PDB-5u9z: Phosphoglycerol transferase GacH from Streptococcus pyogenes

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u9z

タイトル

Phosphoglycerol transferase GacH from Streptococcus pyogenes

要素

PHOSPHOGLYCEROL TRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / Group A Streptococcus (GAS) / Lancefield group A carbohydrate

機能・相同性

: / :

機能・相同性情報

生物種

STREPTOCOCCUS PYOGENES MGAS5005 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Edgar, R.J. / Korotkova, N. / Korotkov, K.V.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	1R21AI113253	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30GM110787	米国

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Discovery of glycerol phosphate modification on streptococcal rhamnose polysaccharides.
著者: Edgar, R.J. / van Hensbergen, V.P. / Ruda, A. / Turner, A.G. / Deng, P. / Le Breton, Y. / El-Sayed, N.M. / Belew, A.T. / McIver, K.S. / McEwan, A.G. / Morris, A.J. / Lambeau, G. / Walker, M.J. ...

履歴

登録	2016年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u9z.cif.gz	293.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u9z.ent.gz	249.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u9z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5u9z_validation.pdf.gz	426.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u9z_full_validation.pdf.gz	427.6 KB	表示
XML形式データ	5u9z_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	5u9z_validation.cif.gz	41.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/5u9z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/5u9z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dgmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wcx-2 6dgm-1 4fgx-d 2hiz-2 5hxw-6 3rsc-1 7jhk-2 2fdp-1 6eh3-d 4r2b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PHOSPHOGLYCEROL TRANSFERASE

B: PHOSPHOGLYCEROL TRANSFERASE

ヘテロ分子

87 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PHOSPHOGLYCEROL TRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PHOSPHOGLYCEROL TRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.870, 78.170, 172.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PHOSPHOGLYCEROL TRANSFERASE / Sulfatase family protein / ALKP SUPERFAMILY PROTEIN 分子量: 43458.633 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 444-824 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 444-824 由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES MGAS5005 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: M5005_SPY0609 / プラスミド: pET-NT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: A0A127X8Q2
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 10% PEG8000, 8% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97933 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月15日 / 詳細: SI(111)

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97933 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→49.506 Å / Num. obs: 119913 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.59 % / B_iso Wilson estimate: 40.3 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_rim(I) all: 0.097 / Χ²: 1.471 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 430511 / Scaling rejects: 13

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2-2.05	2.469	0.827	1.11	0.614	1	90
2.05-2.11	2.824	0.638	1.65	0.738	1	96.8
2.11-2.17	3.511	0.529	2.26	0.836	1	99.8
2.17-2.24	3.762	0.443	2.88	0.896	1	100
2.24-2.31	3.632	0.367	3.66	0.904	1	99.7
2.31-2.39	3.672	0.255	4.66	0.949	1	99.9
2.39-2.48	3.655	0.21	5.52	0.964	1	99.8
2.48-2.58	3.652	0.166	6.8	0.973	1	99.7
2.58-2.7	3.677	0.134	8.35	0.977	1	99.5
2.7-2.83	3.79	0.111	9.96	0.984	1	99.3
2.83-2.98	3.831	0.095	11.53	0.987	1	99.5
2.98-3.16	3.848	0.084	13.15	0.989	1	99.2
3.16-3.38	3.84	0.076	14.87	0.989	1	99.2
3.38-3.65	3.845	0.07	16.25	0.991	1	99.4
3.65-4	3.836	0.067	17.22	0.99	1	99.6
4-4.48	3.882	0.063	18	0.992	1	99.9
4.48-5.17	3.9	0.063	18.41	0.991	1	99.9
5.17-6.33	3.883	0.065	18.32	0.991	1	100
6.33-8.95	3.86	0.068	18.66	0.989	1	100
8.95-49.506	3.664	0.077	18.42	0.986	1	99.5

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.7.12	位相決定
PHENIX	dev_2481	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.001→49.506 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2395	5868	4.9 %	Random selection
R_work	0.215	-	-	-
obs	0.2162	119860	98.71 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 127.81 Å² / B_iso mean: 55.5042 Å² / B_iso min: 25.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.001→49.506 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6058	0	2	321	6381
B_iso mean	-	-	36.32	46.55	-
残基数	-	-	-	-	760

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6198
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.549	8402
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	936
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1082
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.961	3740

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0013-2.024	0.3656	191	0.3513	3292	3483	86
2.024-2.0478	0.3652	190	0.3524	3522	3712	92
2.0478-2.0728	0.3495	193	0.3482	3645	3838	95
2.0728-2.099	0.4128	194	0.3268	3761	3955	97
2.099-2.1267	0.3949	181	0.3263	3866	4047	99
2.1267-2.1558	0.3247	178	0.3059	3840	4018	100
2.1558-2.1866	0.3285	216	0.2936	3821	4037	100
2.1866-2.2192	0.2942	212	0.2992	3869	4081	100
2.2192-2.2539	0.357	200	0.3131	3814	4014	100
2.2539-2.2909	0.3522	195	0.2997	3875	4070	100
2.2909-2.3304	0.2563	187	0.2753	3789	3976	100
2.3304-2.3727	0.2553	195	0.2599	3933	4128	100
2.3727-2.4184	0.3006	202	0.2654	3765	3967	100
2.4184-2.4677	0.309	188	0.2612	3883	4071	100
2.4677-2.5214	0.2543	195	0.2566	3835	4030	100
2.5214-2.58	0.3202	182	0.2435	3846	4028	100
2.58-2.6446	0.2286	221	0.2431	3817	4038	100
2.6446-2.7161	0.2915	190	0.2457	3805	3995	99
2.7161-2.796	0.3016	180	0.2354	3875	4055	99
2.796-2.8862	0.2341	193	0.2317	3851	4044	99
2.8862-2.9894	0.2652	173	0.2309	3851	4024	100
2.9894-3.109	0.2436	181	0.2409	3837	4018	99
3.109-3.2505	0.2784	192	0.2391	3832	4024	99
3.2505-3.4218	0.2667	212	0.2236	3775	3987	99
3.4218-3.6362	0.2084	204	0.2206	3823	4027	99
3.6362-3.9168	0.2471	196	0.1927	3808	4004	100
3.9168-4.3108	0.212	218	0.1606	3862	4080	100
4.3108-4.9341	0.1481	215	0.1455	3830	4045	100
4.9341-6.2145	0.1833	204	0.1669	3828	4032	100
6.2145-49.5207	0.1993	190	0.1748	3842	4032	100

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