PDB-5ujs: 2.45 Angstrom Resolution Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ujs

タイトル

2.45 Angstrom Resolution Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase from Campylobacter jejuni.

要素

UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

キーワード

HYDROLASE / OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase.

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Stam, J. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.45 Angstrom Resolution Crystal Structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase from Campylobacter jejuni.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Stam, J. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2017年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ujs.cif.gz	340.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ujs.ent.gz	277.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ujs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/5ujs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/5ujs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5bq2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5z68-1 3oza-2 3oza-1 3gyk-d 4r1d-d 3b7m-d 6t6f-d 6fwr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP00323

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (4)

登録構造単位

A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

B: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

96 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.258, 86.024, 80.421
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.28, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: -1 - 417 / Label seq-ID: 23 - 441

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enoylpyruvate transferase / UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase / EPT 分子量: 47982.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター) 株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: murA, Cj0858c / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9PP65, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.51 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein: 7.7 mg/ml, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris HCl (pH 8.3); Screen: PEG II (D1), 0.1M Sodium acetate, 0.1 HEPES (pH 7.5), 22% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月18日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→30 Å / Num. obs: 29963 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 56.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / R_rim(I) all: 0.045 / R_sym value: 0.075 / Χ²: 1.011 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1348 / CC_1/2: 0.77 / R_rim(I) all: 0.34 / R_sym value: 0.538 / Χ²: 1 / % possible all: 87.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BQ2

5bq2

解像度: 2.46→29.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 29.822 / SU ML: 0.316 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.087 / ESU R Free: 0.335 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27456	1442	4.8 %	RANDOM
R_work	0.22426	-	-	-
obs	0.22661	28521	97.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.486 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.5 Å²	0 Å²	-6.15 Å²
2-	-	-0.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.46→29.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6427	0	1	202	6630

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	6559
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.445	1.983	8869
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.894	3	14898
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.103	5	856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.359	25.923	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.238	15	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.352	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.023	0.02	7249
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.021	0.02	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.506	2.747	3418
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.506	2.746	3417
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.614	4.11	4276
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.613	4.112	4277
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.427	3.015	3141
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.426	3.012	3138
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.428	4.421	4592
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.439	33.19	7133
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.421	33.112	7114
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 23666 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.459→2.522 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	94	-
R_work	0.34	1726	-
obs	-	-	80.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9136	2.895	-1.3143	4.4525	-4.2908	6.2534	-0.4786	-0.17	-0.2673	-0.8038	0.6661	-0.1156	0.8219	-1.4809	-0.1875	0.1976	-0.1424	0.0389	0.4706	0.0389	0.1733	-5.6469	2.7071	17.0626
2	4.2592	-3.1268	1.4552	4.7869	-0.719	0.7381	0.4186	-0.2046	-0.3468	-0.0953	-0.351	0.3252	0.3186	-0.31	-0.0676	0.2994	-0.1209	0.1579	0.2989	0.0475	0.2209	13.1454	-3.38	39.1344
3	2.1922	-1.1485	1.574	2.3612	-1.2243	2.0174	0.0053	-0.1719	0.1719	0.2854	-0.192	-0.0254	0.0045	-0.2201	0.1867	0.1356	-0.0571	0.1231	0.1385	-0.0365	0.158	18.5619	11.6211	35.1925
4	3.537	1.181	0.468	3.3758	-0.5876	3.6046	0.1052	0.1312	0.0361	-0.3381	-0.0419	-0.0375	0.3394	0.1802	-0.0634	0.0764	0.0131	0.0188	0.0352	-0.0215	0.0317	4.0884	12.157	15.2922
5	1.6255	0.2681	2.1633	3.3924	0.3764	3.1188	0.0542	0.2427	-0.345	0.0767	0.1149	-0.341	0.2539	0.3719	-0.1691	0.1827	0.1978	0.206	0.6897	-0.0039	0.4445	39.7623	-7.1524	5.5568
6	2.3583	0.668	1.9436	1.1922	0.7278	3.2885	-0.0247	0.3016	0.1279	-0.5047	-0.1883	-0.063	0.0695	0.4889	0.213	0.3195	0.1458	0.1639	0.3848	0.0196	0.2242	30.0278	4.0556	3.7415
7	3.8697	-2.4303	0.9489	3.1268	-1.5548	7.405	-0.2984	0.1668	-0.0922	0.2336	-0.0546	-0.1717	-0.1622	0.1171	0.3529	0.0309	0.0053	0.016	0.0628	0.045	0.096	40.6094	15.7311	26.0269
8	6.5279	-0.1848	0.5327	4.5467	0.5271	4.5269	0.0634	0.4396	-0.7096	0.3936	-0.0068	-0.2659	0.4045	0.3793	-0.0567	0.0892	0.1122	0.0056	0.3053	0.0603	0.1415	50.8037	1.5527	21.1529

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	116 - 306
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	307 - 418
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-12 - 79
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	80 - 310
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	311 - 358
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	359 - 418

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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