PDB-5ucb: Structure of antigen-Fab complex with engineered switch residue r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ucb

タイトル

Structure of antigen-Fab complex with engineered switch residue region.

要素

Fab Heavy Chain
Fab Light Chain
Histone chaperone ASF1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab / Asf1 / histone chaperone / Structural Genomics / PSI-Biology / Chaperone-Enabled Studies of Epigenetic Regulation Enzymes / CEBS

機能・相同性

機能・相同性情報

Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / H3 histone acetyltransferase complex / DNA replication-dependent chromatin assembly / acetyltransferase activator activity / nucleosome disassembly / silent mating-type cassette heterochromatin formation / cellular response to stress / negative regulation of DNA damage checkpoint / subtelomeric heterochromatin formation / regulation of DNA repair ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.521 Å

データ登録者

Bailey, L.J. / Kossiakoff, A.A. / Chaperone-Enabled Studies of Epigenetic Regulation Enzymes (CEBS)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM 087519	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM 117372	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Antibody Switch Residue Engineering for Improved Crystallization Chaperones
著者: Bailey, L.J. / Kossiakoff, A.A.

履歴

登録	2016年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ucb.cif.gz	342.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ucb.ent.gz	279.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ucb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ucb_validation.pdf.gz	440.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ucb_full_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示
XML形式データ	5ucb_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	5ucb_validation.cif.gz	43.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5ucb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5ucb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ueaC 5uekC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5uek-d 6ayz-1 5uea-1 6az2-1 6az2-2 4rrp-3 6ayz-2 4rrp-1 4rrp-5 5jmf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Fab Heavy Chain

L: Fab Light Chain

B: Histone chaperone ASF1

63.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.378, 49.180, 84.707
Angle α, β, γ (deg.)	106.29, 95.71, 100.13
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	Fab Heavy Chain 分子量: 23182.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	Fab Light Chain 分子量: 22866.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質	Histone chaperone ASF1 / Anti-silencing function protein 1 / yASF1 分子量: 17371.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ASF1, CIA1, YJL115W, J0755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32447
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18% PEG3350,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.521→35.589 Å / Num. obs: 100518 / % possible obs: 95.81 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 26.76 Å² / Net I/σ(I): 32.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 1.521→35.589 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 15.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1688	5020	4.99 %
R_work	0.1381	-	-
obs	0.1396	100518	95.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.521→35.589 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4456	0	0	641	5097

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4568
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.95	6228
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.174	2724
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	704
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	794

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5215-1.5388	0.2078	140	0.147	2964	X-RAY DIFFRACTION	87
1.5388-1.5569	0.1904	186	0.1412	3093	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5569-1.5758	0.1784	166	0.1317	3152	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5758-1.5958	0.1911	160	0.1252	3093	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5958-1.6168	0.1959	169	0.1291	3159	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6168-1.6389	0.1723	172	0.1242	3139	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6389-1.6624	0.1632	169	0.1207	3163	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6624-1.6872	0.1602	170	0.1152	3185	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6872-1.7135	0.1652	162	0.1091	3089	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7135-1.7416	0.1787	169	0.1162	3238	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7416-1.7717	0.1634	160	0.122	3147	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7717-1.8039	0.1623	177	0.1194	3177	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8039-1.8386	0.1714	162	0.1261	3229	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8386-1.8761	0.1771	146	0.1244	3178	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8761-1.9169	0.1465	171	0.1267	3161	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9169-1.9615	0.1726	163	0.1274	3282	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9615-2.0105	0.1743	180	0.1285	3150	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0105-2.0649	0.1518	152	0.1302	3273	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0649-2.1256	0.1796	172	0.1312	3185	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1256-2.1942	0.1586	190	0.1298	3167	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1942-2.2726	0.145	159	0.1264	3295	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2726-2.3636	0.1676	157	0.1394	3251	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3636-2.4712	0.1865	155	0.1384	3216	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4712-2.6014	0.1826	162	0.1471	3279	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6014-2.7643	0.2027	174	0.1485	3249	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7643-2.9777	0.1673	195	0.1467	3237	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9777-3.2771	0.1506	187	0.1425	3294	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2771-3.7509	0.1658	177	0.1364	3231	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7509-4.724	0.1491	141	0.1253	3241	X-RAY DIFFRACTION	96
4.724-35.599	0.1881	177	0.1681	2981	X-RAY DIFFRACTION	90

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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