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- PDB-5udt: LarE, a sulfur transferase involved in synthesis of the cofactor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5udt
タイトルLarE, a sulfur transferase involved in synthesis of the cofactor for lactate racemase, in complex with AMP
要素Lactate racemization operon protein LarE
キーワードTRANSFERASE / Lar / sulfur transferase / LarE / AMPylation / hexamer / trimer / PP-loop / AMP / ATP pyrophophatase domain / lactate / lactate racemization / lactate racemase
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide synthase / sulfurtransferase activity / lyase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide synthase LarE / NAD/GMP synthase / NAD synthase / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.188 Å
データ登録者Fellner, M. / Desguin, B. / Hausinger, R.P. / Hu, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1516126 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of a sacrificial sulfur insertase of the N-type ATP pyrophosphatase family, LarE.
著者: Fellner, M. / Desguin, B. / Hausinger, R.P. / Hu, J.
履歴
登録2016年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactate racemization operon protein LarE
B: Lactate racemization operon protein LarE
C: Lactate racemization operon protein LarE
D: Lactate racemization operon protein LarE
E: Lactate racemization operon protein LarE
F: Lactate racemization operon protein LarE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,92415
ポリマ－190,3136
非ポリマー1,6119
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13050 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area62080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.299, 166.299, 124.925
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 4 through 17 and (name N...
21(chain B and ((resid 4 through 17 and (name N...
31(chain C and ((resid 4 through 17 and (name N...
41(chain E and ((resid 4 through 17 and (name N...
12(chain D and ((resid 26 through 42 and (name N...
22(chain F and ((resid 26 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LEULEUASPASP(chain A and ((resid 4 through 17 and (name N...AA4 - 174 - 17
121THRTHRPHEPHE(chain A and ((resid 4 through 17 and (name N...AA3 - 2583 - 258
131THRTHRPHEPHE(chain A and ((resid 4 through 17 and (name N...AA3 - 2583 - 258
141THRTHRPHEPHE(chain A and ((resid 4 through 17 and (name N...AA3 - 2583 - 258
151THRTHRPHEPHE(chain A and ((resid 4 through 17 and (name N...AA3 - 2583 - 258
211LEULEUASPASP(chain B and ((resid 4 through 17 and (name N...BB4 - 174 - 17
221ALAALAARGARG(chain B and ((resid 4 through 17 and (name N...BB2 - 2592 - 259
231ALAALAARGARG(chain B and ((resid 4 through 17 and (name N...BB2 - 2592 - 259
241ALAALAARGARG(chain B and ((resid 4 through 17 and (name N...BB2 - 2592 - 259
251ALAALAARGARG(chain B and ((resid 4 through 17 and (name N...BB2 - 2592 - 259
311LEULEUASPASP(chain C and ((resid 4 through 17 and (name N...CC4 - 174 - 17
321THRTHRPHEPHE(chain C and ((resid 4 through 17 and (name N...CC3 - 2583 - 258
331THRTHRPHEPHE(chain C and ((resid 4 through 17 and (name N...CC3 - 2583 - 258
341THRTHRPHEPHE(chain C and ((resid 4 through 17 and (name N...CC3 - 2583 - 258
351THRTHRPHEPHE(chain C and ((resid 4 through 17 and (name N...CC3 - 2583 - 258
411LEULEUASPASP(chain E and ((resid 4 through 17 and (name N...EE4 - 174 - 17
421LEULEUPHEPHE(chain E and ((resid 4 through 17 and (name N...EE4 - 2584 - 258
431LEULEUPHEPHE(chain E and ((resid 4 through 17 and (name N...EE4 - 2584 - 258
441LEULEUPHEPHE(chain E and ((resid 4 through 17 and (name N...EE4 - 2584 - 258
451LEULEUPHEPHE(chain E and ((resid 4 through 17 and (name N...EE4 - 2584 - 258
112SERSERLEULEU(chain D and ((resid 26 through 42 and (name N...DD26 - 4226 - 42
122SERSERSERSER(chain D and ((resid 26 through 42 and (name N...DD26 - 26026 - 260
132SERSERSERSER(chain D and ((resid 26 through 42 and (name N...DD26 - 26026 - 260
142SERSERSERSER(chain D and ((resid 26 through 42 and (name N...DD26 - 26026 - 260
152SERSERSERSER(chain D and ((resid 26 through 42 and (name N...DD26 - 26026 - 260
212SERSERSERSER(chain F and ((resid 26 and (name N or name...FF2626
222VALVALPHEPHE(chain F and ((resid 26 and (name N or name...FF23 - 25823 - 258
232VALVALPHEPHE(chain F and ((resid 26 and (name N or name...FF23 - 25823 - 258
242VALVALPHEPHE(chain F and ((resid 26 and (name N or name...FF23 - 25823 - 258
252VALVALPHEPHE(chain F and ((resid 26 and (name N or name...FF23 - 25823 - 258

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Lactate racemization operon protein LarE


分子量: 31718.766 Da / 分子数: 6 / 変異: C-terminal fusion to ASWSHPQFEK / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (strain ATCC BAA-793 / NCIMB 8826 / WCFS1) (バクテリア)
株: ATCC BAA-793 / NCIMB 8826 / WCFS1 / 遺伝子: larE, lp_0109 / プラスミド: pGIR076 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arctic express DE3 / 参照: UniProt: F9UST4
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.06 % / Mosaicity: 0.23 °
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 4 ul ~21 mg/ml LarE (100 mM Tris-HCl pH 7.5, 300 mM NaCl, 4 mM adenosine triphosphate, 10 mM magnesium chloride) mixed with 2 ul reservoir solution. Hanging drop reservoir contained 100 ul of 28% Tacsimate pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.188→47.185 Å / Num. obs: 33575 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 81.02 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.19-3.345.30.6380.764199.1
10.57-47.184.60.0210.999197.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation8.35 Å47.18 Å
Translation8.35 Å47.18 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1-2575精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER2.6.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UDQ

5udq


解像度: 3.188→47.185 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 28.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2727 3291 5.12 %
Rwork0.2068 --
obs0.2102 32111 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 199.3 Å2 / Biso mean: 90.614 Å2 / Biso min: 38.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.188→47.185 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9876 0 99 0 9975
Biso mean--92.66 --
残基数----1393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110163
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11513858
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611619
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011821
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4733299
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3830X-RAY DIFFRACTION10.828TORSIONAL
12B3830X-RAY DIFFRACTION10.828TORSIONAL
13C3830X-RAY DIFFRACTION10.828TORSIONAL
14E3830X-RAY DIFFRACTION10.828TORSIONAL
21D1270X-RAY DIFFRACTION10.828TORSIONAL
22F1270X-RAY DIFFRACTION10.828TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1879-3.23340.34541060.31492478258496
3.2334-3.28160.34941400.305825362676100
3.2816-3.33290.40531220.292925782700100
3.3329-3.38750.37261380.288525592697100
3.3875-3.44590.34661560.268424922648100
3.4459-3.50860.35241470.27332496264399
3.5086-3.5760.29951480.253325602708100
3.576-3.6490.34911430.26425382681100
3.649-3.72830.38811360.267625082644100
3.7283-3.8150.31781260.231825522678100
3.815-3.91040.25831370.201425602697100
3.9104-4.0160.26291320.194125802712100
4.016-4.13410.23811560.187825082664100
4.1341-4.26750.25971380.183625582696100
4.2675-4.41990.28761360.196425412677100
4.4199-4.59670.27271300.179125462676100
4.5967-4.80580.25711500.178625342684100
4.8058-5.05880.25011580.167725552713100
5.0588-5.37540.24571500.172625212671100
5.3754-5.78970.26141400.187225422682100
5.7897-6.37110.2261260.199225542680100
6.3711-7.29010.28671130.209425712684100
7.2901-9.17370.23431120.170525712683100
9.1737-47.18980.21741510.19182493264498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.34523.05114.83150.93164.146-0.646-0.91891.04640.337-0.57860.4512-1.41170.09851.0242.4941-0.25490.49811.0409-0.09020.79947.3585-21.3468-27.602
24.8387-1.609-2.11758.38762.35924.9551-0.0994-0.77290.49170.11890.49880.9445-0.22581.2123-0.41960.78520.0460.22271.33430.26380.80440.9044-37.5024-37.314
32.50632.48312.6657.44440.62973.5274-0.07670.37870.24940.08380.36840.3688-0.41891.6709-0.14351.3334-0.01760.28391.72760.30610.742652.9885-26.0871-36.0795
40.0131-0.640.99914.5674-0.45042.86630.45950.07370.40190.4942-0.354-0.0443-0.3387-0.7727-0.12670.942-0.03410.22441.49080.25680.659450.1436-48.4909-33.285
56.88372.259-4.28457.4661-3.85313.38290.01920.03170.17550.10540.12840.09250.1636-0.3095-0.15660.7796-0.01810.00860.97690.03090.228557.8589-61.5951-34.4659
65.2371-4.29521.25959.334-3.46824.2270.43770.46470.4032-0.4211-0.21720.38580.1115-0.3994-0.20430.505-0.1666-0.02780.96510.04170.381548.2798-39.20233.5005
72.24590.58130.14689.56120.7438-0.09330.0225-0.1532-0.01380.90860.02380.43290.14380.123-0.06620.7497-0.14720.03881.02780.01980.278652.6119-54.206610.2756
84.5362-0.6846-0.29659.091-2.35787.60470.50010.556-0.5924-1.0678-0.0720.8160.1975-1.0866-0.30730.7414-0.0407-0.16011.4298-0.14710.585843.1384-45.526-0.6196
90.3572-1.6923-0.36824.72541.22840.10270.51920.3540.1694-1.0967-0.80010.46670.27720.3730.37291.0864-0.10440.00211.2634-0.0130.43256.6666-57.0805-0.6314
104.2719-0.9793-0.7024.3357-0.37595.0909-0.086-0.5162-0.07420.14620.16510.03910.2351-0.4842-0.06180.9149-0.1682-0.040.8642-0.00440.217667.1242-67.6982-5.9432
117.3427-3.2755-2.20824.92171.3321.608-0.0545-0.2645-0.4217-0.31880.09150.56020.0814-0.0638-0.0520.8221-0.0757-0.07990.79910.07770.304279.3672-26.1498-9.6878
127.30552.92020.76256.2563-0.39052.99580.07750.23960.00440.16080.1308-0.0622-0.46740.0691-0.20760.7210.0482-0.00930.5621-0.02570.163985.6092-50.0028-25.3308
134.2541.2764-4.46977.9421-0.16916.8542-0.00061.1666-1.1678-2.2962-1.6935-0.0529-1.9594-0.96131.74812.03030.1022-0.23321.1613-0.23861.288275.1378-106.4561-27.9192
143.8728-0.7762-2.28525.38970.17761.27910.0753-0.8756-1.0367-0.09350.0846-0.6312-0.18570.3598-0.30311.2131-0.2162-0.22711.09890.1511.051775.4533-105.1693-17.8626
157.75650.34690.40186.1968-0.28373.89150.2913-0.4335-0.49390.51060.1361-0.04150.2582-0.0455-0.4180.8566-0.2548-0.10560.74150.04140.305264.2813-83.6675-15.811
162.3917-2.2972-0.88869.71044.43273.7697-0.04870.8776-0.7497-0.5986-0.01640.6798-0.4071-0.10970.04740.58920.0745-0.02461.2411-0.07820.5677106.2424-84.8228-37.6178
177.03690.91310.36235.5013-0.8681.63550.0261-0.0619-0.11580.28070.1725-0.06010.2405-0.1302-0.15190.73140.0614-0.02480.64060.02420.173591.2956-67.7107-21.5215
184.3558-1.6463-0.26164.40970.85741.68030.31210.9462-2.0889-0.8420.1328-0.292-0.19910.2886-0.42631.0106-0.3549-0.01861.8425-0.60131.422469.0497-88.5219-60.8384
195.8063-1.1295-0.41064.6919-1.20986.3551-0.24190.2755-0.329-0.30080.16160.0970.1721-0.81240.07680.8286-0.12910.07440.8437-0.09780.24969.3359-67.6969-44.1239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 42 )A3 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 114 )A43 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 115 through 162 )A115 - 162
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 163 through 206 )A163 - 206
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 207 through 258 )A207 - 258
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 2 through 58 )B2 - 58
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 59 through 114 )B59 - 114
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 115 through 162 )B115 - 162
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 163 through 189 )B163 - 189
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 190 through 259 )B190 - 259
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 3 through 177 )C3 - 177
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 178 through 258 )C178 - 258
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 26 through 72 )D26 - 72
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 73 through 177 )D73 - 177
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 178 through 260 )D178 - 260
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 4 through 189 )E4 - 189
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 190 through 258 )E190 - 258
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 23 through 189 )F23 - 189
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 190 through 258 )F190 - 258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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