PDB-5uc0: Crystal Structure of Beta-barrel-like, Uncharacterized Protein of...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uc0

タイトル

Crystal Structure of Beta-barrel-like, Uncharacterized Protein of COG5400 from Brucella abortus

要素

Uncharacterized Protein COG5400

キーワード

HYDROLASE / beta barrel-like / beta-structure / Chicago Center for Functional Annotation / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology

機能・相同性

EipA-like / Envelope integrity protein A / DUF1134 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Brucella abortus (ウシ流産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Kim, Y. / Bigelow, L. / Endres, M. / Babnigg, G. / Crosson, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2018
タイトル: Periplasmic protein EipA determines envelope stress resistance and virulence in Brucella abortus.
著者: Herrou, J. / Willett, J.W. / Fiebig, A. / Varesio, L.M. / Czyz, D.M. / Cheng, J.X. / Ultee, E. / Briegel, A. / Bigelow, L. / Babnigg, G. / Kim, Y. / Crosson, S.

履歴

登録	2016年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月15日	Group: Derived calculations / Structure summary
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.4	2018年1月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.5	2018年12月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.6	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.7	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uc0.cif.gz	142.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uc0.ent.gz	112.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uc0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5uc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5uc0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4tuh-3 6lkb-d 2p1l-6 1p4u-2 4cua-d 6uma-d 5ggk-d 4d5s-1 5c3g-1 1xvq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC114217

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized Protein COG5400

B: Uncharacterized Protein COG5400

ヘテロ分子

35.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

2

A: Uncharacterized Protein COG5400

B: Uncharacterized Protein COG5400

ヘテロ分子

A: Uncharacterized Protein COG5400

B: Uncharacterized Protein COG5400

ヘテロ分子

A: Uncharacterized Protein COG5400

B: Uncharacterized Protein COG5400

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
107 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.075, 113.075, 64.308
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-457- HOH
2	1	A-463- HOH

詳細

biological assemblies are dimer and hexamer by size exclusion chromatography

#1: タンパク質	Uncharacterized Protein COG5400 分子量: 17387.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella abortus (strain 2308) (ウシ流産菌) 株: 2308 / 遺伝子: BAB1_1612 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 gold / 参照: UniProt: Q2YQA6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.15 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 30 %(w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→50 Å / Num. obs: 49076 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 23.12 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 24.9
反射シェル	解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.761 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC_1/2: 0.799 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2411: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.73→32.642 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 23.19

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2076	2539	5.17 %	random
R_work	0.1763	-	-	-
obs	0.179	49069	99.69 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→32.642 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2398	0	54	322	2774

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2531
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.876	3422
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.629	878
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	354
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	441

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7276-1.7608	0.272	139	0.2537	2562	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7608-1.7968	0.262	126	0.2525	2561	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7968-1.8358	0.2042	137	0.2494	2578	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8358-1.8785	0.3023	162	0.2403	2548	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8785-1.9255	0.2189	130	0.2495	2583	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9255-1.9775	0.2454	117	0.2348	2580	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9775-2.0357	0.2389	158	0.2318	2570	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0357-2.1014	0.2627	125	0.2464	2567	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1014-2.1765	0.2509	140	0.2315	2583	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1765-2.2636	0.2361	156	0.2233	2567	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2636-2.3665	0.2373	117	0.2242	2614	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3665-2.4912	0.2573	131	0.2184	2592	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4912-2.6471	0.295	133	0.2079	2618	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6471-2.8513	0.2031	150	0.1993	2567	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8513-3.1378	0.2633	141	0.1805	2593	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1378-3.5908	0.1887	176	0.1432	2572	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5908-4.5201	0.1725	145	0.1054	2625	X-RAY DIFFRACTION	95
4.5201-25.8817	0.1467	156	0.1282	2630	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8884	0.6517	-0.1687	1.4652	0.372	0.6637	0.031	-0.0266	0.0407	-0.0214	-0.1038	0.2293	0.0955	-0.0698	0.1658	0.2476	-0.007	-0.0513	0.177	-0.0855	0.0309	42.1995	11.6205	39.6061
2	2.6506	1.7301	2.5358	2.1888	1.3609	2.9783	0.0117	0.0397	-0.2299	0.3395	0.1634	-0.2789	0.6235	0.5908	-0.1294	0.3649	0.1336	-0.0184	0.4629	-0.0778	0.1457	55.1794	19.3553	47.7941
3	1.4	0.0337	-0.4623	1.1121	-0.0065	3.0097	0.0079	0.1763	-0.0127	-0.1687	0.0043	0.107	-0.0524	-0.0199	0.072	0.2374	0.0131	-0.0595	0.1632	-0.0452	0.0259	39.9249	19.1229	37.6274
4	0.5975	-0.3036	-0.1605	0.8697	0.3595	0.1512	-0.0142	-0.1102	0.032	0.023	-0.0232	-0.0247	-0.1524	-0.1414	0.0265	0.2772	-0.0203	0.0067	0.2316	-0.016	0.0444	49.9407	23.2796	39.4074
5	6.4821	2.1582	-1.1027	3.1356	-0.5745	3.4343	-0.067	0.3394	-0.3809	-0.2312	-0.0377	0.3289	-0.0491	-0.4099	0.0915	0.1565	0.09	0.0367	0.2555	-0.0146	0.1682	23.0664	30.581	64.6637
6	2.8152	0.8452	0.1523	3.2608	0.7687	2.3865	-0.1609	0.0971	-0.4132	-0.2305	-0.0692	0.1068	0.1955	-0.2541	0.2067	0.1862	0.0048	0.0585	0.2297	0.011	0.1083	29.0924	25.1056	64.7099
7	4.2405	1.4662	1.8335	2.5069	0.166	0.9019	-0.2738	0.7037	0.0221	-0.3698	0.1497	-0.21	-0.3086	0.0778	0.1362	0.2597	-0.0376	-0.0001	0.2495	-0.0461	0.0745	43.4615	37.7285	67.9858
8	0.7559	-0.038	0.4739	1.0113	0.7662	1.1633	-0.0808	-0.2687	0.0097	0.2819	0.0334	0.1237	0.0138	-0.1174	0.0692	0.2525	0.0328	0.0412	0.2784	-0.018	0.0566	34.304	33.9759	75.8077
9	0.0022	0.0004	-0.0036	0.0251	-0.0214	0.0227	0.6095	1.3606	0.7612	-1.4677	-0.3206	-0.0771	-0.4119	-0.2982	-0.2918	0.9626	-0.1178	0.1105	0.748	0.2129	0.5776	44.6597	39.1999	58.5861
10	0.683	0.1898	0.2913	0.7917	0.3436	0.6905	-0.0161	-0.0948	-0.0462	0.1163	0	0.0498	0.0118	0.0087	0.0067	0.2275	0.0525	0.069	0.2624	0.0214	-0.0131	39.1574	27.1207	68.9103

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 38 through 114 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 115 through 124 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 125 through 174 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 175 through 198 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 38 through 58 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 59 through 84 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 85 through 100 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 101 through 114 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 115 through 124 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 125 through 198 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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