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- PDB-5ufh: The crystal structure of a LacI-type transcription regulator from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ufh
タイトルThe crystal structure of a LacI-type transcription regulator from Bifidobacterium animalis subsp. lactis DSM 10140
要素LacI-type transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Human Microbiome / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MC SG / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I ...LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / LacI-type transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium animalis subsp. lactis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Tan, K. / Li, H. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115586 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of a LacI-type transcription regulator from Bifidobacterium animalis subsp. lactis DSM 10140
著者: Tan, K. / Li, H. / Endres, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2017年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LacI-type transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,17424
ポリマ－38,7181
非ポリマー1,45623
水3,351186
1
A: LacI-type transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: LacI-type transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,34948
ポリマ－77,4362
非ポリマー2,91246
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area10830 Å2
ΔGint45 kcal/mol
Surface area20400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.326, 60.171, 67.188
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 LacI-type transcriptional regulator


分子量: 38718.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium animalis subsp. lactis (strain AD011) (バクテリア)
株: AD011 / 遺伝子: BLA_0054 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: B8DV56
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物...
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.26 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris:HCl, 6 M Ammonium Nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月5日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→22.574 Å / Num. obs: 46714 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 38.9
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.699 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / CC1/2: 0.74 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→22.574 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1843 2333 5 %
Rwork0.1647 --
obs0.1657 46658 96.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→22.574 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2133 0 94 186 2413
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.133083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.465795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007424
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.47960.27971200.26862475X-RAY DIFFRACTION92
1.4796-1.51180.23361380.24432540X-RAY DIFFRACTION95
1.5118-1.5470.24591430.22332558X-RAY DIFFRACTION96
1.547-1.58560.24381290.20562565X-RAY DIFFRACTION96
1.5856-1.62850.2321450.20042593X-RAY DIFFRACTION96
1.6285-1.67640.20891350.18962569X-RAY DIFFRACTION96
1.6764-1.73050.19191590.18142568X-RAY DIFFRACTION96
1.7305-1.79230.22051300.17732604X-RAY DIFFRACTION97
1.7923-1.8640.2091170.17172634X-RAY DIFFRACTION97
1.864-1.94880.18291380.1682616X-RAY DIFFRACTION97
1.9488-2.05150.20091530.1582611X-RAY DIFFRACTION97
2.0515-2.17990.16761460.15032605X-RAY DIFFRACTION98
2.1799-2.34810.17671470.15612647X-RAY DIFFRACTION98
2.3481-2.58410.17681350.15882662X-RAY DIFFRACTION98
2.5841-2.95730.17571510.16282665X-RAY DIFFRACTION99
2.9573-3.72320.16981230.14912701X-RAY DIFFRACTION99
3.7232-22.57650.16441240.15682712X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1162-0.24981.2143.4321.25573.39040.0835-0.0302-0.1192-0.07330.2608-0.35590.25950.3414-0.28680.2065-0.0086-0.0380.20890.00120.179723.530427.739921.4684
21.37411.10710.29011.07820.2781.4237-0.10040.09290.0202-0.10480.02150.0235-0.0106-0.00680.07170.1338-0.00250.00340.14610.01830.106622.565349.22846.6563
31.16910.74180.55491.58310.07191.29120.006-0.050.04640.011-0.0449-0.0063-0.0248-0.02910.04890.09760.01050.01160.12570.010.105422.736149.278818.4219
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 63 through 155 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 156 through 217 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 218 through 344 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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