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- PDB-5uai: Crystal structure of Methionyl-tRNA formyltransferase from Pseudo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uai
タイトルCrystal structure of Methionyl-tRNA formyltransferase from Pseudomonas aeruginosa
要素Methionyl-tRNA formyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / SSGCID / fmt / Methionyl-tRNA formyltransferase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


methionyl-tRNA formyltransferase / conversion of methionyl-tRNA to N-formyl-methionyl-tRNA / methionyl-tRNA formyltransferase activity / regulation of transmembrane transporter activity / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Methionyl-tRNA formyltransferase / Methionyl-tRNA formyltransferase, N-terminal domain / Formyl transferase, C-terminal domain / Methionyl-tRNA Fmet Formyltransferase; Chain A, domain 2 / Formyl transferase, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, C-terminal / Formyl transferase, C-terminal domain / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, N-terminal domain / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase, active site ...Methionyl-tRNA formyltransferase / Methionyl-tRNA formyltransferase, N-terminal domain / Formyl transferase, C-terminal domain / Methionyl-tRNA Fmet Formyltransferase; Chain A, domain 2 / Formyl transferase, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, C-terminal / Formyl transferase, C-terminal domain / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, N-terminal domain / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase, active site / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase active site. / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Roll / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methionyl-tRNA formyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Methionyl-tRNA formyltransferase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Conrady, D.G. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Methionyl-tRNA formyltransferase
B: Methionyl-tRNA formyltransferase
C: Methionyl-tRNA formyltransferase
D: Methionyl-tRNA formyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,4475
ポリマ－136,3854
非ポリマー621
水3,873215
1
A: Methionyl-tRNA formyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0961
ポリマ－34,0961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Methionyl-tRNA formyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1582
ポリマ－34,0961
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Methionyl-tRNA formyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0961
ポリマ－34,0961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Methionyl-tRNA formyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0961
ポリマ－34,0961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.920, 109.060, 109.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 4 through 28 or (resid 29...
21(chain B and (resid 4 through 57 or (resid 58...
31(chain C and (resid 4 through 177 or (resid 178...
41(chain D and (resid 4 through 57 or (resid 58...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 4 through 28 or (resid 29...A4 - 28
121(chain A and (resid 4 through 28 or (resid 29...A29
131(chain A and (resid 4 through 28 or (resid 29...A4 - 313
141(chain A and (resid 4 through 28 or (resid 29...A4 - 313
151(chain A and (resid 4 through 28 or (resid 29...A4 - 313
161(chain A and (resid 4 through 28 or (resid 29...A4 - 313
211(chain B and (resid 4 through 57 or (resid 58...B4 - 57
221(chain B and (resid 4 through 57 or (resid 58...B58
231(chain B and (resid 4 through 57 or (resid 58...B3 - 393
241(chain B and (resid 4 through 57 or (resid 58...B3 - 393
251(chain B and (resid 4 through 57 or (resid 58...B3 - 393
261(chain B and (resid 4 through 57 or (resid 58...B3 - 393
311(chain C and (resid 4 through 177 or (resid 178...C4 - 177
321(chain C and (resid 4 through 177 or (resid 178...C178 - 179
331(chain C and (resid 4 through 177 or (resid 178...C3 - 313
341(chain C and (resid 4 through 177 or (resid 178...C3 - 313
351(chain C and (resid 4 through 177 or (resid 178...C3 - 313
361(chain C and (resid 4 through 177 or (resid 178...C3 - 313
411(chain D and (resid 4 through 57 or (resid 58...D4 - 57
421(chain D and (resid 4 through 57 or (resid 58...D58
431(chain D and (resid 4 through 57 or (resid 58...D3 - 313
441(chain D and (resid 4 through 57 or (resid 58...D3 - 313
451(chain D and (resid 4 through 57 or (resid 58...D3 - 313
461(chain D and (resid 4 through 57 or (resid 58...D3 - 313

-
要素

#1: タンパク質
Methionyl-tRNA formyltransferase /


分子量: 34096.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: fmt, PA0018 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O85732, methionyl-tRNA formyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.06 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20.7 mg/mL PsaeA.17389.a.B1.PW37587 crystallized in sitting drop vapor diffusion with Rigaku MCSG1 B5: 0.2 M MgCl2; 0.1 M Tris pH 8.5; 25% PEG3350, cryo: 20% EG. tray 259534b5, puck rzw4-7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→49.084 Å / Num. obs: 36266 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.402 % / Biso Wilson estimate: 36.84 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 18.88
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.75-2.827.5460.5314.360.9341100
2.82-2.97.5380.4115.570.9571100
2.9-2.987.5280.3576.370.9671100
2.98-3.077.5510.3147.180.9731100
3.07-3.187.5090.2468.980.9831100
3.18-3.297.520.19111.180.9911100
3.29-3.417.4980.1513.70.9931100
3.41-3.557.4780.12516.240.9951100
3.55-3.717.4750.10319.440.9961100
3.71-3.897.4460.08422.830.9971100
3.89-4.17.4270.06727.350.9981100
4.1-4.357.4350.05830.650.9991100
4.35-4.657.3660.05233.280.999199.9
4.65-5.027.3310.05232.340.9991100
5.02-5.57.3130.05930.120.9981100
5.5-6.157.2670.05929.310.998199.9
6.15-7.17.1750.05232.530.999199.8
7.1-8.77.0080.03641.080.9991100
8.7-12.36.650.02748.451199.8
12.3-49.0845.4320.02836.430.999196

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FMT

1fmt


解像度: 2.75→49.084 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2344 2192 6.3 %
Rwork0.1666 --
obs0.1709 34774 95.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.63 Å2 / Biso mean: 36.0318 Å2 / Biso min: 0.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→49.084 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8955 0 4 215 9174
Biso mean--36.49 24.56 -
残基数----1243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089139
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05712479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551476
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6415522
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5441X-RAY DIFFRACTION8.327TORSIONAL
12B5441X-RAY DIFFRACTION8.327TORSIONAL
13C5441X-RAY DIFFRACTION8.327TORSIONAL
14D5441X-RAY DIFFRACTION8.327TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.75-2.80970.35961180.27061901201991
2.8097-2.87510.32931210.23361894201590
2.8751-2.9470.3031270.21431917204492
2.947-3.02670.30871570.22321933209093
3.0267-3.11570.32141370.22131937207493
3.1157-3.21630.32821150.22212022213795
3.2163-3.33120.27191230.20492037216096
3.3312-3.46450.27161550.1912014216997
3.4645-3.62220.27041470.18062048219597
3.6222-3.81310.22871380.15892065220398
3.8131-4.05190.20951450.13512093223898
4.0519-4.36450.18391260.12482134226099
4.3645-4.80340.15321540.11362099225399
4.8034-5.49770.19361340.13522142227699
5.4977-6.92340.19691510.15152133228499
6.9234-49.09140.19891440.14822213235797
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1175-0.0119-0.15992.6736-0.17631.69-0.0742-0.17690.32670.056-0.0071-0.1229-0.40380.02180.11520.2937-0.0163-0.05530.1336-0.01420.1937-22.022319.8068-45.1393
21.05140.4373-0.28693.001-0.85652.7286-0.08510.0171-0.02060.0766-0.1006-0.3942-0.0180.29070.11810.09690.0212-0.00540.19090.01810.1748-14.95183.1928-43.5443
34.42390.6931-0.11675.41321.79394.2249-0.1466-0.0662-0.00330.1686-0.12920.6866-0.1667-0.32560.21260.2493-0.01420.02590.2625-0.04980.2516-40.7358-14.0559-40.1034
42.4363-0.4047-0.2551.83062.03812.25320.08250.04850.20940.8993-0.311.31580.0901-1.07860.65270.04120.01770.59910.5121-0.34841.0375-52.7009-15.8994-36.4451
52.0575-0.01720.31952.3273-0.1974.1080.23120.0659-0.0924-0.0461-0.08410.38150.5663-0.2832-0.08520.2031-0.0565-0.04960.2002-0.00520.2725-41.31217.7063-61.2997
61.0826-0.19580.11024.49670.46341.89350.08180.0807-0.1377-0.43480.0075-0.11710.08770.0308-0.08390.1490.0104-0.0040.2088-0.00320.1754-37.56420.3071-68.9816
72.58840.6541-0.4312.24520.95564.79150.4242-0.43690.12990.6047-0.34590.2580.2945-0.0432-0.11590.3091-0.07310.05950.3215-0.02450.2036-45.075840.5514-41.3826
80.0152-0.0493-0.4011.65540.38373.54260.4422-0.01470.311-0.0827-0.0188-0.1638-1.69260.1601-0.22510.6316-0.1160.10520.2684-0.03890.3789-37.1898-8.12578.8328
90.58720.29310.04893.3251.46163.2844-0.05550.05910.1736-0.11910.18790.1068-0.1092-0.0324-0.11210.1671-0.00710.01670.24340.03240.1999-42.5107-31.9524.2716
103.9864-2.22583.38175.8578-2.65035.53220.09540.3064-0.5426-0.00720.05240.2172-0.10320.1828-0.08120.3219-0.06790.06010.15890.04920.2319-18.0973-20.0649-15.3705
113.0708-0.591-3.14512.03560.56953.17170.13810.1837-0.1697-0.1798-0.21210.1204-0.0165-0.01130.05360.3689-0.06630.02230.30070.02550.3232-27.4494-22.5698-8.3861
126.8267-0.65080.73912.326-1.46313.9813-0.4551-1.439-0.78691.21580.14570.33910.2633-0.1551-0.03830.72410.06060.03120.44910.16830.2883-17.8104-24.5084-0.2071
133.70432.29431.80754.9127-1.50432.9805-0.3063-0.56190.00310.45790.4924-0.7947-0.09730.2565-0.06270.28690.1010.00320.3251-0.02220.2637-13.9366-18.0702-5.576
142.9133-0.37220.40893.7672-0.19681.2627-0.0866-0.0725-0.1261-0.0140.0383-0.12340.15540.10290.05790.18480.0113-0.00880.2020.00860.1224-14.2734-4.7553-13.1084
154.991-0.90191.41313.72221.75272.7145-0.21540.10660.11590.12240.15410.9681-0.1043-0.2880.0670.22760.01640.02710.37140.10220.3552-39.684811.5352-15.8921
160.3156-0.4859-0.96442.82830.50143.29150.18020.18770.143-0.7220.24971.96130.0199-1.5192-0.15190.39230.0237-0.25020.63170.14881.1107-51.201411.4796-20.3633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 81 )A4 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 82 through 211 )A82 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 212 through 294 )A212 - 294
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 295 through 313 )A295 - 313
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 59 )B3 - 59
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 60 through 211 )B60 - 211
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 212 through 313 )B212 - 313
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 3 through 81 )C3 - 81
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 82 through 313 )C82 - 313
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 3 through 25 )D3 - 25
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 26 through 58 )D26 - 58
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 59 through 81 )D59 - 81
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 82 through 96 )D82 - 96
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 97 through 211 )D97 - 211
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 212 through 291 )D212 - 291
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 292 through 313 )D292 - 313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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