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- PDB-5ucx: Structure of S78C Human Peroxiredoxin 3 as three stacked rings -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ucx
タイトルStructure of S78C Human Peroxiredoxin 3 as three stacked rings
要素Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / chaperone / stacked ring / peroxiredoxin 3 / typical 2-Cys / peroxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-cysteine oxidation / NADH-dependent peroxiredoxin activity / negative regulation of kinase activity / maternal placenta development / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / myeloid cell differentiation / thioredoxin peroxidase activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cell redox homeostasis ...peptidyl-cysteine oxidation / NADH-dependent peroxiredoxin activity / negative regulation of kinase activity / maternal placenta development / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / myeloid cell differentiation / thioredoxin peroxidase activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cell redox homeostasis / regulation of mitochondrial membrane potential / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to reactive oxygen species / mitochondrion organization / response to hydrogen peroxide / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / early endosome / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily ...: / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yewdall, N.A. / Gerrard, J.A. / Goldstone, G.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Army Research Office 米国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Quaternary structure influences the peroxidase activity of peroxiredoxin 3.
著者: Yewdall, N.A. / Peskin, A.V. / Hampton, M.B. / Goldstone, D.C. / Pearce, F.G. / Gerrard, J.A.
履歴
登録2016年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_related
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
B: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
C: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
D: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
E: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
F: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
G: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
H: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
I: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,8929
ポリマ－199,8929
非ポリマー00
水1,04558
1
A: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
D: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
F: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

A: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
D: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
F: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

A: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
D: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
F: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

A: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
D: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
F: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,52312
ポリマ－266,52312
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_557-x,y,-z+21
crystal symmetry operation4_567x,-y+1,-z+21
Buried area32920 Å2
ΔGint-245 kcal/mol
Surface area81690 Å2
手法PISA
2
C: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
H: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
I: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

C: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
H: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
I: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

E: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

E: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

B: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
G: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial

B: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial
G: Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,52312
ポリマ－266,52312
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_558x,-y,-z+31
crystal symmetry operation5_445x-1/2,y-1/2,z+1/21
crystal symmetry operation8_457x-1/2,-y+1/2,-z+5/21
crystal symmetry operation6_455-x-1/2,-y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation7_447-x-1/2,y-1/2,-z+5/21
Buried area32740 Å2
ΔGint-250 kcal/mol
Surface area82220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.449, 167.590, 221.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質
Thioredoxin-dependent peroxide reductase, mitochondrial / Antioxidant protein 1 / AOP-1 / HBC189 / Peroxiredoxin III / Prx-III / Peroxiredoxin-3 / Protein MER5 homolog


分子量: 22210.227 Da / 分子数: 9 / 変異: S78C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDX3, AOP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30048, peroxiredoxin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.3 % / 解説: Nice Rod!
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350. 12.5% MPD, 0.02 M alcohol additives at pH 8.7 (Fine screen derived from Gorrec, 2009)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.92 Å / Num. obs: 96714 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.266 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.445.61.4620.379199.2
2.4-48.926.40.2660.98199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ収集
Aimless0.3.11データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 8.059 / SU ML: 0.176 / SU R Cruickshank DPI: 0.2875 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.215
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2279 4717 4.9 %RANDOM
Rwork0.1939 ---
obs0.1956 91953 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 68.25 Å2 / Biso mean: 24.167 Å2 / Biso min: 9.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20 Å20 Å2
2--1.07 Å20 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13640 0 0 58 13698
Biso mean---18.9 -
残基数----1755
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01914009
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0212755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3571.95119101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.957329630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.27551746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.4924.475619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.393152160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8011545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.22160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02115652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022853
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 322 -
Rwork0.299 6753 -
all-7075 -
obs--99.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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