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- PDB-1ps0: Crystal Structure of the NADP(H)-Dependent Cinnamyl Alcohol Dehyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ps0
タイトルCrystal Structure of the NADP(H)-Dependent Cinnamyl Alcohol Dehydrogenase from Saccharomyces cerevisiae
要素Hypothetical zinc-type alcohol dehydrogenase-like protein in PRE5-FET4 intergenic region
キーワードOXIDOREDUCTASE / ADH TOPOLOGY / NADP(H)DEPENDENT
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylfurfural reductase (NADH) activity / hydroxymethylfurfural reductase (NADPH) activity / furaldehyde metabolic process / 3-methylbutanal reductase (NADPH) activity / 酸化還元酵素 / cinnamyl-alcohol dehydrogenase activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / alcohol metabolic process / aldehyde metabolic process ...hydroxymethylfurfural reductase (NADH) activity / hydroxymethylfurfural reductase (NADPH) activity / furaldehyde metabolic process / 3-methylbutanal reductase (NADPH) activity / 酸化還元酵素 / cinnamyl-alcohol dehydrogenase activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / alcohol metabolic process / aldehyde metabolic process / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily ...: / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADP-dependent alcohol dehydrogenase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Valencia, E. / Larroy, C. / Ochoa, W.F. / Pares, X. / Fita, I. / Biosca, J.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Apo and Holo Structures of an NADP(H)-dependent Cinnamyl Alcohol Dehydrogenase from Saccharomyces cerevisiae
著者: Valencia, E. / Larroy, C. / Ochoa, W.F. / Pares, X. / Fita, I. / Biosca, J.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of NADP(H)-dependent alcohol dehydrogenases from Saccharomyces cerevisiae and Rana perezi
著者: Valencia, E. / Rosell, A. / Larroy, C. / Farres, J. / Biosca, J.A. / Fita, I. / Pares, X. / Ochoa, W.F.
履歴
登録2003年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical zinc-type alcohol dehydrogenase-like protein in PRE5-FET4 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5444
ポリマ－39,6701
非ポリマー8743
水00
1
A: Hypothetical zinc-type alcohol dehydrogenase-like protein in PRE5-FET4 intergenic region
ヘテロ分子

A: Hypothetical zinc-type alcohol dehydrogenase-like protein in PRE5-FET4 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0878
ポリマ－79,3392
非ポリマー1,7486
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)102.132, 102.132, 149.717
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The biological assembly is a dimer generated by the crystallographic two fold axis: x, y, -z.

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical zinc-type alcohol dehydrogenase-like protein in PRE5-FET4 intergenic region / Ciannamyl Alcohol Dehydrogenase


分子量: 39669.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YMR318C (ADH6) / プラスミド: PYES2-YMR318C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ2168 / 参照: UniProt: Q04894
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2M ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 18496 / Num. obs: 18395 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.086

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.01→5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.298 1327 random
Rwork0.264 --
all0.2978 13635 -
obs0.2676 12308 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.842 Å2-14.658 Å20 Å2
2---12.842 Å20 Å2
3---25.684 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2780 0 50 0 2830
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3nadp_xplor.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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