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- PDB-5u9e: Structure of the Regulatory Domain of the AraC Family Transcripti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u9e
タイトルStructure of the Regulatory Domain of the AraC Family Transcriptional Activator RhaR
要素HTH-type transcriptional activator RhaR
キーワードTRANSCRIPTION / AraC Family / transcriptional Activator / RhaR / Regulatory Domain.
機能・相同性
機能・相同性情報


rhamnose metabolic process / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription activator HTH, RhaR / : / AraC-type arabinose-binding/dimerisation domain / AraC-like ligand binding domain / Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. ...Transcription activator HTH, RhaR / : / AraC-type arabinose-binding/dimerisation domain / AraC-like ligand binding domain / Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / beta-L-rhamnopyranose / HTH-type transcriptional activator RhaR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteria Latreille et al. 1825 (昆虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Zhao, H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Regulatory Domain of the AraC Family Transcriptional Activator RhaR
著者: Lin, J. / Zhao, H. / Shaath, D. / Wehmeye, G. / Kolin, A. / Egan, S.
履歴
登録2016年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional activator RhaR
B: HTH-type transcriptional activator RhaR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8446
ポリマ－37,3982
非ポリマー4464
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.618, 100.618, 95.204
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional activator RhaR / L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR


分子量: 18699.150 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3-165 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteria Latreille et al. 1825 (昆虫)
プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C5A074
#2: 糖 ChemComp-RM4 / beta-L-rhamnopyranose / beta-L-rhamnose / 6-deoxy-beta-L-mannopyranose / L-rhamnose / rhamnose / β-L-ラムノピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LRhapbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-rhamnopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-RhapIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RhaSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100 mM MES pH 6.0, 50 mM Ca(OAc)2, 12 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03324 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月23日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03324 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→28.98 Å / Num. obs: 61172 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 2.02→2.07 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5U93

5u93


解像度: 2.02→19.782 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.21 / 位相誤差: 18.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1947 3057 5 %
Rwork0.1652 --
obs0.1666 61172 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 134.03 Å2 / Biso mean: 42.28 Å2 / Biso min: 15.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.02→19.782 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2533 0 24 194 2751
Biso mean--59.64 49.81 -
残基数----314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082618
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0793549
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.473929
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0175-2.0490.30211290.24912497262695
2.049-2.08250.2511490.21742580272998
2.0825-2.11840.18221510.200726522803100
2.1184-2.15690.21981490.1826502799100
2.1569-2.19830.21041220.17826892811100
2.1983-2.24310.24161520.178926302782100
2.2431-2.29180.23571210.178826522773100
2.2918-2.3450.18191460.174426632809100
2.345-2.40360.25231100.177926562766100
2.4036-2.46840.22081560.174726292785100
2.4684-2.54090.18971280.16826632791100
2.5409-2.62280.2241320.16926672799100
2.6228-2.71630.22331440.168726702814100
2.7163-2.82480.20281540.168225952749100
2.8248-2.95290.18511480.166426692817100
2.9529-3.1080.16991370.155226302767100
3.108-3.30190.20261390.158126782817100
3.3019-3.55550.17091420.151526382780100
3.5555-3.91080.17091310.152526432774100
3.9108-4.4710.17771370.141626672804100
4.471-5.61160.20221370.15926392776100
5.6116-19.78270.18891430.184726582801100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2147-0.16140.3354.22120.51012.37320.0494-0.35130.4070.08620.0562-0.2184-0.33120.1991-0.0670.2437-0.0479-0.00050.1976-0.04880.186910.01665.08940.185
23.4009-1.5660.32514.0967-0.12381.5540.13270.2872-0.6824-0.3911-0.09260.14230.33480.1109-0.00130.39160.0827-0.02990.2023-0.02810.31815.21636.66524.504
31.0246-0.0383-0.29710.0028-0.0240.50160.61080.07890.3520.19130.206-0.0521-0.15430.15940.30870.336-0.24960.50360.2961-0.04470.476413.12850.03833.571
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:165 )A3 - 165
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 5:165 )B5 - 165
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 201:201 ) OR ( CHAIN B AND RESID 301:301 )A201
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 201:201 ) OR ( CHAIN B AND RESID 301:301 )B301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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