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万見
- PDB-5uk6: Structure of Anabaena Sensory Rhodopsin Determined by Solid State... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uk6
タイトルStructure of Anabaena Sensory Rhodopsin Determined by Solid State NMR Spectroscopy and DEER
要素Bacteriorhodopsin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Anabeana sensory rhodopsin / Trimer / Seven-transmembrane proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法個体NMR
データ登録者Milikisiyants, S. / Wang, S. / Munro, R.A. / Donohue, M. / Ward, M.E. / Brown, L.S. / Smirnova, T.I. / Ladizhansky, V. / Smirnov, A.I.
資金援助 米国, カナダ, 中国, 5件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-02ER15354 米国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2014-04547 カナダ
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31470727 中国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1229547 米国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0501203 中国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Oligomeric Structure of Anabaena Sensory Rhodopsin in a Lipid Bilayer Environment by Combining Solid-State NMR and Long-range DEER Constraints.
著者: Milikisiyants, S. / Wang, S. / Munro, R.A. / Donohue, M. / Ward, M.E. / Bolton, D. / Brown, L.S. / Smirnova, T.I. / Ladizhansky, V. / Smirnov, A.I.
履歴
登録2017年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52025年4月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
B: Bacteriorhodopsin
C: Bacteriorhodopsin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5373
ポリマ－82,5373
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin


分子量: 27512.262 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-229 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: alr3165 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YSC4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D NCA
121isotropic12D PDSD
131isotropic1CONCA
141isotropic1NCACX
151isotropic1NCOCX

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試料調製

詳細タイプ: liposome / 内容: 2.0 w/w [U-100% 13C; U-100% 15N] UCNASR, DMPC/DMPA / Label: ASR / 溶媒系: DMPC/DMPA
試料濃度: 2.0 w/v / 構成要素: UCNASR / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: NA Not defined / Label: ASR-PL / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3Bruker Biospin精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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