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万見
- PDB-5ujb: Structure of a Mcl-1 Inhibitor Binding to Site 3 of Human Serum A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ujb
タイトルStructure of a Mcl-1 Inhibitor Binding to Site 3 of Human Serum Albumin
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Human Serum Albumin / Free fraction / Apoptosis / cancer / Mcl-1 / drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6AK / PHOSPHATE ION / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhao, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)BOA 29XS129 米国
引用
ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure of a Myeloid cell leukemia-1 (Mcl-1) inhibitor bound to drug site 3 of Human Serum Albumin.
著者: Zhao, B. / Sensintaffar, J. / Bian, Z. / Belmar, J. / Lee, T. / Olejniczak, E.T. / Fesik, S.W.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2016
タイトル: Discovery and biological characterization of potent myeloid cell leukemia-1 inhibitors.
著者: Lee, T. / Bian, Z. / Zhao, B. / Hogdal, L.J. / Sensintaffar, J.L. / Goodwin, C.M. / Belmar, J. / Shaw, S. / Tarr, J.C. / Veerasamy, N. / Matulis, S.M. / Koss, B. / Fischer, M.A. / Arnold, A.L. ...著者: Lee, T. / Bian, Z. / Zhao, B. / Hogdal, L.J. / Sensintaffar, J.L. / Goodwin, C.M. / Belmar, J. / Shaw, S. / Tarr, J.C. / Veerasamy, N. / Matulis, S.M. / Koss, B. / Fischer, M.A. / Arnold, A.L. / Camper, D.V. / Browning, C.F. / Rossanese, O.W. / Budhraja, A. / Opferman, J. / Boise, L.H. / Savona, M.R. / Letai, A. / Olejniczak, E.T. / Fesik, S.W.
履歴
登録2017年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,5556
ポリマ－138,9392
非ポリマー1,6154
水00
1
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2773
ポリマ－69,4701
非ポリマー8082
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2773
ポリマ－69,4701
非ポリマー8082
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.844, 182.338, 58.925
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 69469.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物 ChemComp-6AK / 4-{8-chloro-11-[3-(4-chloro-3,5-dimethylphenoxy)propyl]-1-oxo-7-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-4,5-dihydro-1H-[1,4]diazepino[1,2-a]indol-2(3H)-yl}-1-methyl-1H-indole-6-carboxylic acid / 1-メチル-4-[1-オキソ-7-(1,3,5-トリメチル-1H-ピラゾ-ル-4-イル)-8-クロロ-11-[3-(3(以下略)


分子量: 712.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H39Cl2N5O4
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 25-30% PEG3350, 50 mM K2PO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→28.439 Å / Num. obs: 30593 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 17.87
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Num. unique obs: 1351 / CC1/2: 0.389 / Rpim(I) all: 0.276 / Rsym value: 0.739 / % possible all: 81.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K2C

4k2c


解像度: 2.7→28.757 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 31.9 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2155 2105 6.9 %
Rwork0.1739 --
obs0.1774 30496 92.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→28.757 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8702 0 110 0 8812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0149346
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.77612659
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4015815
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791382
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0121629
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7014-2.76880.29691320.24381823X-RAY DIFFRACTION77
2.7688-2.84360.32161270.24291832X-RAY DIFFRACTION78
2.8436-2.92710.25741300.23431865X-RAY DIFFRACTION80
2.9271-3.02140.31951340.22531889X-RAY DIFFRACTION82
3.0214-3.12920.31061450.21611964X-RAY DIFFRACTION83
3.1292-3.25420.25481380.21452001X-RAY DIFFRACTION86
3.2542-3.40190.23931390.19922024X-RAY DIFFRACTION89
3.4019-3.58070.23591490.18832115X-RAY DIFFRACTION90
3.5807-3.80430.20911420.18022123X-RAY DIFFRACTION91
3.8043-4.09670.17911500.16892135X-RAY DIFFRACTION92
4.0967-4.50650.19181520.15022162X-RAY DIFFRACTION91
4.5065-5.15310.20061470.15262141X-RAY DIFFRACTION92
5.1531-6.47150.22061530.17682184X-RAY DIFFRACTION93
6.4715-24.10550.15461550.12922189X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9315-0.2053-0.36761.97610.95222.8648-0.35011.1133-0.9018-1.03380.2228-0.4280.518-0.05930.14021.1982-0.18860.21970.7131-0.15480.464116.582-10.9697-1.157
22.52160.5769-0.50111.33531.27481.8967-0.05270.4008-0.5007-0.4276-0.0877-1.38180.58860.19660.06560.77140.07630.30450.45160.0650.72626.158-6.93211.4784
31.73430.0086-0.36674.3185-0.93242.9014-0.22230.52090.1402-0.72650.2738-0.5835-0.5123-0.3215-0.03890.7688-0.04030.11390.49320.0250.358817.82187.43417.0496
42.91752.7094-1.8487.4472-1.67012.7714-0.36440.0401-0.09140.03030.3632-0.4405-0.1367-0.13990.03550.57020.011-0.12310.43580.05810.219113.20955.774717.8302
54.4718-1.0067-0.51123.30860.93943.1886-0.10170.2182-0.1121-0.5075-0.03090.1954-0.1252-0.50060.08910.6027-0.1183-0.12580.6418-0.03560.2607-3.8533-1.469711.8577
63.7068-0.8064-0.53364.8243-0.33655.042-0.5095-0.1635-0.61451.07810.47390.96580.1436-1.04440.170.62670.03010.16960.75390.05060.4688-15.9253-7.102431.8363
73.61081.23470.23491.7393-0.07241.56090.4634-0.29391.07830.6759-0.3082-0.0152-0.2449-0.3434-0.09390.79960.09250.03420.5607-0.10770.33518.0599.895540.6689
83.4711-0.02970.17973.0196-0.37362.1162-0.0827-0.3927-0.13570.36190.3248-0.07220.0545-0.0865-0.14940.67120.0395-0.00260.5416-0.07840.162913.13730.448935.9111
93.1692.5751-2.91146.2349-2.94195.83550.4578-0.25140.34571.1441-0.6071-0.7378-0.1980.9049-0.28180.5873-0.0423-0.09030.6061-0.08210.449330.901411.618934.7619
100.37750.3203-0.20654.6889-2.65114.63190.64-0.63540.47241.8034-0.513-0.9072-1.33460.4888-0.27021.2973-0.1275-0.04090.7712-0.10910.915333.876818.370141.3593
112.59290.0680.33832.1590.21071.5956-0.04490.1060.4583-0.28320.1186-0.7097-0.2849-0.0313-0.00120.45990.0181-0.05270.3402-0.05310.660628.313551.044922.6673
123.2804-0.4897-0.15452.3846-0.33841.7271-0.2046-1.20310.52060.75010.4688-0.0477-0.087-0.2598-0.22240.69130.184-0.1130.8349-0.11120.48027.969151.900645.7949
133.3584-0.2954-0.93543.60230.43383.3968-0.05110.1586-0.1501-0.42780.07620.18390.2349-0.34940.09330.40380.0191-0.09520.32890.05720.51440.284940.83613.6953
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 74 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 75 through 130 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 131 through 173 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 174 through 206 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 207 through 292 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 293 through 377 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 378 through 414 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 415 through 503 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 504 through 535 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 536 through 571 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 4 through 222 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 223 through 377 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 378 through 568 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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