PDB-5ud2: Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase H180Q variant of Heli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ud2

タイトル

Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase H180Q variant of Helicobacter pylori with DHAP

要素

Fructose-bisphosphate aldolase

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

Glycolysis (解糖系) /

Metalloenzyme (金属タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

tagatose-bisphosphate aldolase activity /

fructose-bisphosphate aldolase /

fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / glycolytic process / zinc ion binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.775 Å

データ登録者

Jacques, B. / Sygusch, J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Active site remodeling during the catalytic cycle in metal-dependent fructose-1,6-bisphosphate aldolases.
著者: Jacques, B. / Coincon, M. / Sygusch, J.

履歴

登録	2016年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ud2.cif.gz	341.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ud2.ent.gz	284.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ud2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/5ud2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/5ud2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uckC 5ucnC 5ucpC 5ucsC 5uczC 5ud0C 5ud1C 5ud3C 5ud4C 5vjdC 5vjeC 5vjfC 3c4uS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5uck-d 5vjf-d 3n9r-2 5ud4-d 3n9r-4 5ucp-d 5ucs-d 3n9r-3 5ucn-d 4blu-d 3c52-d 1x7d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Fructose-bisphosphate aldolase

B: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.407, 63.089, 64.789
Angle α, β, γ (deg.)	82.51, 75.96, 74.39
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Fructose-bisphosphate aldolase / / FBPA / Fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase 分子量: 33790.797 Da / 分子数: 2 / 変異: H180Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌) 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: fba, HP_0176 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56109, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-13P / 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / ジヒドロキシアセトンリン酸 / ジヒドロキシアセトンリン酸分子量: 170.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₆P
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.63 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 8000, PEG 1000, Calcium acetate, Tris-Acetic acid buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.775→35.785 Å / Num. obs: 50414 / % possible obs: 83.39 % / 冗長度: 2.1 % / Net I/σ(I): 7.83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2481)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3C4U

3c4u

解像度: 1.775→35.785 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 24.32

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2159	2313	4.94 %
R_work	0.193	-	-
obs	0.1942	46853	83.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.775→35.785 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4516	0	26	396	4938

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4708
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.596	6344
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.048	2860
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	698
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	830

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7748-1.811	0.2774	74	0.2817	1352	X-RAY DIFFRACTION	43
1.811-1.8504	0.3155	93	0.2831	1731	X-RAY DIFFRACTION	55
1.8504-1.8934	0.3255	92	0.2642	1855	X-RAY DIFFRACTION	60
1.8934-1.9407	0.3012	102	0.2539	2124	X-RAY DIFFRACTION	67
1.9407-1.9932	0.2875	130	0.2567	2315	X-RAY DIFFRACTION	74
1.9932-2.0519	0.2906	132	0.2411	2572	X-RAY DIFFRACTION	82
2.0519-2.1181	0.2848	137	0.2229	2715	X-RAY DIFFRACTION	86
2.1181-2.1938	0.241	160	0.2096	2810	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1938-2.2816	0.2277	147	0.2057	2896	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2816-2.3854	0.2345	143	0.2036	2914	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3854-2.5111	0.2529	158	0.1947	2958	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5111-2.6684	0.2563	158	0.1976	2965	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6684-2.8744	0.2055	155	0.1866	3028	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8744-3.1635	0.2274	153	0.1954	3037	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1635-3.6209	0.175	157	0.1772	3082	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6209-4.5604	0.1541	160	0.1474	3080	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5604-35.7922	0.157	162	0.159	3106	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.002	0.0002	-0.0015	0.001	-0.0019	0.0038	-0.002	-0.0228	-0.0101	0.0023	0.0119	-0.0116	0.0119	0.0059	0	0.1034	0.0311	-0.0012	0.1857	-0.0332	0.1027	1.6466	20.2973	-14.1006
2	0.0451	0.0212	0.0328	0.0439	-0.0175	0.0525	-0.028	-0.1543	0.062	-0.0442	0.0236	0.0013	0.0263	0.0382	-0.0056	0.0713	0.0122	0.005	0.1093	-0.0193	0.0876	-9.4204	19.406	-22.8115
3	0.0194	0.0001	-0.022	0.0117	0.0086	0.0295	0.0214	-0.0773	0.0692	0.0151	0.0136	-0.0117	-0.0021	-0.0236	0.0139	0.092	0.0228	-0.0038	0.1588	-0.0511	0.1139	-10.6243	34.0598	-13.7713
4	0.0019	-0.003	0.0036	0.0176	-0.0104	0.0232	0.0044	-0.0605	0.0724	-0.0091	0.0834	0.0059	-0.0655	0.0076	0.0113	0.0891	-0.003	0.0158	0.1395	-0.0746	0.1454	-3.0188	39.101	-19.0185
5	0.3498	-0.1404	-0.0896	0.103	0.0492	0.0715	-0.0446	-0.0803	0.0989	-0.1572	0.0939	-0.091	-0.1178	0.0925	0.0469	0.149	-0.113	0.0379	0.0173	0.0069	0.0735	0.0404	28.6012	-37.7661
6	0.0014	0.0012	0.0013	0.0049	-0.0049	0.0095	0.0116	0.0141	-0.0227	-0.0046	0.0213	0.0203	0.0128	-0.0289	0.0022	0.0508	-0.0058	0.0162	0.102	-0.0406	0.1557	-19.5166	-12.0768	-45.0816
7	0.0107	0.0211	0.004	0.07	-0.0334	0.0551	-0.0232	0.0543	-0.0768	0.0279	0.0121	0.0206	-0.0339	0.0268	-0.0007	0.0584	0.0033	0.006	0.0644	-0.0055	0.0816	-8.2978	-3.2413	-44.4777
8	0.0052	-0.0053	-0.0009	0.0034	0.0034	0.0053	0.0055	0.0335	-0.0694	-0.0401	-0.0033	-0.0194	0.0183	-0.0032	0.0019	0.0734	0.0089	0.0177	0.1123	-0.0478	0.1489	-5.9904	-16.8147	-58.6159
9	0.0198	-0.0121	0.0076	0.0144	-0.0043	0.003	0	0.0489	-0.0408	-0.0753	-0.0616	-0.052	-0.0105	-0.0121	-0.018	0.123	0.0013	0.0027	0.1315	-0.0669	0.14	-12.984	-7.2154	-62.4145
10	0.1925	-0.0018	-0.0119	0.0285	-0.0005	0.0023	0.0457	0.1065	-0.0857	-0.0526	-0.0163	0.0261	-0.0468	-0.0383	0.0108	0.1331	0.02	-0.047	0.0976	0.0136	0.0687	-17.6234	5.9752	-61.4223
11	0.0343	-0.0207	-0.0125	0.0129	0.0096	0.1022	-0.025	-0.0006	-0.0103	0.0096	0.0074	0.0504	-0.1793	-0.0594	-0.0498	0.1918	0.0438	-0.0667	0.0331	0.0279	0.0823	-18.0855	15.1838	-49.0617

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 127 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 128 through 184 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 185 through 216 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 217 through 307 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 15 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 16 through 127 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 128 through 167 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 168 through 216 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 217 through 255 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 256 through 307 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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