PDB-5ubl: A circularly permuted version of PvdQ (cpPvdQ)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ubl

タイトル

A circularly permuted version of PvdQ (cpPvdQ)

要素

Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ

キーワード

HYDROLASE / cpPVDQ / PVDQ / pyoverdine biosynthesis pathway / (Ntn) hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-homoserine-lactone acylase / pyoverdine biosynthetic process / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / quorum sensing / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wu, R. / Mascarenhas, R. / Catlin, D. / Clevenger, K. / Fast, W. / Liu, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Circular Permutation Reveals a Chromophore Precursor Binding Pocket of the Siderophore Tailoring Enzyme PvdQ
著者: Clevenger, K. / Mascarenhas, R. / Catlin, D. / Wu, R. / Fast, W. / Liu, D.

履歴

登録	2016年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ubl.cif.gz	171.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ubl.ent.gz	132.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ubl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ubl_validation.pdf.gz	426.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ubl_full_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示
XML形式データ	5ubl_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	5ubl_validation.cif.gz	51.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/5ubl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/5ubl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ubkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wye-d 4bth-d 4wks-d 3sra-d 4bq3-2 2wyd-d 3srb-d 4bq3-3 4wku-d 4wkv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ

81 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.251, 166.120, 94.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Acyl-homoserine lactone acylase PvdQ / Acyl-HSL acylase PvdQ 分子量: 81006.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pvdQ / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I194, acyl-homoserine-lactone acylase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.02 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.05 M Hepes (pH 7.5), 80 mM RbCl, 10% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 271 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→67.9 Å / Num. obs: 88115 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.8→50.99 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2018	4231	4.93 %
R_work	0.1794	-	-
obs	0.1805	85886	97.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5570	0	0	711	6281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5806
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.936	7925
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.496	3525
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	846
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1064

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.2985	137	0.299	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8205-1.8419	0.3048	137	0.2848	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8419-1.8643	0.2579	139	0.2798	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8643-1.8879	0.2951	155	0.2686	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8879-1.9128	0.3146	134	0.2725	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9128-1.939	0.324	151	0.3105	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
1.939-1.9667	0.29	152	0.2383	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9667-1.996	0.2584	120	0.2356	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.996-2.0272	0.2621	159	0.219	2761	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0272-2.0605	0.2403	121	0.2083	2755	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0605-2.096	0.2347	156	0.2038	2745	X-RAY DIFFRACTION	99
2.096-2.1341	0.2055	150	0.1949	2754	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1341-2.1752	0.2492	151	0.1858	2706	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1752-2.2196	0.2008	134	0.1866	2760	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2196-2.2678	0.2479	150	0.2101	2721	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2678-2.3206	0.2283	142	0.1786	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3206-2.3786	0.186	139	0.1668	2740	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3786-2.4429	0.2146	145	0.1728	2745	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4429-2.5148	0.1895	165	0.1688	2685	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5148-2.596	0.2087	130	0.1737	2726	X-RAY DIFFRACTION	98
2.596-2.6888	0.2236	132	0.1735	2742	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6888-2.7964	0.2108	137	0.171	2694	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7964-2.9237	0.1851	131	0.1644	2694	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9237-3.0778	0.1825	151	0.1553	2679	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0778-3.2706	0.1687	131	0.157	2699	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2706-3.523	0.1658	143	0.1558	2659	X-RAY DIFFRACTION	95
3.523-3.8775	0.1472	143	0.1459	2660	X-RAY DIFFRACTION	94
3.8775-4.4383	0.1478	144	0.131	2641	X-RAY DIFFRACTION	93
4.4383-5.5906	0.1573	127	0.1422	2630	X-RAY DIFFRACTION	92
5.5906-51.01	0.1874	125	0.1641	2641	X-RAY DIFFRACTION	88

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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