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Yorodumi- PDB-5ua0: Dimeric crystal structure of HTPA reductase from arabidopsis thaliana -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ua0 | ||||||
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Title | Dimeric crystal structure of HTPA reductase from arabidopsis thaliana | ||||||
Components | 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase 2, chloroplastic | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / HTPA Reductase DHDPR Lysine biosynthesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / chloroplast stroma / NADPH binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Keown, J.K. / Pearce, F.G. / Goldstone, D.C. | ||||||
Citation | Journal: Biochem. J. / Year: 2018 Title: Plant DHDPR forms a dimer with unique secondary structure features that preclude higher-order assembly. Authors: Watkin, S.A.J. / Keown, J.R. / Richards, E. / Goldstone, D.C. / Devenish, S.R.A. / Grant Pearce, F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ua0.cif.gz | 317.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ua0.ent.gz | 255.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ua0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/5ua0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/5ua0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5u5iSC 5u5nC 5ugjC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 35865.832 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: DAPB2, At3g59890, F24G16.160 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q8LB01, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 / Details: 1.6 M (NH4)2SO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K | ||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jun 10, 2015 | ||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→61.95 Å / Num. obs: 40722 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 300898 / Scaling rejects: 110 | ||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5U5I Resolution: 2.3→61.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 23.347 / SU ML: 0.241 / SU R Cruickshank DPI: 0.3395 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.238 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 137.81 Å2 / Biso mean: 59.756 Å2 / Biso min: 36.71 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→61.95 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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