PDB-5uds: LarE, a sulfur transferase involved in synthesis of the cofactor ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uds

タイトル

LarE, a sulfur transferase involved in synthesis of the cofactor for lactate racemase, in complex with MgATP

要素

Lactate racemization operon protein LarE

キーワード

TRANSFERASE / Lar / sulfur transferase / LarE / AMPylation / hexamer / trimer / PP-loop / ATP / magnesium / ATP pyrophophatase domain / lactate / lactate racemization / lactate racemase

機能・相同性

機能・相同性情報

intrinsic cysteine-dependent pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide synthase / sulfurtransferase activity / lyase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactobacillus plantarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Fellner, M. / Desguin, B. / Hausinger, R.P. / Hu, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of a sacrificial sulfur insertase of the N-type ATP pyrophosphatase family, LarE.
著者: Fellner, M. / Desguin, B. / Hausinger, R.P. / Hu, J.

履歴

登録	2016年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uds.cif.gz	328.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uds.ent.gz	265.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uds.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/5uds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/5uds	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5udqSC 5udrC 5udtC 5uduC 5udvC 5udwC 5udxC 5unmC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5udv-d 5udr-d 6utt-d 6b2o-d 5udu-d 5udw-d 6utr-d 6dg3-1 5udq-d 6b2m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lactate racemization operon protein LarE

B: Lactate racemization operon protein LarE

C: Lactate racemization operon protein LarE

D: Lactate racemization operon protein LarE

E: Lactate racemization operon protein LarE

F: Lactate racemization operon protein LarE

ヘテロ分子

194 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.724, 107.724, 318.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-722- HOH
2	1	E-714- HOH
3	1	E-756- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	(CHAIN A AND (RESID 3 THROUGH 6 OR (RESID 7...
2	1	1	(CHAIN B AND (RESID 3 THROUGH 6 OR (RESID 7...
3	1	1	(CHAIN C AND (RESID 3 THROUGH 6 OR (RESID 7...
4	1	1	(CHAIN D AND (RESID 3 THROUGH 18 OR (RESID 20...
5	1	1	(CHAIN E AND (RESID 3 THROUGH 6 OR (RESID 7...
6	1	1	(CHAIN F AND (RESID 3 THROUGH 6 OR (RESID 7...

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Lactate racemization operon protein LarE 分子量: 31718.766 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (strain ATCC BAA-793 / NCIMB 8826 / WCFS1) (バクテリア) 株: ATCC BAA-793 / NCIMB 8826 / WCFS1 / 遺伝子: larE, lp_0109 / プラスミド: pGIR076 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arctic express DE3 / 参照: UniProt: F9UST4
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1033 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.26 % / Mosaicity: 0.23 °
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 4 ul ~39 mg/ml LarE (100 mM Tris-HCl pH 7.5, 300 mM NaCl) mixed with 4 ul reservoir solution. Hanging drop reservoir contained 100 ul of 27.5% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 50 ...詳細: 4 ul ~39 mg/ml LarE (100 mM Tris-HCl pH 7.5, 300 mM NaCl) mixed with 4 ul reservoir solution. Hanging drop reservoir contained 100 ul of 27.5% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 50 mM BIS-TRIS pH 6.5, 105 mM ammonium sulfate). Crystal soaked 3 minutes in 30.0% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 50 mM BIS-TRIS pH 6.5, 50 mM ammonium sulfate, 18.5 mM adenosine triphosphate, 40 mM magnesium chloride.

結晶

マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.26 % / Mosaicity: 0.23 °

結晶化

温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 4 ul ~39 mg/ml LarE (100 mM Tris-HCl pH 7.5, 300 mM NaCl) mixed with 4 ul reservoir solution. Hanging drop reservoir contained 100 ul of 27.5% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 50 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.367→48.02 Å / Num. obs: 77278 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 36.77 Å² / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 2.37→2.42 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.965 / % possible all: 97.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	8.35 Å	48.02 Å
Translation	8.35 Å	48.02 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1-2575	精密化
Aimless	0.5.27	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER	2.6.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UDQ

5udq

解像度: 2.37→47.63 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 24.7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	7312	5.03 %
R_work	0.191	-	-
obs	0.195	72732	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→47.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11553	0	222	1033	12808

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	11992
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.976	16310
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.594	8316
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1893
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2076

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	6306	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	6306	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	6306	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	4	D	6306	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	5	E	6306	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	6	F	6306	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3672-2.3941	0.3555	242	0.281	4389	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3941-2.4223	0.3086	273	0.2673	4552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4223-2.4518	0.3209	258	0.2513	4663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4518-2.4829	0.3368	229	0.2557	4602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4829-2.5155	0.2989	281	0.2466	4545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5155-2.55	0.3205	232	0.239	4632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.5864	0.3077	254	0.2407	4617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5864-2.625	0.3246	267	0.2376	4644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.625-2.6661	0.3303	257	0.2402	4556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6661-2.7098	0.3096	226	0.2259	4622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7098-2.7565	0.3374	278	0.2224	4582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7565-2.8066	0.3062	299	0.2188	4545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8066-2.8606	0.3204	212	0.2176	4649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8606-2.919	0.3141	212	0.2098	4674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.919-2.9824	0.2881	257	0.2154	4589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9824-3.0518	0.3202	218	0.2224	4628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0518-3.1281	0.3058	232	0.2072	4618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1281-3.2126	0.2986	203	0.2028	4671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2126-3.3072	0.2753	241	0.1891	4606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3072-3.4139	0.26	262	0.1893	4578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4139-3.5358	0.2557	307	0.1856	4551	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5358-3.6774	0.2334	185	0.1774	4651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6774-3.8447	0.2296	200	0.166	4706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8447-4.0473	0.212	210	0.1583	4623	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0473-4.3007	0.2243	259	0.1628	4610	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3007-4.6325	0.2116	205	0.1628	4649	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6325-5.0982	0.2219	276	0.1576	4590	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0982-5.8348	0.2407	252	0.1757	4575	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8348-7.3469	0.21	243	0.1799	4620	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3469-47.6419	0.1754	242	0.17	4616	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)