PDB-5ugf: Crystal structure of human purine nucleoside phosphorylase (F159Y...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ugf

タイトル

Crystal structure of human purine nucleoside phosphorylase (F159Y) mutant complexed with DADMe-ImmG and phosphate

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / phosphorylase / inhibitor / transition state analogue / purine salvage pathway / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / nucleotide biosynthetic process / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / inosine catabolic process / urate biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Harijan, R.K. / Cameron, S.A. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Catalytic-site design for inverse heavy-enzyme isotope effects in human purine nucleoside phosphorylase.
著者: Harijan, R.K. / Zoi, I. / Antoniou, D. / Schwartz, S.D. / Schramm, V.L.

履歴

登録	2017年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ugf.cif.gz	364.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ugf.ent.gz	294.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ugf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ugf_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ugf_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	5ugf_validation.xml.gz	67.7 KB	表示
CIF形式データ	5ugf_validation.cif.gz	95.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/5ugf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/5ugf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3phbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ear-d 2ai3-1 4ece-1 5tbv-1 2oc9-1 5etj-2 1v2h-1 4ece-2 1yqq-d 3k8o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

B: Purine nucleoside phosphorylase

C: Purine nucleoside phosphorylase

D: Purine nucleoside phosphorylase

E: Purine nucleoside phosphorylase

F: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

219 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

B: Purine nucleoside phosphorylase

C: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Purine nucleoside phosphorylase

E: Purine nucleoside phosphorylase

F: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.960, 124.270, 136.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 285	32 - 316
2	1	MET	MET	PRO	PRO	B	B	1 - 285	32 - 316
1	2	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 285	32 - 316
2	2	MET	MET	PRO	PRO	C	C	1 - 285	32 - 316
1	3	MET	MET	ASP	ASP	A	A	1 - 286	32 - 317
2	3	MET	MET	ASP	ASP	D	D	1 - 286	32 - 317
1	4	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 285	32 - 316
2	4	MET	MET	PRO	PRO	E	E	1 - 285	32 - 316
1	5	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 285	32 - 316
2	5	MET	MET	PRO	PRO	F	F	1 - 285	32 - 316
1	6	LEU	LEU	PRO	PRO	B	B	0 - 285	31 - 316
2	6	LEU	LEU	PRO	PRO	C	C	0 - 285	31 - 316
1	7	MET	MET	PRO	PRO	B	B	1 - 285	32 - 316
2	7	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 285	32 - 316
1	8	LEU	LEU	ASP	ASP	B	B	0 - 286	31 - 317
2	8	LEU	LEU	ASP	ASP	E	E	0 - 286	31 - 317
1	9	LEU	LEU	ASP	ASP	B	B	0 - 286	31 - 317
2	9	LEU	LEU	ASP	ASP	F	F	0 - 286	31 - 317
1	10	MET	MET	PRO	PRO	C	C	1 - 285	32 - 316
2	10	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 285	32 - 316
1	11	LEU	LEU	PRO	PRO	C	C	0 - 285	31 - 316
2	11	LEU	LEU	PRO	PRO	E	E	0 - 285	31 - 316
1	12	LEU	LEU	PRO	PRO	C	C	0 - 285	31 - 316
2	12	LEU	LEU	PRO	PRO	F	F	0 - 285	31 - 316
1	13	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 285	32 - 316
2	13	MET	MET	PRO	PRO	E	E	1 - 285	32 - 316
1	14	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 285	32 - 316
2	14	MET	MET	PRO	PRO	F	F	1 - 285	32 - 316
1	15	LEU	LEU	ASP	ASP	E	E	0 - 286	31 - 317
2	15	LEU	LEU	ASP	ASP	F	F	0 - 286	31 - 317

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / PNP / Inosine phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 35731.652 Da / 分子数: 6 / 変異: F159Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PNP, NP 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P00491, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	... ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-IM5 / 2-amino-7-{[(3R,4R)-3-hydroxy-4-(hydroxymethyl)pyrrolidin-1-yl]methyl}-3,5-dihydro-4H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-one / DADMe-ImmG 分子量: 279.295 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₇N₅O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.88 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5, 0.2 M lithium sulfate, 25% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月18日
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→69.26 Å / Num. obs: 91303 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 24 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC_1/2: 0.71 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3PHB

3phb

解像度: 2.2→69.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 7.822 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23809	4492	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21382	-	-	-
obs	0.21503	86719	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.993 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→69.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13348	0	265	713	14326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	13957
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	12632
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.368	1.974	18955
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.931	3	29231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.178	5	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.537	23.649	633
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.746	15	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.032	15	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	15549
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2925
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.78	3.558	6903
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.78	3.557	6902
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.195	5.326	8627
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.195	5.327	8628
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.429	3.679	7054
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.429	3.679	7055
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.526	5.47	10329
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.501	40.511	15367
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.501	40.511	15368
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	17876	0.07
1	2	B	17876	0.07
2	1	A	17784	0.08
2	2	C	17784	0.08
3	1	A	17940	0.07
3	2	D	17940	0.07
4	1	A	17822	0.07
4	2	E	17822	0.07
5	1	A	17540	0.09
5	2	F	17540	0.09
6	1	B	17900	0.07
6	2	C	17900	0.07
7	1	B	17922	0.06
7	2	D	17922	0.06
8	1	B	18012	0.05
8	2	E	18012	0.05
9	1	B	17642	0.08
9	2	F	17642	0.08
10	1	C	17706	0.07
10	2	D	17706	0.07
11	1	C	17686	0.07
11	2	E	17686	0.07
12	1	C	17782	0.06
12	2	F	17782	0.06
13	1	D	17934	0.05
13	2	E	17934	0.05
14	1	D	17556	0.07
14	2	F	17556	0.07
15	1	E	17706	0.07
15	2	F	17706	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	341	-
R_work	0.3	6338	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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