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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2kux | ||||||
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タイトル | Solution structure of the cyclotide kalata B5 from Oldenlandia affinis | ||||||
要素 | Kalata-B5 | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN (植物) / cyclotide (シクロチド) / plant defense peptide / circular backbone / Disulfide bond (ジスルフィド) / Knottin / Plant defense | ||||||
機能・相同性 | Cyclotide, bracelet, conserved site / Cyclotides bracelet subfamily signature. / Cyclotides profile. / シクロチド / Cyclotide superfamily / Cyclotide family / defense response / Kalata-B5 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Oldenlandia affinis (植物) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
データ登録者 | Rosengren, K.J. / Craik, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biopolymers / 年: 2010 タイトル: Structural and biochemical characteristics of the cyclotide kalata B5 from Oldenlandia affinis 著者: Plan, M.R. / Rosengren, K.J. / Sando, L. / Daly, N.L. / Craik, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2kux.cif.gz | 158.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2kux.ent.gz | 135 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2kux.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/2kux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/2kux | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3086.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oldenlandia affinis (植物) / 参照: UniProt: P58456 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: NMR solution structure of backbone cyclic plant peptide kalata B5. This peptide is head-to-tail cyclic, i.e. has a peptide bond between the N and C terminus. | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1-2mM Kalata-B5, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 単位: mM / 構成要素: Kalata-B5 / Conc. range: 1-2 |
試料状態 | イオン強度: 0 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: Structures were calculated using torsion angle dynamics and subsequently refined by cartesian coordinate dynamics and powell minimization in explicit solvent using CNS. | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1 |