[日本語] English
万見
- PDB-5ug3: NMR SOLUTION STRUCTURE OF ALPHA-CONOTOXIN GID MUTANT A10V -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ug3
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF ALPHA-CONOTOXIN GID MUTANT A10V
要素Alpha-conotoxin GID
キーワードTOXIN / Neurotoxin / neuronal nicotinic acetylcholine receptors
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Conotoxin, alpha-type / Alpha conotoxin precursor / Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-conotoxin GID
類似検索 - 構成要素
生物種Conus geographus (アンボイナ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Hussein, A.K. / Leffler, A.E. / Zebroski, H.A. / Powell, S.R. / Kuryatov, A. / Filipenko, P. / Gorson, J. / Heizmann, A. / Lyskov, S. / Nicke, A. ...Hussein, A.K. / Leffler, A.E. / Zebroski, H.A. / Powell, S.R. / Kuryatov, A. / Filipenko, P. / Gorson, J. / Heizmann, A. / Lyskov, S. / Nicke, A. / Lindstrom, J. / Rudy, B. / Bonneau, R. / Holford, M. / Poget, S.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1253277 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Discovery of peptide ligands through docking and virtual screening at nicotinic acetylcholine receptor homology models.
著者: Leffler, A.E. / Kuryatov, A. / Zebroski, H.A. / Powell, S.R. / Filipenko, P. / Hussein, A.K. / Gorson, J. / Heizmann, A. / Lyskov, S. / Tsien, R.W. / Poget, S.F. / Nicke, A. / Lindstrom, J. / ...著者: Leffler, A.E. / Kuryatov, A. / Zebroski, H.A. / Powell, S.R. / Filipenko, P. / Hussein, A.K. / Gorson, J. / Heizmann, A. / Lyskov, S. / Tsien, R.W. / Poget, S.F. / Nicke, A. / Lindstrom, J. / Rudy, B. / Bonneau, R. / Holford, M.
履歴
登録2017年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42019年12月4日Group: Experimental preparation / カテゴリ: pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / Item: _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alpha-conotoxin GID


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1771
ポリマ－2,1771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Alpha-conotoxin GID


分子量: 2177.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus geographus (アンボイナ) / 参照: UniProt: P60274

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
114isotropic22D 1H-1H TOCSY
124isotropic22D 1H-1H NOESY
134isotropic22D DQF-COSY
143isotropic12D 1H-13C HSQC
153isotropic12D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution31.5 mM A10V design 5 mutant, 100% D2OD20 conditions100% D2O
solution41.5 mM A10V design 5 mutant, 90% H2O/10% D2OH20 conditions90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMA10V design 5 mutantnone3
1.5 mMA10V design 5 mutantnone4
試料状態イオン強度: 0 Not defined / Label: Condition1 / pH: 3 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / 温度: 280 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNMRCCPNchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMRVariancollection
TopSpinBruker Biospincollection
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る