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- PDB-5uju: Crystal structure of NAD-dependent aldehyde dehydrogenase from Bu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uju
タイトルCrystal structure of NAD-dependent aldehyde dehydrogenase from Burkholderia multivorans
要素NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Burkholderia multivorans / NAD / aldehyde dehydrogenase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity
類似検索 - 分子機能
Phenylacetic acid degradation protein PaaN2 / : / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia multivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of NAD-dependent aldehyde dehydrogenase from Burkholderia multivorans
著者: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
B: NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,52511
ポリマ－123,0302
非ポリマー4949
水12,484693
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6910 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area37870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.430, 114.430, 154.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1064-

HOH

21A-1065-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 1 and (name N or name...
21(chain B and (resid 1 through 13 or (resid 14...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETMETMET(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA19
12METMETEDOEDO(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA - D1 - 6029
13METMETEDOEDO(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA - D1 - 6029
14METMETEDOEDO(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA - D1 - 6029
15METMETEDOEDO(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA - D1 - 6029
21METMETLEULEU(chain B and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB1 - 139 - 21
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB1422
23METMETNANA(chain B and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB - H1 - 6029
24METMETNANA(chain B and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB - H1 - 6029
25METMETNANA(chain B and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB - H1 - 6029
26METMETNANA(chain B and (resid 1 through 13 or (resid 14...BB - H1 - 6029

-
要素

#1: タンパク質 NAD-dependent aldehyde dehydrogenase


分子量: 61515.066 Da / 分子数: 2 / 断片: BumuA.00020.h.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (strain ATCC 17616 / 249) (バクテリア)
株: ATCC 17616 / 249 / 遺伝子: BMULJ_00382 / プラスミド: BumuA.00020.h.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3KBY8, aldehyde dehydrogenase (NAD+)
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, E1: 100mM Sodium citrate tribasic, 100mM Sodium cocodylate/HCl pH 6.5: BumuA.00020.h.B1.PS37903 at 19.95mg/ml + 2mM NAD: cryo: 20% EG + 2mM NAD: tray 272909e1, ...詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, E1: 100mM Sodium citrate tribasic, 100mM Sodium cocodylate/HCl pH 6.5: BumuA.00020.h.B1.PS37903 at 19.95mg/ml + 2mM NAD: cryo: 20% EG + 2mM NAD: tray 272909e1, puck LCP4-1. Imidazole tentatively modeled, it was present during purification.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月9日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 71387 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.688 % / Biso Wilson estimate: 31.07 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.943 / Net I/σ(I): 15.61
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.05-2.18.6470.5223.37528552850.9430.55399.9
2.1-2.168.6540.4344.1351890.9560.4699.9
2.16-2.228.6890.3614.9149770.9690.38399.9
2.22-2.298.6440.296.0648800.9780.308100
2.29-2.378.7010.2517.1847220.9840.26699.9
2.37-2.458.6710.2228.1645550.9860.23599.8
2.45-2.548.6830.17910.0144180.990.1999.8
2.54-2.658.7110.14912.0542180.9930.15799.8
2.65-2.768.7170.1313.940660.9940.13899.6
2.76-2.98.7140.10916.4738630.9950.11699.4
2.9-3.068.6890.08919.9537030.9970.09499.5
3.06-3.248.6960.07523.1234920.9970.0899.6
3.24-3.478.6720.06427.1132890.9980.06899.5
3.47-3.748.7550.05829.9330440.9980.06199.2
3.74-4.18.7450.05432.4527990.9980.05798.9
4.1-4.588.7310.05333.8725460.9980.05698.9
4.58-5.298.7390.05434.7822130.9980.05798.7
5.29-6.488.7150.05534.3718850.9980.05898.2
6.48-9.178.6530.05235.8314680.9980.05597.5
9.17-508.4130.05336.857750.9980.05692.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å45.98 Å
Translation3.5 Å45.98 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
BALBES位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3rjl

3rjl


解像度: 2.05→47.183 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1967 1990 2.79 %
Rwork0.1482 --
obs0.1496 71301 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.62 Å2 / Biso mean: 38.0455 Å2 / Biso min: 17.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→47.183 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8314 0 32 705 9051
Biso mean--52.53 42.48 -
残基数----1115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78811792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061568
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1565128
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4847X-RAY DIFFRACTION6.629TORSIONAL
12B4847X-RAY DIFFRACTION6.629TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.10130.25881280.211749505078100
2.1013-2.15810.26241150.191250215136100
2.1581-2.22160.2531340.175249355069100
2.2216-2.29330.2331440.168149705114100
2.2933-2.37530.22251400.163449695109100
2.3753-2.47040.26341430.16849275070100
2.4704-2.58280.22351910.163849185109100
2.5828-2.71890.22581220.169750005122100
2.7189-2.88930.24251630.16864889505299
2.8893-3.11230.22451440.16624968511299
3.1123-3.42540.21821190.157649775096100
3.4254-3.92090.17491580.13014927508599
3.9209-4.93910.15741490.11154950509999
4.9391-47.19560.14061400.1334910505097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.78940.43090.22913.3032-0.0510.85280.02330.0995-0.2520.1911-0.0009-0.64310.06670.26160.00030.2410.06090.01450.4449-0.00790.42329.820437.563939.3005
23.94560.29553.75741.2269-0.04625.295-0.25320.30190.1712-0.23580.06490.0203-0.44160.22070.19640.2788-0.0327-0.02040.27430.0320.2391-1.73961.766235.2435
30.8385-0.16250.05111.54340.15251.23510.00130.1101-0.0244-0.040.0163-0.1903-0.00730.2484-0.04260.2204-0.01150.02790.28180.00890.23180.522744.577335.5375
41.72581.20191.0622.24210.83791.93190.12220.0641-0.32970.13480.001-0.22410.28760.0439-0.10320.24290.03120.03040.2745-0.00320.258-10.225825.23933.7683
51.95420.1291-0.25532.12320.23491.80570.0039-0.06850.01570.0486-0.06710.1345-0.1312-0.01260.05780.1863-0.0006-0.00390.2173-0.00290.2175-9.627947.782137.5144
60.88260.50950.76460.55320.16181.38980.1169-0.2301-0.19880.1948-0.0475-0.08580.019-0.0217-0.08110.2952-0.0159-0.01070.28170.00170.2559-3.659442.825862.0698
71.72161.1988-0.28741.9944-0.02810.80990.0872-0.1720.1070.3163-0.0810.17570.0378-0.1081-0.02050.3294-0.0292-0.00170.3059-0.03520.2518-2.739451.816569.7077
80.72340.52761.47150.44930.86583.16360.15070.0375-0.12080.1994-0.0354-0.09830.18390.1479-0.13050.309-0.0022-0.02910.28010.00210.2758-7.557931.122454.0719
91.37190.585-0.38680.7623-0.39671.64680.0440.0948-0.38590.00460.1178-0.15270.5547-0.0791-0.15910.46250.0233-0.08420.25790.01070.4471-24.07143.138643.5118
101.54971.09291.04161.54131.23883.72270.2111-0.3805-0.00210.4189-0.1830.25730.4753-0.7898-0.09330.3716-0.06110.03410.50810.07140.3308-46.581413.790154.8801
111.19130.40430.11990.9828-0.06841.36050.1124-0.0941-0.21380.12370.0212-0.19260.18460.0065-0.1430.28540.0364-0.04270.19030.03180.2683-20.609114.963449.9384
123.43981.4399-1.40251.2348-0.35660.7089-0.05690.035-0.2293-0.04690.1046-0.06180.1016-0.1815-0.02930.30740.0155-0.02680.20380.02510.2141-24.184421.325950.9864
131.9370.6540.39152.86360.24712.52980.0544-0.3203-0.26110.2374-0.00950.21910.3081-0.3253-0.11090.3357-0.0260.03340.29920.04920.2648-34.59617.272756.2598
142.5944-0.00011.25013.4009-0.53484.19170.0290.08360.02080.13730.1140.1282-0.16160.14120.00780.27150.00270.02570.26720.00420.27-31.010432.417447.0842
152.10120.33130.35251.7473-0.22341.29790.06070.0734-0.108-0.04620.01780.04680.0773-0.2093-0.07880.23240.0135-0.02280.3094-0.01280.2374-41.945921.225319.9115
161.33210.29131.4420.31440.36973.1380.09740.1752-0.14050.07040-0.11340.16060.1736-0.10880.22050.02820.00040.2344-0.02470.2636-20.269523.45431.6861
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 53 )A1 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 88 )A54 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 89 through 149 )A89 - 149
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 150 through 208 )A150 - 208
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 209 through 300 )A209 - 300
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 301 through 340 )A301 - 340
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 341 through 475 )A341 - 475
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 476 through 558 )A476 - 558
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 53 )B1 - 53
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 54 through 88 )B54 - 88
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 89 through 185 )B89 - 185
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 186 through 236 )B186 - 236
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 237 through 278 )B237 - 278
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 279 through 309 )B279 - 309
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 310 through 475 )B310 - 475
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 476 through 557 )B476 - 557

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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