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- PDB-5ukb: VSV N PROTEIN IN COMPLEX WITH INHIBITORY NANOBODY 1004 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ukb
タイトルVSV N PROTEIN IN COMPLEX WITH INHIBITORY NANOBODY 1004
要素
  • Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
  • Nucleocapsid
  • RNA (45-MER)
キーワードViral Protein/RNA/Immune System / VESICULAR STOMATITIS VIRUS / NUCLEOPROTEIN / INHIBITORY VHH / ANTIVIRAL / Viral Protein-RNA-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal / Rhabdovirus nucleocapsid, C-terminal / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Rhabdovirus nucleocapsid protein / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin ...Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal / Rhabdovirus nucleocapsid, C-terminal / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Rhabdovirus nucleocapsid protein / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Anti-vesicular stomatitis virus N VHH / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.473 Å
データ登録者Hanke, L. / Knockenhauer, K.E. / Ploegh, H.L. / Schwartz, T.U.
引用ジャーナル: EMBO Rep. / 年: 2017
タイトル: Vesicular stomatitis virus N protein-specific single-domain antibody fragments inhibit replication.
著者: Hanke, L. / Schmidt, F.I. / Knockenhauer, K.E. / Morin, B. / Whelan, S.P. / Schwartz, T.U. / Ploegh, H.L.
履歴
登録2017年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32020年2月26日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact ...pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / reflns / reflns_shell / struct_conn / struct_conn_type
Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
d: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
D: Nucleocapsid
c: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
C: Nucleocapsid
b: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
B: Nucleocapsid
a: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
A: Nucleocapsid
e: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
E: Nucleocapsid
R: RNA (45-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)326,88111
ポリマ－326,88111
非ポリマー00
水00
1
d: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
D: Nucleocapsid
c: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
C: Nucleocapsid
b: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
B: Nucleocapsid
a: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
A: Nucleocapsid
e: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
E: Nucleocapsid
R: RNA (45-MER)

d: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
D: Nucleocapsid
c: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
C: Nucleocapsid
b: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
B: Nucleocapsid
a: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
A: Nucleocapsid
e: Anti-vesicular stomatitis virus N VHH
E: Nucleocapsid
R: RNA (45-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)653,76222
ポリマ－653,76222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)240.117, 335.497, 75.899
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細Complex confirmed by Gel filtration

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要素

#1: 抗体
Anti-vesicular stomatitis virus N VHH


分子量: 15094.652 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GGLPETGGHHHHHH Sortase A recognition motif and HIS tag.
由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A192B6J5
#2: タンパク質
Nucleocapsid / Nucleocapsid protein


分子量: 47535.027 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6H4P1
#3: RNA鎖 RNA (45-MER)


分子量: 13732.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.0 1.5 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.47→195.26 Å / Num. obs: 20655 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.052 / Rsym value: 0.166 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 5.47→5.7 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.86 / CC1/2: 0.556 / Rpim(I) all: 0.46 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UK4, 4KRL

5uk4

4krl


解像度: 5.473→137.515 Å / SU ML: 1.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3375 1997 9.7 %
Rwork0.3364 --
obs0.3365 20583 97.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.473→137.515 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21310 900 0 0 22210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00422784
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85131051
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0468562
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0583420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043855

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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