PDB-5ud6: Crystal structure of DHDPS from Cyanidioschyzon merolae with lysi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ud6

タイトル

Crystal structure of DHDPS from Cyanidioschyzon merolae with lysine bound

要素

Dihydrodipicolinate synthase

キーワード

LYASE / DHDPS

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / chloroplast
類似検索 - 分子機能

生物種

Cyanidioschyzon merolae (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Watkin, S. / Keown, J.R. / Pearce, F.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of DHDPS from Cyanidioschyzon merolae with lysine bound
著者: Watkin, S. / Keown, J.R. / Pearce, F.G.

履歴

登録	2016年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月5日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name ..._audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ud6.cif.gz	449.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ud6.ent.gz	379.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ud6_validation.pdf.gz	471.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ud6_full_validation.pdf.gz	476.2 KB	表示
XML形式データ	5ud6_validation.xml.gz	43.8 KB	表示
CIF形式データ	5ud6_validation.cif.gz	61.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/5ud6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/5ud6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1xl9-d 5f1u-d 3flu-d 5ktl-1 5j5d-1 3a5f-1 4mlr-1 3hij-d 1xxx-2 4m19-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydrodipicolinate synthase

B: Dihydrodipicolinate synthase

C: Dihydrodipicolinate synthase

D: Dihydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

142 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.630, 74.700, 97.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.310, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	8 - 305
2	1	B	8 - 305
1	2	A	8 - 304
2	2	C	8 - 304
1	3	A	8 - 304
2	3	D	8 - 304
1	4	B	8 - 304
2	4	C	8 - 304
1	5	B	8 - 304
2	5	D	8 - 304
1	6	C	8 - 306
2	6	D	8 - 306

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Dihydrodipicolinate synthase 分子量: 35267.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cyanidioschyzon merolae (真核生物) 株: 10D / 遺伝子: CYME_CME179C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1V4H9
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M CaCl2 and 20% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→94.93 Å / Num. obs: 41728 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.207 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 309893 / Scaling rejects: 758
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 1.161 / Num. measured all: 33668 / Num. unique all: 4475 / CC_1/2: 0.738 / Net I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.36 Å	45.63 Å
Translation	6.36 Å	45.63 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
Aimless	0.5.1	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
PHASER		位相決定
iMOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→94.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / WR_factor R_free: 0.2146 / WR_factor R_work: 0.1761 / FOM work R set: 0.761 / SU B: 24.684 / SU ML: 0.269 / SU R Cruickshank DPI: 0.9156 / SU R_free: 0.3061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.916 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2548	2041	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2121	-	-	-
obs	0.2142	39610	92.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.48 Å² / B_iso mean: 37.01 Å² / B_iso min: 9.05 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.71 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→94.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8814	0	4	246	9064
B_iso mean	-	-	42.17	29.87	-
残基数	-	-	-	-	1198

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	9065
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8500
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.661	1.972	12349
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.017	3	19634
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.417	5	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.05	24.107	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.512	15	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.24	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	10201
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1756

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18434	0.05
1	2	B	18434	0.05
2	1	A	18224	0.05
2	2	C	18224	0.05
3	1	A	18418	0.05
3	2	D	18418	0.05
4	1	B	18190	0.05
4	2	C	18190	0.05
5	1	B	18304	0.06
5	2	D	18304	0.06
6	1	C	18326	0.05
6	2	D	18326	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	148	-
R_work	0.317	2994	-
all	-	3142	-
obs	-	-	95.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9612	0.3392	-1.083	2.6204	-1.6445	5.0347	0.1271	0.1039	0.0432	-0.2367	-0.0369	0.2997	-0.183	-0.3793	-0.0902	0.0704	0.1067	-0.055	0.454	-0.04	0.0875	-6.1801	8.6854	-21.6124
2	2.7687	-0.8764	-0.1369	4.0934	-0.4638	2.0795	-0.0424	0.1507	0.0972	-0.3459	-0.0856	0.086	-0.0423	-0.2239	0.128	0.0427	0.0273	-0.0222	0.4257	-0.0321	0.0203	-0.6659	-3.1576	-33.7665
3	2.1514	0.5801	-0.0251	1.5125	0.5839	1.6567	-0.009	0.2245	0.3008	-0.2471	-0.0619	-0.1971	-0.3182	0.3725	0.0709	0.1609	0.0282	-0.0106	0.5769	0.1254	0.1403	12.3814	13.7144	-32.961
4	1.0864	-0.5582	-0.2527	5.611	-1.7021	2.8981	-0.0903	-0.3427	0.3532	0.5559	-0.1786	-0.3782	-0.7072	0.263	0.2689	0.1998	0.0191	-0.1135	0.4409	-0.048	0.1643	6.9478	11.697	-10.6038
5	1.6082	-0.0511	0.1571	2.9593	-0.1536	2.3326	0.0326	-0.1701	-0.329	-0.1534	0.1891	0.446	0.5227	-0.5741	-0.2216	0.1254	-0.0956	-0.0692	0.5939	0.0688	0.146	-2.1892	-26.5504	-15.3071
6	3.3917	-0.7278	0.0561	2.0333	-1.513	1.7842	-0.0432	-0.1641	0.0226	0.2122	-0.0641	-0.1232	0.0589	0.0724	0.1074	0.1072	0.0007	-0.009	0.3451	-0.0107	0.0086	10.9896	-15.6589	-7.0796
7	2.772	-0.4947	2.5326	0.8781	-0.9909	3.5823	0.2937	0.2191	-0.4257	-0.2268	-0.1305	-0.0215	0.7258	0.3133	-0.1632	0.2254	0.0729	0.0193	0.422	-0.0166	0.1156	14.7195	-31.8186	-21.3297
8	4.2574	-7.3295	1.7639	13.0117	-3.3578	1.0201	0.3539	0.1824	-0.2774	-0.5572	-0.4137	0.198	0.1456	0.2336	0.0598	0.4599	0.0853	-0.1336	0.4764	-0.085	0.3185	11.7895	-31.9628	-35.8953
9	3.5913	-2.1338	0.3285	5.1373	-1.9952	2.0652	0.0034	0.1076	0.2545	0.1105	-0.2432	-0.6432	-0.2597	0.5564	0.2398	0.0544	-0.1111	-0.037	0.8926	0.1635	0.1358	48.2891	7.5279	-43.9409
10	2.1574	-0.7689	0.1004	1.9427	-1.4244	2.6649	-0.1056	0.0702	0.3242	0.3276	-0.0346	-0.1543	-0.5366	0.5979	0.1402	0.1246	-0.1265	-0.0544	0.8355	0.0782	0.0709	43.5513	8.5898	-25.5286
11	3.2669	-0.313	-1.755	1.8318	1.1028	9.0024	-0.0823	-0.0178	0.2077	0.2956	-0.0075	0.0649	-0.3217	0.1163	0.0898	0.1427	-0.0183	-0.0397	0.4527	0.1353	0.1321	30.3648	13.0498	-35.697
12	3.2415	-1.9271	0.4476	2.6007	-0.4528	2.7151	0.2408	0.7089	-0.221	-0.373	-0.2109	0.3494	-0.0219	0.4489	-0.0299	0.057	0.0139	-0.0507	0.8028	0.0803	0.0634	31.8796	1.6417	-48.798
13	3.7322	1.0193	-0.2897	3.7671	-1.5021	2.1731	0.0519	-0.1584	-0.0291	0.101	-0.1867	-0.5264	0.0534	0.5403	0.1348	0.037	0.1038	-0.0228	0.786	0.0582	0.0954	55.8449	-16.8885	-14.4301
14	4.7191	-1.6436	-0.2994	2.7558	-0.9793	1.8665	0.1128	0.3061	-0.19	-0.2986	-0.2682	-0.0505	0.2607	0.4003	0.1555	0.0625	0.1552	0.0222	0.7214	0.0434	0.0205	46.4028	-19.4218	-30.523
15	3.1631	0.6221	1.3291	1.9277	0.319	4.1443	0.0725	0.0803	-0.2729	-0.0839	-0.0843	0.1293	0.2575	0.2101	0.0118	0.0635	0.1373	-0.0031	0.4794	0.0378	0.0667	36.356	-26.3883	-12.0937
16	2.4628	-0.1027	-1.5677	4.1615	-3.2251	5.9292	0.329	-0.3265	0.1271	0.9005	-0.2344	0.4783	-0.6416	0.6353	-0.0946	0.3278	-0.1133	0.1332	0.6911	-0.0158	0.1485	44.6411	-6.5622	-4.2815

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	77 - 178
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	179 - 255
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	256 - 305
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	8 - 105
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	106 - 200
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	201 - 284
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	285 - 304
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	8 - 88
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	89 - 180
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	181 - 228
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	229 - 304
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	8 - 84
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	85 - 178
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	179 - 254
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	255 - 306

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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