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- PDB-5uic: Structure of the Francisella response regulator receiver domain, QseB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uic
タイトルStructure of the Francisella response regulator receiver domain, QseB
要素Two-component response regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Francisella / response regulator / QseB / biofilm / two component system
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Two-component response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.487 Å
データ登録者Allen, C.L. / Milton, M.E. / Cavanagh, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1 GM55769 米国
Department of Health & Human Services (HHS)HHSN272201500010C 米国
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: Structure of the Francisella response regulator QseB receiver domain, and characterization of QseB inhibition by antibiofilm 2-aminoimidazole-based compounds.
著者: Milton, M.E. / Allen, C.L. / Feldmann, E.A. / Bobay, B.G. / Jung, D.K. / Stephens, M.D. / Melander, R.J. / Theisen, K.E. / Zeng, D. / Thompson, R.J. / Melander, C. / Cavanagh, J.
履歴
登録2017年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two-component response regulator
B: Two-component response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5732
ポリマ－31,5732
非ポリマー00
水72140
1
A: Two-component response regulator

B: Two-component response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5732
ポリマ－31,5732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554y+1/2,-x+1/2,z-1/41
Buried area1820 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.737, 47.737, 191.789
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Two-component response regulator


分子量: 15786.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. novicida (strain U112) (バクテリア)
株: U112 / 遺伝子: FTN_1465 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0Q7W8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 M potassium citrate, 0.1 M glycine, and 0.05 M bis-tris propane (BTP) pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.487→38.25 Å / Num. obs: 8414 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 18.1 % / Biso Wilson estimate: 55.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.12 / Χ2: 2.811 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.5419.60.8620.990.1980.8851.08499.7
2.54-2.5919.70.7220.9870.1650.7411.161100
2.59-2.6419.80.7020.9850.160.7211.192100
2.64-2.6919.70.560.9910.1290.5751.235100
2.69-2.7519.80.4660.9950.1080.4791.315100
2.75-2.8219.50.4190.9910.0970.431.36199.8
2.82-2.8919.60.3610.9930.0830.371.538100
2.89-2.9619.80.2720.9940.0620.2791.783100
2.96-3.0519.10.2520.9940.0590.2591.85100
3.05-3.1519.30.2030.9950.0470.2092.305100
3.15-3.2619.30.1880.9960.0440.1942.435100
3.26-3.3918.60.1570.9970.0380.1612.873100
3.39-3.5518.50.130.9980.0310.1343.472100
3.55-3.7317.70.1120.9980.0280.1163.832100
3.73-3.9717.50.1070.9980.0260.114.311100
3.97-4.2716.70.0950.9980.0240.0984.77399.8
4.27-4.716.40.0820.9990.0220.0855.02399.8
4.7-5.3815.40.0830.990.0230.0865.23399.8
5.38-6.7815.80.0820.9960.0210.0854.88198.7
6.78-5012.70.070.9960.0210.0736.7996.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KGS

1kgs


解像度: 2.487→38.25 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 398 4.76 %
Rwork0.2254 --
obs0.226 8354 98.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 167.38 Å2 / Biso mean: 71.9301 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.487→38.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1876 0 0 40 1916
Biso mean---48.78 -
残基数----241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5592545
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003326
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.219737
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4868-2.84660.30681010.28672520262196
2.8466-3.5860.30211570.261826182775100
3.586-38.25440.19721400.228182958100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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