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- PDB-5ukj: The co-structure of N,N-dimethyl-4-[(6R)-6-methyl-5-(1H-pyrrolo[2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ukj
タイトルThe co-structure of N,N-dimethyl-4-[(6R)-6-methyl-5-(1H-pyrrolo[2,3- b]pyridin-4-yl)-4,5,6,7-tetrahydropyrazolo[1,5- a]pyrazin-3-yl]benzenesulfonamide and a rationally designed PI3K-alpha mutant that mimics ATR
要素
  • Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
  • Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
キーワードTRANSFERASE/SIGNALING PROTEIN/INHIBITOR / inhibitor / lipid kinase / mutation / ATR / TRANSFERASE-SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


perinuclear endoplasmic reticulum membrane / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / response to muscle inactivity / phosphatidylinositol kinase activity / negative regulation of actin filament depolymerization / regulation of actin filament organization / response to L-leucine / positive regulation of focal adhesion disassembly / response to butyrate / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity ...perinuclear endoplasmic reticulum membrane / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / response to muscle inactivity / phosphatidylinositol kinase activity / negative regulation of actin filament depolymerization / regulation of actin filament organization / response to L-leucine / positive regulation of focal adhesion disassembly / response to butyrate / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / IRS-mediated signalling / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / interleukin-18-mediated signaling pathway / T follicular helper cell differentiation / autosome genomic imprinting / phosphatidylinositol 3-kinase complex / PI3K events in ERBB4 signaling / cellular response to hydrostatic pressure / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / myeloid leukocyte migration / regulation of cellular respiration / neurotrophin TRKA receptor binding / Activated NTRK2 signals through PI3K / cis-Golgi network / negative regulation of fibroblast apoptotic process / Activated NTRK3 signals through PI3K / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / ErbB-3 class receptor binding / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / positive regulation of protein localization to membrane / vasculature development / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Co-stimulation by ICOS / RHOD GTPase cycle / cardiac muscle cell contraction / RHOF GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / kinase activator activity / Nephrin family interactions / anoikis / Signaling by LTK in cancer / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / positive regulation of leukocyte migration / relaxation of cardiac muscle / Signaling by LTK / MET activates PI3K/AKT signaling / PI3K/AKT activation / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / negative regulation of stress fiber assembly / RND1 GTPase cycle / positive regulation of filopodium assembly / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / RND2 GTPase cycle / vascular endothelial growth factor signaling pathway / RND3 GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase / insulin binding / growth hormone receptor signaling pathway / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Signaling by ALK / RHOB GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / PI-3K cascade:FGFR3 / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / GP1b-IX-V activation signalling / negative regulation of macroautophagy / natural killer cell mediated cytotoxicity / PI-3K cascade:FGFR2 / response to dexamethasone / phosphatidylinositol-mediated signaling / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / intracellular glucose homeostasis / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of osteoclast differentiation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / energy homeostasis / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RET signaling / negative regulation of anoikis / PI3K events in ERBB2 signaling / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / T cell differentiation / protein kinase activator activity / intercalated disc / RHOG GTPase cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of multicellular organism growth / RHOA GTPase cycle / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of TOR signaling
類似検索 - 分子機能
PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) ...PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Rho GTPase activation protein / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / C2 domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3K6 / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Knapp, M.S. / Elling, R.A. / Mamo, M.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Rationally Designed PI3K alpha Mutants to Mimic ATR and Their Use to Understand Binding Specificity of ATR Inhibitors.
著者: Lu, Y. / Knapp, M. / Crawford, K. / Warne, R. / Elling, R. / Yan, K. / Doyle, M. / Pardee, G. / Zhang, L. / Ma, S. / Mamo, M. / Ornelas, E. / Pan, Y. / Bussiere, D. / Jansen, J. / Zaror, I. / ...著者: Lu, Y. / Knapp, M. / Crawford, K. / Warne, R. / Elling, R. / Yan, K. / Doyle, M. / Pardee, G. / Zhang, L. / Ma, S. / Mamo, M. / Ornelas, E. / Pan, Y. / Bussiere, D. / Jansen, J. / Zaror, I. / Lai, A. / Barsanti, P. / Sim, J.
履歴
登録2017年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
B: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,8233
ポリマ－160,3872
非ポリマー4371
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area54380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.186, 109.432, 136.148
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform / PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit alpha / p110alpha / Phosphoinositide-3-kinase catalytic alpha polypeptide / Serine/threonine protein kinase PIK3CA


分子量: 125243.844 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues / 変異: M232K L233K I800M F930V W780K V850W R770E E798I / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Point mutations to the ATP binding of p110 alpha designed to to mimic the ligand binding properties of ATR
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CA / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: P42336, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit ...PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit p85-alpha


分子量: 35142.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3R1, GRB1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P27986
#3: 化合物 ChemComp-3K6 / N,N-dimethyl-4-[(6R)-6-methyl-5-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl)-4,5,6,7-tetrahydropyrazolo[1,5-a]pyrazin-3-yl]benzenesulfonamide


分子量: 436.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N6O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 % / 解説: Long rectangular rods
結晶化温度: 303.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 3 UL OF PROTEIN WAS MIXED WITH 5 UL OF WELL SOLUTION CONTAINING 12% PEG 3350 AND 120 MM POTASSIUM THIOCYANATE, PH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP,
Temp details: prepared at room temp

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→47.01 Å / Num. obs: 38867 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 73.21 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.71→2.86 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.752 / CC1/2: 0.802 / Rpim(I) all: 0.325 / Rrim(I) all: 0.82 / % possible all: 99.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.28データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT2.11.6精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house

解像度: 2.8→47.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.386
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1712 4.86 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.19 35197 93.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 158.87 Å2 / Biso mean: 63.17 Å2 / Biso min: 24.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.7198 Å20 Å20 Å2
2---6.4324 Å20 Å2
3----3.2875 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→47.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10181 0 31 212 10424
Biso mean--60.38 51.77 -
残基数----1266
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3681SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes289HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1509HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10432HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1350SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11895SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d10432HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14126HARMONIC21.12
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.88 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 143 4.75 %
Rwork0.236 2870 -
all0.241 3013 -
obs--99.31 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.6282-27.5081-28.4768
215.4093-15.6628-49.4017
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A2 - 1053
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B327 - 591

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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