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万見
- PDB-5u9l: Crystal structure of the intermembrane space region of the plasti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u9l
タイトルCrystal structure of the intermembrane space region of the plastid division protein PARC6
要素PARALOG OF ACCUMULATION AND REPLICATION OF CHLOROPLASTS 6 (PARC6)
キーワードCELL CYCLE / Plastid / cell division / chloroplast / intermembrane space
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid inner membrane / plastid fission / chloroplast inner membrane / chloroplast organization / chloroplast fission / : / chloroplast
類似検索 - 分子機能
ARC6, IMS domain / Protein ACCUMULATION AND REPLICATION OF CHLOROPLASTS 6-like / ARC6-like, IMS domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Plastid division protein CDP1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.516 Å
データ登録者Delmar, J.D. / Chou, T.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cocrystal structure of the intermembrane space region of the plastid division proteins PARC6 and PDV1
著者: Delmar, J.A. / Yu, E.W. / Osteryoung, K.W.
履歴
登録2016年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PARALOG OF ACCUMULATION AND REPLICATION OF CHLOROPLASTS 6 (PARC6)
B: PARALOG OF ACCUMULATION AND REPLICATION OF CHLOROPLASTS 6 (PARC6)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1164
ポリマ－53,0682
非ポリマー492
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area14700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.533, 124.546, 130.046
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1005-

HOH

21B-1022-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PARALOG OF ACCUMULATION AND REPLICATION OF CHLOROPLASTS 6 (PARC6) / ARC6-homolog protein / Protein CHLOROPLAST DIVISION SITE POSITIONING 1 / AtCDP1 / Protein PARALOG OF ARC6


分子量: 26533.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CDP1, ARC6H, PARC6, At3g19180, MVI11.9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VY16
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.6 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% polyethylene glycol (PEG) 4000, 0.1 M Magnesium acetate, 0.1 M Na-MES (pH 6.5), 0.05 M Potassium nitrate and 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 12543 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.670.9070.658198.4
2.6-2.728.10.6690.801199.6
2.72-2.868.10.4550.907199.9
2.86-3.0480.3370.939199.9
3.04-3.288.10.2420.966199.1
3.28-3.618.90.1760.984199.9
3.61-4.138.40.1410.986199.4
4.13-5.29.30.1060.9931100
5.2-408.90.0950.996199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.516→39.91 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2594 619 4.94 %
Rwork0.1812 --
obs0.1851 12520 98.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 165.26 Å2 / Biso mean: 65.9137 Å2 / Biso min: 27.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.516→39.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2459 0 2 53 2514
Biso mean--61.95 69.49 -
残基数----303
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.7325 Å / Origin y: -17.6226 Å / Origin z: -0.9824 Å
111213212223313233
T0.2945 Å2-0.0093 Å20.023 Å2-0.3148 Å2-0.028 Å2--0.3436 Å2
L0.9696 °2-0.5101 °20.8402 °2-1.5276 °2-1.0414 °2--2.1999 °2
S-0.0934 Å °0.0284 Å °-0.0874 Å °0.0558 Å °0.0609 Å °-0.0222 Å °-0.105 Å °0.0003 Å °-0.0006 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA641 - 818
2X-RAY DIFFRACTION1allB642 - 817
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 54
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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