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- PDB-5uc5: Chalcone synthase from Malus domestica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uc5
タイトルChalcone synthase from Malus domestica
要素CHS2 chalcone synthase
キーワードTRANSFERASE / thiolase / polyketide
機能・相同性
機能・相同性情報


: / chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / polyketide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, active site / Chalcone and stilbene synthases active site. / Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like ...Chalcone/stilbene synthase, active site / Chalcone and stilbene synthases active site. / Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHS2 chalcone synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Malus domestica (リンゴ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Stewart Jr, C.E. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Molecular architectures of benzoic acid-specific type III polyketide synthases.
著者: Stewart, C. / Woods, K. / Macias, G. / Allan, A.C. / Hellens, R.P. / Noel, J.P.
履歴
登録2016年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHS2 chalcone synthase
B: CHS2 chalcone synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5162
ポリマ－85,5162
非ポリマー00
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area27470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.819, 56.628, 111.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細Dimer as determined by gel filtration

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要素

#1: タンパク質 CHS2 chalcone synthase


分子量: 42758.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Malus domestica (リンゴ) / プラスミド: pHIS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K9MUA0, chalcone synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Reservoir: Sodium-MOPSO (pH 7.0) 100mM, Ammonium Acetate 300mM, PEG8000 14%. Ratio of protein to reservoir= 1:1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 42128 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 32.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.144.80.496194.8
2.14-2.184.80.431194.8
2.18-2.224.90.391193.8
2.22-2.264.70.387193.9
2.26-2.314.90.328193.9
2.31-2.374.80.292193.5
2.37-2.424.90.257193.6
2.42-2.494.80.22193.1
2.49-2.564.80.193193.2
2.56-2.654.90.182192.5
2.65-2.744.80.163192.8
2.74-2.854.80.145192.2
2.85-2.984.80.13193
2.98-3.144.70.117193
3.14-3.334.60.107194.9
3.33-3.594.60.101196.4
3.59-3.954.50.089197.9
3.95-4.524.60.069199.3
4.52-5.750.054199.9
5.7-5050.044199.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9-1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKLデータスケーリング
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BI5

1bi5


解像度: 2.102→40.99 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2092 2126 5.05 %
Rwork0.1658 --
obs0.168 42079 94.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.31 Å2 / Biso mean: 41.9287 Å2 / Biso min: 16.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.102→40.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5960 0 0 346 6306
Biso mean---41.14 -
残基数----774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036139
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7438327
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027957
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031072
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0542311
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1022-2.15110.29561500.21892410256088
2.1511-2.20490.23071660.21322614278094
2.2049-2.26460.24761590.20242593275294
2.2646-2.33120.27861380.20042602274094
2.3312-2.40640.22791190.20162615273493
2.4064-2.49240.25351150.18752624273993
2.4924-2.59220.241300.17942610274093
2.5922-2.71010.25231580.18582565272392
2.7101-2.8530.24371340.18942600273493
2.853-3.03170.19721150.19382623273893
3.0317-3.26570.26831250.1812662278794
3.2657-3.59420.19741380.16732750288896
3.5942-4.11380.17581390.14582813295298
4.1138-5.18130.15251660.123128673033100
5.1813-40.99790.20481740.151230053179100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.34540.3227-1.55670.73150.4122.05240.26690.55220.3506-0.311-0.14360.1575-0.3848-0.0778-0.04420.41170.1229-0.06410.68590.07480.30980.226313.560912.5736
21.0602-0.3524-0.2340.5489-0.27662.4747-0.06010.1668-0.18950.0832-0.02090.15710.111-0.16360.07810.2646-0.00410.01030.2457-0.06320.346476.355-1.935239.102
31.7741-0.70420.25911.716-0.45451.6353-0.0490.12490.20380.21020.01080.1284-0.1874-0.17840.04610.30240.04970.03560.25950.00410.320775.34716.895539.3625
41.6659-0.47860.96081.7695-0.32481.30460.03990.17280.11330.0944-0.08530.2504-0.0425-0.22390.02290.30310.07840.01460.3448-0.00090.341268.060516.108232.5516
54.5672-1.2619-0.76331.24790.51430.58550.26431.12810.6255-0.2043-0.2422-0.0027-0.4282-0.35610.01130.43710.09380.02260.52790.16710.397487.822321.32917.42
62.3359-0.0237-0.56351.8235-0.57961.3531-0.1652-0.0187-0.70770.0123-0.0414-0.19190.26030.1560.17430.27320.01870.03080.2256-0.01280.4187112.3-13.928334.9451
71.4539-0.01240.11144.8435-2.46262.7256-0.0204-0.0136-0.02450.386-0.1565-0.4214-0.20320.20410.21280.25820.006-0.00090.1762-0.00470.246104.15976.898835.4745
82.2955-0.8117-0.26441.419-0.55611.13260.05440.2923-0.0606-0.0671-0.04380.03990.0564-0.0541-0.01840.2301-0.002-0.01260.2013-0.01670.19697.00885.55429.4461
91.6742-0.4149-0.23970.69570.1451.63920.04390.725-0.2685-0.1858-0.09130.05970.097-0.02710.03840.31230.0396-0.00710.5212-0.12280.28999.3213-3.331813.8338
104.83623.0506-2.76665.2293-3.40455.95340.10210.7872-0.33410.3542-0.0439-0.5387-0.0192-0.0486-0.00030.26470.0422-0.04230.4052-0.02490.268109.15816.010416.7501
111.38150.0403-0.26391.58440.32661.36820.12170.78330.0051-0.2802-0.1239-0.094-0.11160.10460.0530.32950.0820.00220.68-0.01440.2299101.35744.80019.4095
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 25 )A2 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 225 )A26 - 225
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 226 through 337 )A226 - 337
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 338 through 388 )A338 - 388
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 25 )B2 - 25
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 26 through 90 )B26 - 90
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 91 through 117 )B91 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 118 through 225 )B118 - 225
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 226 through 337 )B226 - 337
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 338 through 355 )B338 - 355
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 356 through 388 )B356 - 388

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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