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万見
- PDB-5uhs: Structure of a SemiSWEET D57A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uhs
タイトルStructure of a SemiSWEET D57A mutant
要素Sugar transporter SemiSWEET
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane / transporter / SemiSWEET
機能・相同性
機能・相同性情報


D-glucose transmembrane transporter activity / D-glucose transmembrane transport / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase - #290 / : / PQ-loop repeat / PQ loop repeat / Monooxygenase / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / MONOVACCENIN / Sugar transporter SemiSWEET
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira biflexa serovar Patoc (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fastman, N.M. / Feng, L.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Mechanism of Substrate Translocation in an Alternating Access Transporter.
著者: Latorraca, N.R. / Fastman, N.M. / Venkatakrishnan, A.J. / Frommer, W.B. / Dror, R.O. / Feng, L.
履歴
登録2017年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sugar transporter SemiSWEET
B: Sugar transporter SemiSWEET
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2555
ポリマ－21,3612
非ポリマー8933
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area8750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.021, 36.920, 47.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sugar transporter SemiSWEET


分子量: 10680.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira biflexa serovar Patoc (strain Patoc 1 / ATCC 23582 / Paris) (バクテリア)
株: Patoc 1 / ATCC 23582 / Paris / 遺伝子: LEPBI_I1613 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0SR19
#2: 化合物 ChemComp-MVC / MONOVACCENIN / 11.7 MAG


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 34.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 11.7 MAG 50 mM tris pH 8 100 mM LiSO4 35% PEG 400 40 mM glucose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03327 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03327 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 4006 / % possible obs: 96.92 % / 冗長度: 9.3 % / Net I/σ(I): 13.73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4qnc

4qnc


解像度: 2.8→29 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2683 480 12.25 %
Rwork0.2419 --
obs0.2456 3919 96.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1326 0 41 0 1367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051395
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8761892
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.829799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7942-3.19810.31261480.27711051X-RAY DIFFRACTION90
3.1981-4.02760.26661550.24421190X-RAY DIFFRACTION100
4.0276-29.01220.25741770.23121198X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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