0.7データ削減
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZBO, 4JM3

4zbo

4jm3


解像度: 1.912→44.064 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.62 / 位相誤差: 23.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2011 5983 3.44 %
Rwork0.1716 167702 -
obs0.1726 173685 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.5 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 398.65 Å2 / Biso mean: 53.1377 Å2 / Biso min: 20.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.912→44.064 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7752 0 0 428 8180
Biso mean---45.25 -
残基数----1021
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117965
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17610863
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081423
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3024595
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5223X-RAY DIFFRACTION7.254TORSIONAL
12B5223X-RAY DIFFRACTION7.254TORSIONAL
13C5223X-RAY DIFFRACTION7.254TORSIONAL
14D5223X-RAY DIFFRACTION7.254TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9115-1.97990.30715610.2737160601662195
1.9799-2.05910.27495930.2386167361732999
2.0591-2.15280.24866060.2154167991740599
2.1528-2.26630.22296150.1857168011741699
2.2663-2.40830.21175940.17441689717491100
2.4083-2.59420.22245780.1771689817476100
2.5942-2.85530.21966000.17771684417444100
2.8553-3.26830.19266190.17111694417563100
3.2683-4.11730.19626040.15991691017514100
4.1173-44.07590.16566130.1498168131742699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.58270.0674-0.57471.01560.31832.09710.2004-0.47410.072-0.01970.0499-0.386-0.99040.63-0.30630.4958-0.1303-0.02530.4826-0.07090.52763.14313.66594.021
22.18610.107-0.0011.66080.90921.51920.02360.1511-0.01130.1307-0.20560.06380.03270.36370.16440.2591-0.0199-0.00240.35050.02750.2-4.2855-7.278920.5171
32.70250.979-1.57574.3232-1.75534.8309-0.2659-0.1961-0.34560.136-0.0155-0.76190.68570.33350.21970.40830.08790.04850.30010.02620.52489.0026-19.653214.6197
41.4439-1.39840.31061.7083-0.14081.61860.01640.10120.24670.3353-0.2584-0.2102-0.21290.16680.21710.2043-0.0608-0.03920.2396-0.0050.2845-5.94646.111715.4624
51.1369-0.2882-0.16830.76270.14531.2095-0.0143-0.208-0.07790.0925-0.053-0.11760.20150.10540.02410.239-0.0260.00530.2996-0.02090.2726-5.2937-5.078815.7454
60.83710.2724-0.39460.3293-0.04622.02180.025-0.1052-0.1058-0.0064-0.03530.04090.370.04760.10670.3283-0.03260.03620.2353-0.01610.3064-13.2729-12.946215.1726
70.98940.3247-0.49620.56390.31542.00460.0446-0.0008-0.05850.0298-0.0838-0.1657-0.08080.42690.07010.25110.05220.01480.3634-0.01020.30659.3049-5.557511.1397
80.6070.0561-0.05631.24890.36531.0999-0.1078-0.1407-0.15780.04290.1064-0.06460.28910.09830.00050.3252-0.01910.01280.26010.00370.2595-6.6147-7.798825.068
90.9057-0.4190.08450.20580.06530.89840.0149-0.0694-0.11140.0243-0.0079-0.10920.29680.2082-0.01130.3818-0.02280.02630.31530.00370.33860.6001-10.928115.2116
100.4249-0.4630.37890.76980.29291.83010.02560.1214-0.0729-0.0678-0.0452-0.20180.41960.46420.0180.3330.09590.04230.4769-0.03480.4005-0.0225-4.282-9.6955
116.7738-1.93372.4115.5694-2.26185.9544-0.38560.26370.9781-0.16770.1408-0.6817-1.12730.12710.05950.5614-0.0851-0.00460.40710.02570.46185.405221.2792-12.9985
121.02540.3482-0.22260.59280.36041.7951-0.06090.077-0.1752-0.1597-0.1072-0.36280.21630.16040.14330.28370.05290.05370.28090.01420.2806-4.0284-1.6725-13.4972
131.24840.0892-0.32860.77180.27951.4647-0.06660.25050.0412-0.14520.0274-0.1148-0.04050.08890.0150.30850.01190.02180.3238-0.01920.2667-7.54943.8848-13.7697
140.5925-0.01170.09180.22150.01751.2890.06530.1670.1342-0.1426-0.061-0.0167-0.1497-0.1883-0.01950.31120.0784-0.00330.3321-0.01120.2686-15.318411.3792-12.9879
151.2391-0.51361.26930.37370.05522.71590.0309-0.02160.0526-0.1473-0.0311-0.1581-0.0310.26690.10270.295-0.03570.04260.3959-0.00920.3288.21417.2761-9.2533
160.6071-0.3899-0.10491.21160.39880.8503-0.01560.22810.0629-0.0638-0.04060.0532-0.1067-0.13590.0360.35060.01890.00770.35870.01290.2632-8.29787.201-23.0565
170.57750.3603-0.0540.25960.10781.4975-0.0251-0.00130.2326-0.12520.0444-0.1012-0.34940.2236-0.01440.35860.00210.01520.3029-0.0050.3267-1.282111.4063-13.2138
180.83430.51580.19110.31390.01781.9655-0.0223-0.1548-0.09670.1335-0.1990.22310.3253-0.61570.15740.2678-0.09580.07320.5282-0.09950.3998-32.7415-1.319213.0891
192.74811.30781.40313.37591.19991.37180.0695-0.01820.3688-0.0322-0.05040.3712-0.3254-0.6699-0.02360.31880.2149-0.06850.7689-0.0070.6947-41.466821.58967.1318
201.6338-0.8115-0.14092.3454-0.95231.974-0.06-0.2244-0.1044-0.0277-0.03920.3398-0.0036-0.59590.03630.2694-0.03660.01920.4861-0.09080.3589-29.54033.219816.6486
211.6935-0.42260.21031.3528-0.34141.0580.056-0.0817-0.01070.027-0.12840.16320.0537-0.42390.09620.2209-0.04360.00110.4274-0.08650.283-28.90080.990114.2318
220.85260.2639-0.12390.6582-0.40430.2462-0.0732-0.10370.2580.11680.01110.28550.0032-0.58670.03710.24150.0130.01410.5759-0.09930.3667-32.41376.08419.5877
232.0456-2.28010.59742.7761-0.69950.1959-0.1696-0.19880.39820.45950.0812-0.4101-0.4428-0.07020.05710.3844-0.0549-0.0630.3708-0.07020.37-8.98511.885225.1762
241.2026-0.16460.05090.82520.14821.22410.0848-0.10750.20580.1585-0.0962-0.0535-0.306-0.35710.00440.27490.0196-0.01620.3368-0.05990.2791-19.678415.292710.0228
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271.939-0.13970.05121.4201-0.39592.2579-0.0995-0.28840.23630.4084-0.01870.2338-0.2731-0.68540.11050.2880.04290.03790.4624-0.12230.3624-26.293113.774721.1733
280.8704-0.39990.45350.1936-0.14441.19610.02640.00250.06890.0347-0.0660.0381-0.1587-0.43-00.28830.05360.00480.5203-0.09250.376-33.482813.404210.757
290.43160.11560.57930.33661.00963.1349-0.12910.37180.111-0.35490.20210.1306-0.4802-1.08480.00170.35530.0627-0.03680.8351-0.02450.4346-38.09419.0366-6.3684
301.47680.7931-0.47792.0064-0.00210.9141-0.07640.2381-0.1261-0.2416-0.10570.4460.6108-0.89190.00360.4883-0.30020.03390.6761-0.18140.3919-32.0396-16.2303-10.7452
311.38470.5809-0.33011.8184-0.09820.7961-0.00120.2949-0.0582-0.1772-0.15120.14710.2355-0.67120.04660.343-0.0718-0.00850.5314-0.12420.2719-27.7917-3.511-11.6744
320.2619-0.47420.19720.7972-0.36490.1651-0.08520.2816-0.2475-0.0929-0.07720.22780.423-0.69230.11610.3328-0.16050.02790.5803-0.14670.3151-29.4483-9.606-8.4334
330.7877-0.12730.54491.20030.02770.55880.010.1448-0.2327-0.2673-0.1989-0.06490.8004-0.15620.16260.5662-0.06540.09550.3116-0.08870.3528-14.5705-16.7195-12.4317
340.4439-0.1808-0.01960.8608-0.25570.1444-0.05710.0211-0.201-0.53220.30120.01610.1438-0.13420.15190.546-0.3376-0.01260.8965-0.25350.4161-36.3542-16.423-13.3387
350.2795-0.3552-0.11820.4942-0.08091.9236-0.28430.2573-0.2196-0.30390.19060.3210.1683-0.66430.23760.3407-0.20870.01320.9474-0.14860.444-47.0795-6.82914.1033
361.49020.2691-0.55891.2514-0.65212.2111-0.12530.4399-0.1982-0.4871-0.19340.04210.8032-0.42510.32320.5351-0.14160.04170.4542-0.16590.3323-24.6446-16.8357-18.4615
372.1157-0.1001-0.02410.89581.74824.15130.1548-0.3365-0.328-0.1163-0.2441-0.12360.9879-0.3586-0.00890.6184-0.21770.11190.4041-0.05720.4491-26.0557-22.7222.5616
381.93350.8236-0.85841.5801-0.1450.4232-0.0770.27520.0756-0.1943-0.00920.01050.4726-0.8845-0.00910.5523-0.1846-0.0250.7391-0.18420.313-33.8034-14.1294-15.6241
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 21 )A4 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 35 )A22 - 35
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 36 through 53 )A36 - 53
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 54 through 80 )A54 - 80
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 81 through 146 )A81 - 146
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 147 through 169 )A147 - 169
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 170 through 203 )A170 - 203
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 204 through 222 )A204 - 222
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 223 through 259 )A223 - 259
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 4 through 34 )B4 - 34
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 35 through 53 )B35 - 53
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 54 through 93 )B54 - 93
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 94 through 146 )B94 - 146
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 147 through 169 )B147 - 169
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 170 through 203 )B170 - 203
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 204 through 222 )B204 - 222
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 223 through 259 )B223 - 259
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 2 through 34 )C2 - 34
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 35 through 53 )C35 - 53
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 54 through 69 )C54 - 69
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 70 through 93 )C70 - 93
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 94 through 131 )C94 - 131
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 132 through 146 )C132 - 146
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 147 through 169 )C147 - 169
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 170 through 187 )C170 - 187
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 188 through 203 )C188 - 203
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 204 through 222 )C204 - 222
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 223 through 259 )C223 - 259
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 2 through 21 )D2 - 21
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 22 through 69 )D22 - 69
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 70 through 92 )D70 - 92
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 93 through 135 )D93 - 135
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 136 through 169 )D136 - 169
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 170 through 187 )D170 - 187
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 188 through 202 )D188 - 202
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 203 through 222 )D203 - 222
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 223 through 236 )D223 - 236
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 237 through 257 )D237 - 257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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