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- PDB-5udr: LarE, a sulfur transferase involved in synthesis of the cofactor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5udr
タイトルLarE, a sulfur transferase involved in synthesis of the cofactor for lactate racemase in complex with nicotinamide mononucleotid NMN
要素ATP-utilizing enzyme of the PP-loopsuperfamily
キーワードTRANSFERASE / Lar / sulfur transferase / LarE / AMPylation / hexamer / trimer / PP-loop / ATP pyrophophatase domain / lactate / lactate racemization / lactate racemase
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide synthase / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / sulfurtransferase activity / lyase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide synthase LarE / NAD/GMP synthase / NAD synthase / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / Uncharacterized protein / Pyridinium-3,5-bisthiocarboxylic acid mononucleotide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Fellner, M. / Desguin, B. / Hausinger, R.P. / Hu, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1516126 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of a sacrificial sulfur insertase of the N-type ATP pyrophosphatase family, LarE.
著者: Fellner, M. / Desguin, B. / Hausinger, R.P. / Hu, J.
履歴
登録2016年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct.title
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-utilizing enzyme of the PP-loopsuperfamily
B: ATP-utilizing enzyme of the PP-loopsuperfamily
C: ATP-utilizing enzyme of the PP-loopsuperfamily
D: ATP-utilizing enzyme of the PP-loopsuperfamily
E: ATP-utilizing enzyme of the PP-loopsuperfamily
F: ATP-utilizing enzyme of the PP-loopsuperfamily
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,43414
ポリマ－190,3136
非ポリマー2,1218
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16150 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area61920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.095, 108.095, 324.964
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質
ATP-utilizing enzyme of the PP-loopsuperfamily / PP-loop superfamily ATP-binding protein / TIGR00268 family protein / Uncharacterized protein


分子量: 31718.766 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア)
遺伝子: A8P51_04975, IV39_GL000116, Nizo1839_0768, Nizo2891_3302, SRCM101060_01452
プラスミド: pGIR076 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arctic express DE3 / 参照: UniProt: A0A0G9FES3, UniProt: F9UST4*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NMN / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE / ニコチンアミドモノヌクレオチド


分子量: 335.227 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N2O8P
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.68 % / Mosaicity: 0.14 °
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 5 ul 23 mg/ml LarE (100 mM Tris-HCl pH 7.5, 300 mM NaCl) was mixed with 5 ul of reservoir solution. Hanging drop reservoir contained 100 ul of 30.0% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH) ...詳細: 5 ul 23 mg/ml LarE (100 mM Tris-HCl pH 7.5, 300 mM NaCl) was mixed with 5 ul of reservoir solution. Hanging drop reservoir contained 100 ul of 30.0% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 50 mM BIS-TRIS pH 6.5, 150 mM ammonium sulfate. Crystals grew to full size within 4 days and remained in the drop for 4 months without notable changes. A single crystal was then transfered to a 10 ul drop containing ~100 mM beta-nicotinamide mononucleotide, 30.0% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH) and 50 mM BIS-TRIS pH 6.5. The drop was incubated for 11 days over a hanging drop reservoir containing 100 ul of 30.0% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 50 mM BIS-TRIS pH 6.5, 100 mM ammonium sulfate before being directly frozen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→48.42 Å / Num. obs: 59143 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 58.05 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.62-2.6912.11.2860.72199
11.41-48.428.90.0320.999198.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.59 Å48.42 Å
Translation7.59 Å48.42 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.29データスケーリング
PHENIX1.11.1-2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER2.7.16位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.62→48.42 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 24.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 5358 4.84 %
Rwork0.2155 --
obs0.217 110671 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 126.94 Å2 / Biso mean: 61.9946 Å2 / Biso min: 28.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.62→48.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11121 0 134 136 11391
Biso mean--87.33 51.5 -
残基数----1488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73315538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491823
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052020
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9443915
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6182-2.6480.39491610.33463460362197
2.648-2.67910.31451840.31334943678100
2.6791-2.71180.31321570.294535393696100
2.7118-2.74610.36891860.290134943680100
2.7461-2.78230.31811800.281435473727100
2.7823-2.82040.27071560.278634833639100
2.8204-2.86070.31811930.269435123705100
2.8607-2.90330.29661520.259935433695100
2.9033-2.94870.30951970.262335253722100
2.9487-2.9970.30471690.267835383707100
2.997-3.04870.32231940.274934633657100
3.0487-3.10410.32711740.272335293703100
3.1041-3.16380.28482350.265734773712100
3.1638-3.22840.31842060.266934593665100
3.2284-3.29860.27771520.247635473699100
3.2986-3.37530.28641420.238135493691100
3.3753-3.45970.27011730.221735443717100
3.4597-3.55320.24091760.226635033679100
3.5532-3.65770.24992460.219234333679100
3.6577-3.77570.27221990.214635013700100
3.7757-3.91060.24332020.204934883690100
3.9106-4.06710.20391680.195235053673100
4.0671-4.25210.21671450.183935693714100
4.2521-4.47620.16831750.169635353710100
4.4762-4.75640.21631920.172734853677100
4.7564-5.12330.20751770.179935403717100
5.1233-5.63810.24631600.201335233683100
5.6381-6.45240.27841620.219935203682100
6.4524-8.12310.20541520.194335423694100
8.1231-48.43070.19321930.18123466365999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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