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- PDB-5ugy: Influenza hemagglutinin in complex with a neutralizing antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ugy
タイトルInfluenza hemagglutinin in complex with a neutralizing antibody
要素
  • (Hemagglutinin ...) x 2
  • CH65 heavy chain
  • CH65 light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / influenza hemagglutinin / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...immunoglobulin complex / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / : / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily ...: / Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / : / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ribbon / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin / Hemagglutinin / IGL@ protein / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.801 Å
データ登録者Whittle, J.R.R. / Jenni, S. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2011
タイトル: Broadly neutralizing human antibody that recognizes the receptor-binding pocket of influenza virus hemagglutinin.
著者: Whittle, J.R. / Zhang, R. / Khurana, S. / King, L.R. / Manischewitz, J. / Golding, H. / Dormitzer, P.R. / Haynes, B.F. / Walter, E.B. / Moody, M.A. / Kepler, T.B. / Liao, H.X. / Harrison, S.C.
履歴
登録2017年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年1月25日ID: 3SM5
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2
E: Hemagglutinin HA1
F: Hemagglutinin HA2
H: CH65 heavy chain
I: CH65 heavy chain
J: CH65 heavy chain
L: CH65 light chain
M: CH65 light chain
N: CH65 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)313,20927
ポリマ－307,57612
非ポリマー5,63315
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area52610 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area119270 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)154.824, 192.190, 333.219
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain N
21chain L
31chain M
12chain A
22chain C
32chain E
13chain B
23chain D
33chain F
14chain J
24chain H
34chain I

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain NN2 - 211
211chain LL2 - 211
311chain MM2 - 211
112chain AA4 - 8290
212chain CC4 - 8290
312chain EE4 - 8290
113chain BB501 - 673
213chain DD501 - 673
313chain FF501 - 673
114chain JJ1 - 227
214chain HH1 - 227
314chain II1 - 227

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1


分子量: 36024.344 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 18-339 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Solomon Islands/3/2006(H1N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): HI-5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A7UPX0, UniProt: A7Y8A6*PLUS
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2


分子量: 19841.041 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 344-516 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Solomon Islands/3/2006(H1N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): HI-5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A7UPX0, UniProt: A7Y8I1*PLUS

-
抗体 , 2種, 6分子 HIJLMN

#3: 抗体 CH65 heavy chain


分子量: 24387.211 Da / 分子数: 3 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6C4S0
#4: 抗体 CH65 light chain


分子量: 22272.625 Da / 分子数: 3 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGL@ / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N355

-
糖 , 3種, 15分子

#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM Tris, 5% PEG400, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月18日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.923 Å / Num. obs: 114569 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.702 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.09 / Num. measured all: 653278 / Scaling rejects: 2338
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.8-2.873.8215.5760.3163560.1316.40970.9
2.87-2.954.343.1430.565940.2133.55776.2
2.95-3.044.6572.3760.7169190.2972.66981.5
3.04-3.134.9441.7241.0373690.4731.92289.5
3.13-3.235.3711.051.7479070.6711.16398.7
3.23-3.356.0610.7232.7477370.8280.79299.8
3.35-3.476.2940.4854.174390.9250.5399.9
3.47-3.616.3010.3455.8271710.9560.376100
3.61-3.786.2670.2557.7569270.9730.27899.9
3.78-3.966.2660.29.5765870.9860.21899.9
3.96-4.176.2390.14213.1863150.9910.155100
4.17-4.436.2260.10616.7659330.9950.11599.9
4.43-4.736.2050.08220.7856080.9970.0999.9
4.73-5.116.2090.07622.2652320.9970.08399.9
5.11-5.66.1730.07123.2248570.9970.07799.9
5.6-6.266.1260.0723.3243650.9970.077100
6.26-7.236.0110.06226.3638730.9970.06899.8
7.23-8.855.7990.04333.9633160.9980.04799.8
8.85-12.525.7760.0345.6225950.9990.03399.8
12.52-29.9235.3320.02844.9114690.9990.03196.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1RVZ

1rvz


解像度: 2.801→29.923 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2888 2752 2.47 %
Rwork0.2591 --
obs0.2598 111548 91.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 176.94 Å2 / Biso mean: 49.1023 Å2 / Biso min: 3.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.801→29.923 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21513 0 723 0 22236
Biso mean--102.57 --
残基数----2781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00322467
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68530618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0473402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073936
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.20917982
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11N3612X-RAY DIFFRACTION2.508TORSIONAL
12L3612X-RAY DIFFRACTION2.508TORSIONAL
13M3612X-RAY DIFFRACTION2.508TORSIONAL
21A6161X-RAY DIFFRACTION2.508TORSIONAL
22C6161X-RAY DIFFRACTION2.508TORSIONAL
23E6161X-RAY DIFFRACTION2.508TORSIONAL
31B3268X-RAY DIFFRACTION2.508TORSIONAL
32D3268X-RAY DIFFRACTION2.508TORSIONAL
33F3268X-RAY DIFFRACTION2.508TORSIONAL
41J3903X-RAY DIFFRACTION2.508TORSIONAL
42H3903X-RAY DIFFRACTION2.508TORSIONAL
43I3903X-RAY DIFFRACTION2.508TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8006-2.84890.4203630.39852274233739
2.8489-2.90060.3969940.38573788388264
2.9006-2.95640.3981000.38874366446674
2.9564-3.01660.38081350.37944635477079
3.0166-3.08220.40981150.38735033514885
3.0822-3.15380.44371380.35635493563193
3.1538-3.23260.41491450.345869601499
3.2326-3.31990.35741670.321658636030100
3.3199-3.41740.36421370.312858726009100
3.4174-3.52760.32751530.285959386091100
3.5276-3.65340.28311580.260358776035100
3.6534-3.79940.27161460.242659156061100
3.7994-3.9720.28141380.233159546092100
3.972-4.18090.23751180.218959616079100
4.1809-4.4420.25051440.206559246068100
4.442-4.78370.21121440.191559506094100
4.7837-5.26280.22471610.188759556116100
5.2628-6.01890.2361570.21659956152100
6.0189-7.56290.26681630.233960196182100
7.5629-29.92490.22231760.22796115629199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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