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万見
- PDB-5ui3: Crystal structure of DHDPS from chlamydomonas reinhardtii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ui3
タイトルCrystal structure of DHDPS from chlamydomonas reinhardtii
要素Dihydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE / DHDPS Lysine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Watkin, S. / Keown, J.R. / Pearce, F.G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of DHDPS from chlamydomonas reinhardtii
著者: Watkin, S. / Keown, J.R. / Pearce, F.G.
履歴
登録2017年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name ..._audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Dihydrodipicolinate synthase
A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
C: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,5188
ポリマ－148,9334
非ポリマー5844
水19,3121072
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10450 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area39530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.700, 103.630, 78.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A
12D
22B
13D
23C
14A
24B
15A
25C
16B
26C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010D18 - 322
2010A18 - 322
1020D18 - 322
2020B18 - 322
1030D18 - 321
2030C18 - 321
1040A18 - 322
2040B18 - 322
1050A18 - 321
2050C18 - 321
1060B18 - 321
2060C18 - 321

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
Dihydrodipicolinate synthase


分子量: 37233.332 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: DPS1, dapA, CHLREDRAFT_126518 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8I3W3
#2: 化合物
ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1072 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 25% PEG 1500, 10% succinate-phosphate-glycine pH 5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→62.23 Å / Num. obs: 73502 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2-2.045.60.7380.825198.6
9.8-62.236.10.0480.997198.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å51.81 Å
Translation2 Å51.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.1データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→62.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 5.091 / SU ML: 0.135 / SU R Cruickshank DPI: 0.2529 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.185
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2314 3542 4.8 %RANDOM
Rwork0.2014 ---
obs0.2028 69590 95.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.28 Å2 / Biso mean: 23.504 Å2 / Biso min: 11.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å20.32 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→62.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9265 0 36 1072 10373
Biso mean--33.76 31.38 -
残基数----1221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0199497
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4391.94912866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97320207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.34251217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.71524.693407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.465151566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8961544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021789
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11D198560.05
12A198560.05
21D198400.05
22B198400.05
31D198880.04
32C198880.04
41A197800.05
42B197800.05
51A199180.04
52C199180.04
61B198840.04
62C198840.04
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 256 -
Rwork0.259 5285 -
all-5541 -
obs--98.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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