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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uj3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the KPC-2 beta-lactamase complexed with hydrolyzed cefotaxime | ||||||
要素 | Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC | ||||||
キーワード | HYDROLASE/ANTIBIOTIC / carbapenemase / cefotaxime / beta-lactamase / complex / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Pemberton, O.A. / Chen, Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017 タイトル: Molecular Basis of Substrate Recognition and Product Release by the Klebsiella pneumoniae Carbapenemase (KPC-2). 著者: Pemberton, O.A. / Zhang, X. / Chen, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5uj3.cif.gz | 122.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5uj3.ent.gz | 98.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5uj3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5uj3_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5uj3_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5uj3_validation.xml.gz | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5uj3_validation.cif.gz | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/5uj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/5uj3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30806.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla, kpc, kpc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9F663, beta-lactamase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.05 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 5% (v/v) Ethanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月2日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.45→45.74 Å / Num. all: 45653 / Num. obs: 45653 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 10.54 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.138 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 296636 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→40.894 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 21.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.92 Å2 / Biso mean: 17.4732 Å2 / Biso min: 6.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.45→40.894 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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