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- PDB-5ul4: Structure of Cobalamin-dependent S-adenosylmethionine radical enz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ul4
タイトルStructure of Cobalamin-dependent S-adenosylmethionine radical enzyme OxsB with aqua-cobalamin and S-adenosylmethionine bound
要素OxsB protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / metalloprotein / cobalamin / radical SAM / S-adenosylmethionine / oxetanocin
機能・相同性
機能・相同性情報


4'-phospho-dehydrooxetanocin synthase / cobalamin binding / isomerase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
OxsB-like / : / Radical SAM, alpha/beta horseshoe / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / 4'-phospho-dehydrooxetanocin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Bridwell-Rabb, J. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32-GM108189 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: A B12-dependent radical SAM enzyme involved in oxetanocin A biosynthesis.
著者: Bridwell-Rabb, J. / Zhong, A. / Sun, H.G. / Drennan, C.L. / Liu, H.W.
履歴
登録2017年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OxsB protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,89020
ポリマ－86,6831
非ポリマー3,20719
水9,458525
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.360, 99.600, 121.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 OxsB protein


分子量: 86683.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: oxsB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O24770

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非ポリマー , 6種, 544分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES (6.5), 6% w/v PEG 3350, 20-24% v/v ethylene glycol
PH範囲: 6.5 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→44.844 Å / Num. obs: 93159 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 9182 / CC1/2: 0.77 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: OxsB with aqua-cobalamin bound

解像度: 1.85→44.844 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2313 6845 7.42 %
Rwork0.1922 --
obs0.1951 92300 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→44.844 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5956 0 198 525 6679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2148758
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8673965
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058951
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061128
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.8710.36462240.32422805X-RAY DIFFRACTION99
1.871-1.8930.33482250.31652800X-RAY DIFFRACTION99
1.893-1.91610.35392300.29072854X-RAY DIFFRACTION100
1.9161-1.94040.31682270.27372820X-RAY DIFFRACTION100
1.9404-1.96590.32772280.26672836X-RAY DIFFRACTION100
1.9659-1.99280.28382260.25712814X-RAY DIFFRACTION100
1.9928-2.02130.29562250.25672814X-RAY DIFFRACTION99
2.0213-2.05150.31042260.24782815X-RAY DIFFRACTION99
2.0515-2.08350.3042260.24472830X-RAY DIFFRACTION99
2.0835-2.11770.28662280.22652845X-RAY DIFFRACTION100
2.1177-2.15420.27542270.23442833X-RAY DIFFRACTION100
2.1542-2.19340.26582260.22642821X-RAY DIFFRACTION99
2.1934-2.23560.27352290.22432843X-RAY DIFFRACTION100
2.2356-2.28120.2652280.2162839X-RAY DIFFRACTION99
2.2812-2.33080.23992260.20262825X-RAY DIFFRACTION99
2.3308-2.3850.25012280.21112837X-RAY DIFFRACTION99
2.385-2.44470.27032280.20592815X-RAY DIFFRACTION99
2.4447-2.51080.24032240.19842832X-RAY DIFFRACTION99
2.5108-2.58460.26642240.20912863X-RAY DIFFRACTION100
2.5846-2.6680.24422260.2092842X-RAY DIFFRACTION100
2.668-2.76340.27082360.20272848X-RAY DIFFRACTION100
2.7634-2.8740.24852330.20532856X-RAY DIFFRACTION100
2.874-3.00480.25382250.20682869X-RAY DIFFRACTION99
3.0048-3.16320.25352260.20582859X-RAY DIFFRACTION99
3.1632-3.36130.24212200.1962853X-RAY DIFFRACTION99
3.3613-3.62070.22342500.18772872X-RAY DIFFRACTION99
3.6207-3.98490.18942310.16552897X-RAY DIFFRACTION99
3.9849-4.5610.17892220.14942884X-RAY DIFFRACTION98
4.561-5.74450.20272330.15792927X-RAY DIFFRACTION99
5.7445-44.85730.18462380.16893007X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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