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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u9v | ||||||
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タイトル | Ocellatin-LB1, solution structure in DPC micelle by NMR spectroscopy | ||||||
要素 | Ocellatin-LB1 | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN / OCELLATIN / ANTIMICROBIAL PEPTIDE / ALPHA HELIX / AMPHIPATHIC CHARACTER / C-TERMINAL CARBOXYAMIDATION | ||||||
機能・相同性 | Ocellatin / Ocellatin family / hemolysis by symbiont of host erythrocytes / defense response to fungus / defense response to bacterium / extracellular region / Ocellatin-LB1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Leptodactylus labyrinthicus (カエル) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Gusmao, K.A.G. / dos Santos, D.M. / Santos, V.M. / Pilo-Veloso, D. / de Lima, M.E. / Resende, J.M. | ||||||
資金援助 | ブラジル, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Ocellatin-LB1 著者: Gusmao, K.A.G. / dos Santos, D.M. / Santos, V.M. / Pilo-Veloso, D. / de Lima, M.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5u9v.cif.gz | 59.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5u9v.ent.gz | 45.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5u9v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5u9v_validation.pdf.gz | 355.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5u9v_full_validation.pdf.gz | 395.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5u9v_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5u9v_validation.cif.gz | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/5u9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/5u9v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2195.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Leptodactylus labyrinthicus (カエル) / 参照: UniProt: C0HKF1*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1.5 mM Ocellatin-LB1, 400 mM d38 DPC, 5 % 99.75% D2O, trifluoroethanol/water Label: Ocellatin-LB1-DPC / 溶媒系: trifluoroethanol/water | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: Null / Label: Ocellatin-LB1 / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 273.15 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AvanceIII / 製造業者: Bruker / モデル: AvanceIII / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |