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万見
- PDB-5ube: Crystal structure of the N-terminal domain (domain 1) of RctB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ube
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain (domain 1) of RctB
要素RctB replication initiator protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA replication initiation / DNA binding / secondary chromosome / Vibrio cholerae
機能・相同性Replication initiator protein RctB, central region / RctB, helix turn helix domain / Vibrionales, replication initiator protein RctB, central region / RctB helix turn helix domain / DUF3346 domain-containing protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Orlova, N. / Ivashkiv, O. / Waldor, M.K. / Jeruzalmi, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM084162 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: The replication initiator of the cholera pathogen's second chromosome shows structural similarity to plasmid initiators.
著者: Orlova, N. / Gerding, M. / Ivashkiv, O. / Olinares, P.D.B. / Chait, B.T. / Waldor, M.K. / Jeruzalmi, D.
履歴
登録2016年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RctB replication initiator protein
B: RctB replication initiator protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6802
ポリマ－29,6802
非ポリマー00
水1,15364
1
A: RctB replication initiator protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8401
ポリマ－14,8401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RctB replication initiator protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8401
ポリマ－14,8401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.803, 52.127, 63.414
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RctB replication initiator protein


分子量: 14840.109 Da / 分子数: 2 / 断片: domain 1 (UNP residues 1-124) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: DN30_18, EN12_14105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A085QGR2, UniProt: Q9KNG2*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 % / 解説: plate
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Crystals of RctB domain 1 (1-124) were prepared using the sitting drop vapor diffusion method by mixing 0.1, or 0.2, or 0.4 uL of the protein solution (22.4 mg/ml RctB-2-124 in 20 mM Tris pH ...詳細: Crystals of RctB domain 1 (1-124) were prepared using the sitting drop vapor diffusion method by mixing 0.1, or 0.2, or 0.4 uL of the protein solution (22.4 mg/ml RctB-2-124 in 20 mM Tris pH 7.4, 50 mM sodium chloride, 5% glycerol, 5 mM 2-mercaptoethanol) and 0.2 uL of reservoir solution (0.24 M Sodium malonate pH 7.0, 20% w/v PEG 3350).
Temp details: cold room

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen cryo stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 16800 / % possible obs: 84.3 % / 冗長度: 1.6 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 16.6 / CC1/2: 0.878 / % possible all: 64.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11_2567精密化
HKL-2000v714データ削減
HKL-2000v714データスケーリング
PHASER1.11_2567-000位相決定
PHENIX1.11_2567-000モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UBD

5ubd


解像度: 2→33.326 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2656 1561 10.01 %
Rwork0.2274 --
obs0.2313 15588 78.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.326 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1846 0 0 64 1910
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061874
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7572526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8491140
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004322
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9998-2.06430.3643940.3042880X-RAY DIFFRACTION54
2.0643-2.13810.34941130.27431013X-RAY DIFFRACTION63
2.1381-2.22370.29461270.26641124X-RAY DIFFRACTION70
2.2237-2.32480.31491430.26091270X-RAY DIFFRACTION78
2.3248-2.44740.32121470.24751317X-RAY DIFFRACTION81
2.4474-2.60060.29231540.25241392X-RAY DIFFRACTION87
2.6006-2.80130.31331610.23751428X-RAY DIFFRACTION88
2.8013-3.08310.30761610.23481467X-RAY DIFFRACTION89
3.0831-3.52880.27261580.24131423X-RAY DIFFRACTION86
3.5288-4.44420.23911470.20461316X-RAY DIFFRACTION81
4.4442-33.33060.21211560.2031397X-RAY DIFFRACTION82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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