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- PDB-5uj7: Structure of the active form of human Origin Recognition Complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uj7
タイトルStructure of the active form of human Origin Recognition Complex ATPase motor module, complex subunitS 1, 4, 5
要素(Origin recognition complex subunit ...) x 3
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Replication / DNA-binding / AAA+ ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / nuclear origin of replication recognition complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / G1/S-Specific Transcription / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / protein polymerization ...polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / nuclear origin of replication recognition complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / G1/S-Specific Transcription / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / protein polymerization / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / Activation of ATR in response to replication stress / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / DNA replication / chromosome, telomeric region / nucleotide binding / chromatin binding / chromatin / nucleolus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal / CDC6, C terminal winged helix domain / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus ...Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal / CDC6, C terminal winged helix domain / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / ORC5, lid domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / AAA ATPase domain / AAA lid domain / AAA lid domain / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain profile. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.394 Å
データ登録者Tocilj, A. / Elkayam, E. / On, K.F. / Joshua-Tor, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structure of the active form of human origin recognition complex and its ATPase motor module.
著者: Ante Tocilj / Kin Fan On / Zuanning Yuan / Jingchuan Sun / Elad Elkayam / Huilin Li / Bruce Stillman / Leemor Joshua-Tor /
要旨: Binding of the Origin Recognition Complex (ORC) to origins of replication marks the first step in the initiation of replication of the genome in all eukaryotic cells. Here, we report the structure of ...Binding of the Origin Recognition Complex (ORC) to origins of replication marks the first step in the initiation of replication of the genome in all eukaryotic cells. Here, we report the structure of the active form of human ORC determined by X-ray crystallography and cryo-electron microscopy. The complex is composed of an ORC1/4/5 motor module lobe in an organization reminiscent of the DNA polymerase clamp loader complexes. A second lobe contains the ORC2/3 subunits. The complex is organized as a double-layered shallow corkscrew, with the AAA+ and AAA+-like domains forming one layer, and the winged-helix domains (WHDs) forming a top layer. CDC6 fits easily between ORC1 and ORC2, completing the ring and the DNA-binding channel, forming an additional ATP hydrolysis site. Analysis of the ATPase activity of the complex provides a basis for understanding ORC activity as well as molecular defects observed in Meier-Gorlin Syndrome mutations.
履歴
登録2017年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly ...pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Origin recognition complex subunit 1
C: Origin recognition complex subunit 4
E: Origin recognition complex subunit 5
B: Origin recognition complex subunit 1
D: Origin recognition complex subunit 4
F: Origin recognition complex subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,73818
ポリマ－255,5206
非ポリマー3,21912
水00
1
A: Origin recognition complex subunit 1
C: Origin recognition complex subunit 4
E: Origin recognition complex subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,3699
ポリマ－127,7603
非ポリマー1,6096
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14340 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area42640 Å2
手法PISA
2
B: Origin recognition complex subunit 1
D: Origin recognition complex subunit 4
F: Origin recognition complex subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,3699
ポリマ－127,7603
非ポリマー1,6096
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14120 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area43460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.887, 81.141, 151.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Origin recognition complex subunit ... , 3種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 Origin recognition complex subunit 1 / Replication control protein 1


分子量: 44179.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORC1, ORC1L, PARC1
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q13415
#2: タンパク質 Origin recognition complex subunit 4


分子量: 50443.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORC4, ORC4L
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: O43929
#3: タンパク質 Origin recognition complex subunit 5


分子量: 33137.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORC5, ORC5L
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: O43913

-
非ポリマー , 3種, 12分子

#4: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.48 % / 解説: Thin plates 100X100 microns
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22% Ethylene glycol 8% Propylene glycol 10mg/ml protein 1:1 ratio

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.39→20 Å / Num. obs: 39700 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 104 Å2 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 8.75
反射 シェル解像度: 3.39→3.52 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC1/2: 0.524 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XGC

4xgc


解像度: 3.394→19.882 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2811 1963 4.94 %
Rwork0.2421 --
obs0.245 39700 97.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.394→19.882 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15678 0 192 0 15870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00416177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71821904
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4959800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042753
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3936-3.47810.42081360.38042509X-RAY DIFFRACTION93
3.4781-3.57160.38591440.35422744X-RAY DIFFRACTION100
3.5716-3.6760.38631210.33152156X-RAY DIFFRACTION79
3.676-3.79390.35531320.31462695X-RAY DIFFRACTION99
3.7939-3.92850.33731350.3062749X-RAY DIFFRACTION100
3.9285-4.08450.36261360.28282748X-RAY DIFFRACTION100
4.0845-4.26860.37961370.25692747X-RAY DIFFRACTION100
4.2686-4.49130.29661590.23442732X-RAY DIFFRACTION100
4.4913-4.7690.25641520.22432751X-RAY DIFFRACTION100
4.769-5.13140.31831370.22212742X-RAY DIFFRACTION100
5.1314-5.6370.29811380.23822765X-RAY DIFFRACTION100
5.637-6.42850.3611470.27992770X-RAY DIFFRACTION100
6.4285-8.01010.28051470.23762792X-RAY DIFFRACTION100
8.0101-19.88230.21631420.16412837X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2974-0.74070.90560.5668-0.69080.86940.68060.9099-0.94120.5657-0.60711.40661.58010.6776-0.05661.00910.1013-0.33131.1938-0.15821.479289.5395-13.4036-64.6398
21.0282-0.9614-0.18932.4765-0.91522.63460.22990.1522-0.2909-0.01370.02290.08420.46970.126-01.214-0.0839-0.02591.0127-0.09390.720371.9223.8042-81.4605
31.0237-0.2101-0.44560.39050.61830.99040.2036-0.12810.18270.01580.0088-0.32640.7575-0.04260.00011.2680.0741-0.21590.8570.01870.982282.1343-12.7601-58.2678
40.57060.1040.39150.89910.51940.19881.2199-0.7884-1.4518-1.9513-0.70591.33460.38990.63570.42541.29130.1641-0.14551.06090.21541.299786.0956-3.072-42.3019
53.120.32570.36062.42831.01391.4621-0.17930.1224-0.16171.2956-0.12440.56630.02730.0798-0.00021.0091-0.21720.08010.91470.09740.494875.927318.6066-30.7279
61.7074-0.04471.10040.0753-0.29790.775-0.183-0.12320.23140.34450.2164-0.30930.4342-0.08990.00070.95130.1628-0.05431.13860.0321.4022106.144812.3301-43.4808
72.5545-0.22490.9053.4075-0.32451.74750.39260.1453-0.3515-0.38260.0302-0.4798-0.01720.3374-0.00010.79770.06630.10680.95070.02380.803695.19612.4287-62.3852
80.65140.18730.29031.0104-0.78011.028-0.7263-0.0838-0.6190.6963-0.04211.08910.6222-0.04130.00030.88310.0849-0.11690.90970.03480.990186.6128.4748-55.574
90.0187-0.1842-0.35391.4891-0.65331.79180.3592-0.1071-0.37210.1965-0.0422-0.01170.93410.25820.00040.91570.07550.04911.01820.19211.21996.66078.8569-40.7446
10-0.13670.02680.08772.0070.89011.33310.01740.17980.03230.8507-0.2363-0.65440.14620.1924-0.00261.1468-0.2157-0.4180.89880.21220.830496.82628.4864-25.4529
110.6878-0.14970.66630.79410.58341.1580.4467-0.20621.2634-1.2421-1.16060.8254-0.583-0.3379-0.10261.04610.08260.30780.9988-0.07080.879468.089351.8355-27.3003
122.097-0.2819-0.50910.40960.78571.47731.3131-0.23030.14040.9476-0.7042-0.14751.2463-0.47760.08141.0545-0.26730.17240.82550.02260.521474.340742.7637-24.732
130.3874-0.00250.47270.39150.52470.95740.5785-0.5689-0.9706-0.0394-0.4729-0.1311-0.25220.2801-00.8997-0.0619-0.1670.89110.03110.9615102.175339.7715-35.8481
141.45890.132-1.05411.1748-1.09051.4752-0.0841-0.3988-0.0194-0.82440.19650.3216-0.66690.1058-0.00120.7962-0.05690.09231.17080.05530.804798.255640.6964-53.7858
153.44791.4336-1.35425.62721.37622.07860.4942-0.6959-0.8815-0.83120.495-2.5407-0.4445-0.242-0.44050.6067-0.15970.12211.12410.1637-0.507399.044837.3377-50.4349
162.27991.36690.05740.8691-0.20772.3920.1170.2656-0.05320.5411-0.4763-0.59430.223-0.040300.8009-0.0466-0.11850.79630.2350.979493.058732.93-42.1869
173.06651.486-0.63332.7221-0.40.2930.3452-0.0348-1.7341-0.982-0.3648-1.7857-0.4658-0.48570.00891.6041-0.07110.03731.06930.0670.446793.575763.081-27.0977
180.3451-0.190.42831.6250.22350.9315-0.5016-0.35861.6881-1.25560.06133.2658-2.5017-0.24150.02191.6149-0.1822-0.11541.0437-0.15361.435387.364173.8675-23.6778
191.87630.7314-0.48480.38250.2151.348-0.2271-0.09440.1752-0.93650.53011.7854-0.54990.23730.09770.7076-0.0852-0.24690.99520.38441.5294148.827125.5528-30.5764
202.15810.8720.13472.8605-1.15590.388-0.05850.2063-0.3449-0.01060.34440.42340.1610.001800.7380.0064-0.08670.97670.09711.2515151.019120.0232-25.8977
21-0.03160.1828-0.17510.3664-0.26370.13380.5040.20360.64390.2869-0.01170.4818-1.3664-0.60720.00141.25290.15420.13181.0868-0.07841.1156168.67948.8658-24.5352
226.9933-1.08971.78980.1436-0.31641.12660.16191.08932.62083.0611-0.2243-0.0991-1.81990.2402-0.47062.3474-0.11650.82720.4249-0.19891.9308172.565159.9846-18.154
230.9988-0.022-0.64750.4024-0.71721.0961-1.06551.0452-1.9298-0.61750.6786-0.6768-0.2594-0.05920.00051.857-0.3497-0.20831.228-0.47361.0693152.4424-2.1279-36.934
242.73761.1831.16791.5216-0.51343.2775-0.48690.2520.564-0.02830.06770.26290.0943-0.03440.00010.8014-0.033-0.18211.00640.0551.4141134.6784-2.5927-24.2299
251.7006-0.08970.91770.31590.34580.3482-0.15080.3601-0.593-0.19430.1580.10220.12230.62501.04560.09340.23341.1512-0.1640.9861164.8953.2885-32.8063
261.17180.84490.03252.02840.32932.25660.0511-0.15470.0080.251-0.2867-0.2827-0.43090.4581-00.993-0.11840.07720.95410.02340.6252169.894331.3174-3.8716
270.3071-0.2813-0.18350.46190.1730.0582-0.4050.1656-0.58751.0859-0.4578-0.26371.0997-0.48840.00131.0664-0.12680.17510.9017-0.11671.1973131.4459-27.6024-19.599
281.8885-1.20150.35391.37640.71581.16390.4693-0.10270.10540.0071-0.08240.17590.0241-0.1537-00.7796-0.11580.06021.12640.00911.7062115.2987-18.7498-3.8008
291.2479-1.0905-0.96662.25731.63191.46450.1563-0.1025-0.1621-0.3870.12340.45560.19260.018400.8953-0.0290.14270.96010.03711.7152124.0621-13.2123-5.0089
300.30250.19630.15770.48990.1288-0.0996-0.55520.093-0.3113-0.84870.00791.5522-0.59240.2946-0.02511.69410.31540.28720.99110.06741.3188154.044-17.3697-16.5221
310.86660.90450.15373.1149-1.43361.09850.14780.1016-0.28450.32070.2177-0.60820.12510.34670.00140.6628-0.04040.00671.07890.09450.8052165.73014.4204-6.8737
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 490 through 508 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 509 through 674 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 675 through 734 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 735 through 771 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 772 through 861 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 17 through 55 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 56 through 182 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 183 through 203 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 204 through 244 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 245 through 338 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 339 through 381 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 382 through 432 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 8 through 43 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 44 through 108 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 109 through 134 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 135 through 183 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 184 through 231 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 232 through 268 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 10 through 108 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 109 through 183 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 184 through 231 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 232 through 268 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 17 through 55 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 56 through 203 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 204 through 310 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 311 through 432 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'B' and (resid 490 through 508 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'B' and (resid 509 through 575 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'B' and (resid 576 through 734 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'B' and (resid 735 through 771 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'B' and (resid 772 through 861 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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