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- PDB-5ulc: PLASMODIUM FALCIPARUM BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN PF10_0328 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ulc
タイトルPLASMODIUM FALCIPARUM BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN PF10_0328
要素Bromodomain protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / BROMODOMAIN / MALARIA / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMI CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Bromodomain-like / Ankyrin repeat region circular profile. / Histone Acetyltransferase; Chain A / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Bromodomain, conserved site ...: / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Bromodomain-like / Ankyrin repeat region circular profile. / Histone Acetyltransferase; Chain A / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Amaya, M.F. / Lam, A. / Ali, A. / Zhang, A.Z. / Kenzina, L. / Lin, Y.H. / MacKenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. ...Wernimont, A.K. / Amaya, M.F. / Lam, A. / Ali, A. / Zhang, A.Z. / Kenzina, L. / Lin, Y.H. / MacKenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Hui, R. / Walker, J.R. / Qiu, W. / Brand, V. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: PLASMODIUM FALCIPARUM BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN PF10_0328
著者: Wernimont, A.K. / Amaya, M.F. / Lam, A. / Ali, A. / Zhang, A.Z. / Kenzina, L. / Lin, Y.H. / MacKenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / ...著者: Wernimont, A.K. / Amaya, M.F. / Lam, A. / Ali, A. / Zhang, A.Z. / Kenzina, L. / Lin, Y.H. / MacKenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Hui, R. / Walker, J.R. / Qiu, W. / Brand, V. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2017年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2018年1月24日ID: 3FKM
改定 1.12018年1月24日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / pdbx_database_PDB_obs_spr
Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Bromodomain protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7741
ポリマ－19,7741
非ポリマー00
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.603, 88.265, 106.493
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain protein 1 / Bromodomain protein / putative


分子量: 19773.770 Da / 分子数: 1 / 断片: Bromodomain (UNP RESIDUES 333-480) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF10_0328, PF3D7_1033700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJ72
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 % / Mosaicity: 0.606 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 8% PEG 8000, 0.1 M Tris, Chymotrypsin, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 6593 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 45.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Χ2: 1.978 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 42091
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.495.60.1724841.344168.9
2.49-2.595.60.1755041.473172
2.59-2.75.70.1575921.723181.5
2.7-2.855.90.1466382.081189.5
2.85-3.026.10.1286662.163195.6
3.02-3.266.60.1297261.98199.3
3.26-3.5870.1257211.9821100
3.58-4.170.127292.2291100
4.1-5.1770.1127432.081100
5.17-506.60.1027902.148199.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RJF

2rjf


解像度: 2.4→33.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.354 / SU Rfree Blow DPI: 0.226
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 305 4.63 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.217 6593 90.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 147.86 Å2 / Biso mean: 66.27 Å2 / Biso min: 44.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.6808 Å20 Å20 Å2
2---30.2557 Å20 Å2
3---11.5749 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→33.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数970 0 0 33 1003
Biso mean---72.16 -
残基数----122
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d436SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes28HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes283HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1967HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion133SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2056SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1967HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3553HARMONIC3.50.58
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.69
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.68 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 80 5.41 %
Rwork0.179 1398 -
all0.182 1478 -
obs--73.46 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.1642 Å / Origin y: 20.7827 Å / Origin z: 41.1156 Å
111213212223313233
T-0.0953 Å2-0.0137 Å20.0174 Å2-0.18 Å2-0.0157 Å2---0.2349 Å2
L2.0659 °20.1553 °2-0.6612 °2-0.6108 °2-0.2894 °2--2.8273 °2
S0.0094 Å °0.207 Å °-0.1053 Å °0.0453 Å °-0.0449 Å °0.0723 Å °-0.2113 Å °0.0156 Å °0.0354 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { X|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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