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- PDB-5umh: Crystal Structure of Catechol 1,2-dioxygenase protein from Burkho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5umh
タイトルCrystal Structure of Catechol 1,2-dioxygenase protein from Burkholderia multivorans
要素Catechol 1,2-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / DIOXYGENASE / AROMATIC HYDROCARBON DEGRADATION / ALPHA/BETA FOLD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol-containing compound catabolic process / catechol 1,2-dioxygenase / catechol 1,2-dioxygenase activity / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Catechol 1,2-dioxygenase, proteobacteria / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase ...Catechol 1,2-dioxygenase, proteobacteria / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PG6 / catechol 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia multivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Catechol 1,2-dioxygenase protein, from Burkholderia multivorans ATCC 17616
著者: Delker, S.L. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol 1,2-dioxygenase
B: Catechol 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,72319
ポリマ－69,0372
非ポリマー1,68617
水20,3571130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11730 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area25420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.220, 52.330, 121.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.150, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Catechol 1,2-dioxygenase / BumuA.00117.a.B1


分子量: 34518.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (strain ATCC 17616 / 249) (バクテリア)
株: ATCC 17616 / 249 / 遺伝子: catA / プラスミド: BumuA.00117.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3KXJ8, catechol 1,2-dioxygenase

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非ポリマー , 7種, 1147分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MCSG1 A12: 0.2 M Calcium Chloride 0.1 M Tris:HCl, pH 8.5 25 % (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月26日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→31.148 Å / Num. obs: 157491 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.713 % / Biso Wilson estimate: 13.21 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.987 / Net I/σ(I): 11.27 / Num. measured all: 584776 / Scaling rejects: 17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.35-1.393.6720.512.39115970.8330.699.9
1.39-1.423.6820.3963.01113840.8970.46599.9
1.42-1.463.690.3363.59110180.9170.39599.9
1.46-1.513.7040.2594.58107200.9430.30499.8
1.51-1.563.720.2065.74104030.9620.24299.7
1.56-1.613.7280.1736.81100360.970.20399.7
1.61-1.673.7270.1428.0496980.9790.16699.5
1.67-1.743.7380.1159.7693460.9860.13499.4
1.74-1.823.7340.09611.4588700.9890.11399.2
1.82-1.913.7420.08712.7785590.990.10299.2
1.91-2.013.6980.07415.2580460.9910.08798.9
2.01-2.133.7320.06417.6676730.9930.07598.7
2.13-2.283.670.06318.1672100.9920.07498.8
2.28-2.463.7510.05619.8567230.9930.06699.1
2.46-2.73.7550.05321.1562140.9930.06299.5
2.7-3.023.7670.05222.2656650.9940.0699.5
3.02-3.493.7660.0523.3250350.9950.05899.6
3.49-4.273.720.0523.5842110.9940.05999.3
4.27-6.043.6710.0523.7333000.9930.05999.2
6.04-31.1483.4180.0522.7517830.9920.05994.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2621精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1dmh

1dmh


解像度: 1.35→31.148 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1631 2022 1.28 %
Rwork0.1296 --
obs0.13 157467 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 66.01 Å2 / Biso mean: 20.3962 Å2 / Biso min: 8.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→31.148 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4673 0 106 1161 5940
Biso mean--44.06 33.42 -
残基数----617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075219
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9327110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09770
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007955
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8852006
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.35-1.38370.28091360.20271108811224100
1.3837-1.42110.19871300.17571105911189100
1.4211-1.4630.17851140.15761111711231100
1.463-1.51020.16291200.13631113811258100
1.5102-1.56410.15441590.12441105611215100
1.5641-1.62680.15131600.11691112311283100
1.6268-1.70080.15241660.1172110411120799
1.7008-1.79050.1661460.1162110601120699
1.7905-1.90260.17741550.1223110111116699
1.9026-2.04950.15741400.1218110791121999
2.0495-2.25570.16471550.1187110591121499
2.2557-2.5820.15891710.1259110671123899
2.582-3.25250.17041250.13151123811363100
3.2525-31.15670.15061450.1316113091145499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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