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- PDB-5uje: SbnI with C-terminal truncation from Staphylococcus aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uje
タイトルSbnI with C-terminal truncation from Staphylococcus aureus
要素SbnI protein
キーワードGENE REGULATION / staphyloferrin B / heme / regulator / siderophore
機能・相同性
機能・相同性情報


L-serine kinase (ATP) / positive regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / siderophore biosynthetic process / chromosome segregation / kinase activity / chromosome / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
L-serine kinase SbnI-like / SbnI-like, N-terminal / L-serine kinase SerK/SbnI, C-terminal / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SbnI protein / L-serine kinase SbnI
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Murphy, M.E.P. / Verstraete, M.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-49597 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2018
タイトル: SbnI is a free serine kinase that generates O -phospho-l-serine for staphyloferrin B biosynthesis in Staphylococcus aureus .
著者: Verstraete, M.M. / Perez-Borrajero, C. / Brown, K.L. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E.P.
履歴
登録2017年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SbnI protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3852
ポリマ－28,2931
非ポリマー921
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.120, 55.120, 92.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 SbnI protein


分子量: 28292.514 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-240 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Newman / 遺伝子: sbnI, NWMN_0068 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3KDC0, UniProt: Q2G1M5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.18 M HEPES (pH 7.5), 20% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.959 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.959 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→42.438 Å / Num. obs: 21681 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.922 % / Biso Wilson estimate: 55.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.933 / Net I/σ(I): 15.77 / Num. measured all: 63331 / Scaling rejects: 13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.572.9121.0071.814554156415640.6511.243100
2.57-2.642.9170.812.194621158615840.6940.99999.9
2.64-2.712.9080.612.794435152615250.7950.75399.9
2.71-2.82.9210.5143.234352149014900.8420.634100
2.8-2.892.9290.3574.14294146814660.9040.44199.9
2.89-2.992.940.2355.854060138213810.9590.2999.9
2.99-3.12.9340.2016.993905133613310.9610.24799.6
3.1-3.232.9360.1219.853811129812980.9860.15100
3.23-3.372.940.09312.373610122812280.9920.114100
3.37-3.542.9280.06616.133399116211610.9950.08199.9
3.54-3.732.9280.05220.683341114211410.9960.06499.9
3.73-3.952.930.04124.193150107610750.9970.0599.9
3.95-4.232.9490.03130.492952100210010.9980.03899.9
4.23-4.562.9170.02933.8926699209150.9980.03699.5
4.56-52.9220.02237.8825018568560.9990.027100
5-5.592.9280.02436.7822787867780.9990.0399
5.59-6.462.8820.02237.1918506526420.9980.02898.5
6.46-7.912.8870.02140.2616926025860.9990.02797.3
7.91-11.182.8470.01654.212444444370.9990.0298.4
11.18-42.4382.8380.02360.056132362160.9980.02891.5

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXphenix.refine: 1.8.2_1309精密化
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→42.438 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 36.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2731 1086 5.01 %
Rwork0.2521 20595 -
obs0.2532 21681 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 532.65 Å2 / Biso mean: 115.4611 Å2 / Biso min: 37.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→42.438 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1963 0 14 12 1989
Biso mean--98.95 61.52 -
残基数----240
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032020
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7252740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003348
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.579747
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5004-2.61410.42861380.385925992737100
2.6141-2.75190.43761360.37625682704100
2.7519-2.92430.40651360.360225902726100
2.9243-3.150.34721340.318325342668100
3.15-3.46690.291360.306326052741100
3.4669-3.96820.25011380.248825972735100
3.9682-4.99830.25961360.195925762712100
4.9983-42.44420.19971320.20282526265898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.76281.07481.5994.19430.17888.82590.05870.28340.0152-0.17710.0830.09640.4812-0.0762-0.07210.29880.10190.06430.49640.01460.25176.15049.538339.1347
25.0251-1.4316-0.02774.1143-2.43792.90950.6030.5003-0.0437-1.0077-0.6481-0.22290.15021.00090.20880.87430.02760.00230.7203-0.0290.3544-0.079323.457214.2727
30.48970.69540.43890.719-2.8668.7042-0.0333-0.06210.0117-0.08350.03180.04690.2723-0.0097-0.01890.54110.09640.01620.66680.0250.37892.743614.86436.1378
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 79 )A1 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 80 through 161 )A80 - 161
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 162 through 240 )A162 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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