PDB-5uhj: The crystal structure of a natural product biosynthetic enzyme fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uhj

タイトル

The crystal structure of a natural product biosynthetic enzyme from Streptomyces sp. CB03234

要素

Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro

機能・相同性

機能・相同性情報

dioxygenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. CB03234 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Tan, K. / Li, H. / Endres, M. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of a natural product biosynthetic enzyme from Streptomyces sp. CB03234
著者: Tan, K. / Li, H. / Endres, M. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2017年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年9月23日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uhj.cif.gz	112 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uhj.ent.gz	91.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uhj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uhj_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uhj_full_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示
XML形式データ	5uhj_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	5uhj_validation.cif.gz	16.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/5uhj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/5uhj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4hc5-1 5umq-d 4zv0-d 2p7q-2 3p88-d 1sv6-2 3zrb-2 1gze-1 1g24-3 1g24-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: APC116074

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

B: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

ヘテロ分子

29.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

ヘテロ分子

A: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.836, 33.346, 101.781
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.49, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Glyoxalase/bleomycin resisance protein/dioxygenase 分子量: 14672.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. CB03234 (バクテリア) 遺伝子: tnmS1 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: A0A125SA24
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.57 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: 0.2 M Magnesium Formate, 20% (w/v) PEG3500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月5日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→35 Å / Num. obs: 27985 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.723 / Mean I/σ(I) all: 1.6 / Num. unique all: 1375 / CC_1/2: 0.608 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→30.886 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2432	1359	5.07 %
R_work	0.194	-	-
obs	0.1964	26781	94.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30.886 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1907	0	3	140	2050

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	1947
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.269	2640
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.347	1159
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	297
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	351

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.8125	0.2767	84	0.2512	1557	X-RAY DIFFRACTION	59
1.8125-1.8851	0.252	125	0.2158	2449	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8851-1.9709	0.2656	163	0.206	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9709-2.0748	0.2315	149	0.1895	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0748-2.2047	0.2573	147	0.1835	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2047-2.3749	0.2585	132	0.1896	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3749-2.6138	0.2351	143	0.1927	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6138-2.9917	0.2727	136	0.2086	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9917-3.7682	0.2199	138	0.1829	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7682-30.8906	0.2354	142	0.1914	2736	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9507	0.4849	0.008	1.8559	0.4175	2.3879	-0.0842	0.5102	-0.1345	-0.047	0.095	0.1043	0.0527	-0.6279	-0.0231	0.061	0.0214	-0.0043	0.1426	0.0169	0.1557	-9.1514	-16.049	-1.1619
2	6.9508	-0.0273	0.0459	4.9608	-3.2306	7.5499	0.101	0.9625	-0.156	-0.6308	-0.0125	0.4503	0.1723	-0.6461	-0.1084	0.1055	0.0926	-0.0222	0.2966	0.0045	0.2707	-15.5435	-13.6854	-3.669
3	4.1973	1.4961	-0.581	1.9793	-0.8828	3.8289	0.1671	0.3445	-0.1805	-0.3322	-0.1024	-0.3076	0.1339	-0.6241	-0.0723	0.1034	0.0054	0.0252	0.1688	0.0144	0.2164	-9.6918	-16.0406	-3.7575
4	2.9556	0.072	-1.0972	4.1694	0.7676	5.1798	-0.0147	-0.306	-0.1984	0.2798	0.1153	-0.3018	0.1241	0.1291	-0.078	0.0838	0.0098	-0.0063	0.1362	0.0228	0.1496	-5.3698	-18.1005	12.6127
5	6.1884	-0.7301	2.3152	1.4953	1.1774	2.3691	-0.0524	-0.853	-0.2874	0.3086	0.5767	0.0745	0.8051	-0.2989	-0.2361	0.4892	0.0015	-0.0863	0.219	0.0218	0.1939	-4.8821	-23.4417	60.6002
6	3.2102	-0.2366	1.0168	2.8772	0.5292	5.2491	-0.2356	-0.2953	0.2944	-0.0636	0.0133	0.4372	-0.4144	-1.8183	0.0214	0.2667	0.0614	-0.0101	0.4988	0.0184	0.1698	-20.8736	-12.4711	44.5982
7	2.1931	0.4668	-1.0406	3.8815	-2.3159	1.6737	0.0173	-0.8288	0.2963	0.4461	0.286	0.5266	0.6707	-1.8778	0.0694	0.3158	-0.1444	-0.0225	0.9427	0.0082	0.3048	-23.4866	-18.1698	49.1638
8	4.2781	-2.1655	0.5219	5.1448	-0.9605	4.0777	0.2288	-0.2432	-0.5395	0.0538	-0.104	0.0641	0.7572	-0.7785	-0.1043	0.393	-0.1512	-0.1016	0.2707	0.0457	0.171	-16.3042	-21.3573	49.697
9	5.4207	-1.959	-0.0794	8.048	0.8518	5.2472	0.0226	-0.2177	0.6822	0.6497	-0.2153	-0.0247	-0.4892	-1.0512	0.0284	0.3544	0.0789	-0.0365	0.3934	0.0183	0.2341	-19.55	-9.8033	52.6939
10	0.5518	-0.5512	0.638	1.0229	-1.6226	3.7387	-0.1937	-0.3215	0.2086	0.6294	0.3103	0.1811	-1.3157	-0.5306	0.0174	0.9361	0.1247	-0.0718	0.2687	0.0409	0.3222	-13.32	-2.6305	49.2513
11	3.6182	-0.9655	-0.1955	6.0223	3.075	1.6216	0.0618	0.2642	0.2379	-0.013	0.2994	-0.4817	0.2095	0.4721	-0.1274	0.389	0.0488	-0.0738	0.1969	-0.0218	0.1451	-6.2061	-18.7688	39.935
12	2.642	-0.447	-0.0801	3.0361	0.2619	5.3579	-0.074	0.454	-0.0702	-0.5382	0.1372	0.2748	0.5805	-0.4209	-0.162	0.3006	-0.0257	-0.0007	0.2678	-0.0095	0.0887	-11.7839	-19.5865	27.6902
13	6.5551	1.2161	-0.3932	6.5086	-0.7319	8.6266	0.1478	0.1637	0.3462	0.1778	0.1387	0.0439	-0.7029	-0.3042	-0.091	0.2629	0.043	0.0054	0.2875	-0.0007	0.0583	-11.8506	-11.5358	31.2285
14	6.4674	-7.3341	-0.1344	9.2958	0.7166	0.3298	0.3514	0.5121	1.0006	-0.3315	-0.4556	-1.5339	-0.2857	2.1254	-0.1544	0.2459	0.0307	0.0346	0.7842	0.0995	0.3529	0.4774	-15.3998	30.5866
15	6.1313	-2.7886	-1.6912	6.7713	1.0953	8.2121	0.2919	0.1405	0.3714	-0.1738	0.1063	-0.5301	-0.379	0.3591	-0.2756	0.248	-0.001	-0.0478	0.1631	-0.022	0.125	-8.354	-13.1983	37.4766

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 40 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 41 through 61 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 62 through 125 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 6 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 7 through 24 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 25 through 40 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 41 through 51 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 52 through 61 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 62 through 71 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 72 through 80 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 81 through 90 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 91 through 97 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 98 through 107 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 108 through 125 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)