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万見
- PDB-5ujc: Crystal structure of a C.elegans B12-trafficking protein CblC, a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ujc
タイトルCrystal structure of a C.elegans B12-trafficking protein CblC, a human MMACHC homologue
要素MMACHC-like protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Vitamin B12 / B12 trafficking / B12 processing / B12 binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Cobalamin (Cbl) metabolism / cyanocobalamin reductase (cyanide-eliminating) (NADP+) activity / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する; NADHまたはNADPHを電子供与体とする / cobalamin metabolic process / demethylation / glutathione binding / demethylase activity / cobalamin binding / glutathione metabolic process / FAD binding ...Cobalamin (Cbl) metabolism / cyanocobalamin reductase (cyanide-eliminating) (NADP+) activity / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する; NADHまたはNADPHを電子供与体とする / cobalamin metabolic process / demethylation / glutathione binding / demethylase activity / cobalamin binding / glutathione metabolic process / FAD binding / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methylmalonic aciduria and homocystinuria type C family / Methylmalonic aciduria and homocystinuria type C family
類似検索 - ドメイン・相同性
CO-METHYLCOBALAMIN / D(-)-TARTARIC ACID / L(+)-TARTARIC ACID / MMACHC-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Li, Z. / Shanmuganathan, A. / Ruetz, M. / Yamada, K. / Lesniak, N.A. / Krautler, B. / Brunold, T.C. / Banerjee, R. / Koutmos, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Heart Association13SDG14560056 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Coordination chemistry controls the thiol oxidase activity of the B12-trafficking protein CblC.
著者: Li, Z. / Shanmuganathan, A. / Ruetz, M. / Yamada, K. / Lesniak, N.A. / Krautler, B. / Brunold, T.C. / Koutmos, M. / Banerjee, R.
履歴
登録2017年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MMACHC-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2386
ポリマ－31,3521
非ポリマー1,8875
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.008, 66.089, 92.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Monomer according to gel filtration

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 MMACHC-like protein / Cobalamin deficiency protein 1 / Cyanocobalamin reductase (cyanide-eliminating)


分子量: 31351.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: cblc-1, ZK546.17
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q7Z144, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する; NADHまたはNADPHを電子供与体とする

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非ポリマー , 5種, 278分子

#2: 化合物 ChemComp-COB / CO-METHYLCOBALAMIN


分子量: 1344.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C63H91CoN13O14P
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 21.5% PEG 3350, 40 mM Spermidine-HCl, 0.2 M (NH4)2tartarate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03325 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月22日
詳細: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03325 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→53.84 Å / Num. obs: 66799 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.029 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. measured obs: 2029 / Num. unique obs: 2029 / CC1/2: 0.618 / Rpim(I) all: 0.435 / Rsym value: 0.722 / % possible all: 58.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SBZ

3sbz


解像度: 1.35→53.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.55 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.047 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16303 3285 4.9 %RANDOM
Rwork0.13209 ---
obs0.13361 63476 92.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.92 Å20 Å20 Å2
2--1.79 Å20 Å2
3----0.86 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.35→53.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2184 0 128 273 2585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0192465
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0132.0133380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73635192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.935289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.46123.333120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.86715400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9441518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.5410.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212789
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02607
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1942.5041097
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1953.3041096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7131377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7131378
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9021368
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9021368
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4471994
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.9922980
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.6152852
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.23332396
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.96752315
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 177 -
Rwork0.229 3008 -
obs--60.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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