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- PDB-5u8o: Crystal Structure of Beta-lactamase domain protein, from Burkhold... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u8o
タイトルCrystal Structure of Beta-lactamase domain protein, from Burkholderia multivorans
要素Zn-dependent hydrolase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / hydrolase activity / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / metal ion binding / Zn-dependent hydrolase
機能・相同性情報
生物種Burkholderia multivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Beta-lactamase domain protein, from Burkholderia multivorans
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Delker, S.L. / Conrady, D.G. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zn-dependent hydrolase
B: Zn-dependent hydrolase
C: Zn-dependent hydrolase
D: Zn-dependent hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,34218
ポリマ－164,7434
非ポリマー59914
水6,251347
1
A: Zn-dependent hydrolase
B: Zn-dependent hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,70910
ポリマ－82,3722
非ポリマー3378
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area27190 Å2
手法PISA
2
C: Zn-dependent hydrolase
D: Zn-dependent hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6338
ポリマ－82,3722
非ポリマー2626
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area27190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.520, 106.830, 144.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid -1 and (name N or name...
21(chain B and ((resid -1 and (name N or name...
31(chain C and ((resid -1 and (name N or name...
41(chain D and (resid -1 through 54 or (resid 55...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISHISHIS(chain A and ((resid -1 and (name N or name...AA-17
12HISHISALAALA(chain A and ((resid -1 and (name N or name...AA-2 - 3586 - 366
13HISHISALAALA(chain A and ((resid -1 and (name N or name...AA-2 - 3586 - 366
14HISHISALAALA(chain A and ((resid -1 and (name N or name...AA-2 - 3586 - 366
15HISHISALAALA(chain A and ((resid -1 and (name N or name...AA-2 - 3586 - 366
21HISHISHISHIS(chain B and ((resid -1 and (name N or name...BB-17
22HISHISZNZN(chain B and ((resid -1 and (name N or name...BB - J-3 - 4025
23HISHISZNZN(chain B and ((resid -1 and (name N or name...BB - J-3 - 4025
24HISHISZNZN(chain B and ((resid -1 and (name N or name...BB - J-3 - 4025
25HISHISZNZN(chain B and ((resid -1 and (name N or name...BB - J-3 - 4025
31HISHISHISHIS(chain C and ((resid -1 and (name N or name...CC-17
32HISHISZNZN(chain C and ((resid -1 and (name N or name...CC - N-2 - 4026
33HISHISZNZN(chain C and ((resid -1 and (name N or name...CC - N-2 - 4026
34HISHISZNZN(chain C and ((resid -1 and (name N or name...CC - N-2 - 4026
35HISHISZNZN(chain C and ((resid -1 and (name N or name...CC - N-2 - 4026
41HISHISGLYGLY(chain D and (resid -1 through 54 or (resid 55...DD-1 - 547 - 62
42GLNGLNALAALA(chain D and (resid -1 through 54 or (resid 55...DD55 - 5663 - 64
43HISHISZNZN(chain D and (resid -1 through 54 or (resid 55...DD - Q-1 - 4027
44HISHISZNZN(chain D and (resid -1 through 54 or (resid 55...DD - Q-1 - 4027
45HISHISZNZN(chain D and (resid -1 through 54 or (resid 55...DD - Q-1 - 4027
46HISHISZNZN(chain D and (resid -1 through 54 or (resid 55...DD - Q-1 - 4027

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Zn-dependent hydrolase / BumuA.15997.a.B1


分子量: 41185.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (strain ATCC 17616 / 249) (バクテリア)
株: ATCC 17616 / 249 / 遺伝子: BMULJ_02874 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3KRR5

-
非ポリマー , 5種, 361分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.24 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MCSG1: 0.2 M Calcium Chloride 0.1 M Tris: HCl, pH 8.5 25 % (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月7日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.098 Å / Num. obs: 53172 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.38 % / Biso Wilson estimate: 37.38 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 17.83 / Num. measured all: 286070 / Scaling rejects: 26
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.465.4630.53630.902198
2.46-2.535.4550.4863.40.91197.5
2.53-2.65.4520.4183.990.922198.3
2.6-2.685.4370.3125.220.957197.7
2.68-2.775.4260.2646.110.967198.5
2.77-2.875.4210.2157.410.983198
2.87-2.985.4050.1659.680.987198.4
2.98-3.15.4120.14211.440.99198.5
3.1-3.245.390.10814.410.994198.3
3.24-3.395.3940.07918.60.997198.7
3.39-3.585.3540.0623.130.998198.9
3.58-3.795.3610.05227.050.998198.7
3.79-4.065.370.03933.160.999198.9
4.06-4.385.340.03438.290.999199.2
4.38-4.85.3310.0341.660.999199.1
4.8-5.375.3240.0340.760.999199.3
5.37-6.25.3010.03238.750.999199.3
6.2-7.595.2250.02842.270.999198.8
7.59-10.735.1110.02448.920.999199.3
10.73-48.0984.5370.02244.380.999196.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I0P

5i0p


解像度: 2.4→48.098 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2215 1974 3.72 %
Rwork0.163 --
obs0.1652 53071 98.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 129.35 Å2 / Biso mean: 47.0852 Å2 / Biso min: 0.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→48.098 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10896 0 14 349 11259
Biso mean--52.16 39.75 -
残基数----1415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711229
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91615318
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561685
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062008
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0746581
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6094X-RAY DIFFRACTION7.746TORSIONAL
12B6094X-RAY DIFFRACTION7.746TORSIONAL
13C6094X-RAY DIFFRACTION7.746TORSIONAL
14D6094X-RAY DIFFRACTION7.746TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4001-2.46010.27611280.20823606373498
2.4601-2.52660.28181710.21273611378297
2.5266-2.6010.27531420.2093582372498
2.601-2.68490.27391280.19713660378898
2.6849-2.78090.26041120.19063619373198
2.7809-2.89220.24931520.19083641379398
2.8922-3.02380.28551470.17493661380898
3.0238-3.18320.22611380.17963604374299
3.1832-3.38260.2491320.17513672380498
3.3826-3.64370.20441410.15983662380399
3.6437-4.01020.21341720.14613666383899
4.0102-4.59010.18871520.12983688384099
4.5901-5.78150.18861380.13953722386099
5.7815-48.10730.1831210.15643703382497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.70210.1149-0.54791.80820.86132.7540.0401-0.28210.26410.22730.1493-0.1957-0.14910.2167-0.14870.2143-0.0003-0.03930.216-0.0370.23328.99192.78858.4724
22.004-0.7464-0.48741.95540.06563.08920.18390.10330.2713-0.1302-0.0182-0.0827-0.5194-0.1617-0.10640.23120.0038-0.00060.1913-0.01490.2593-0.45936.1392-5.5591
35.0865-0.2716-0.51273.8025-2.14794.50390.73060.26381.1323-0.7855-0.2056-0.2494-1.5096-0.2028-0.33860.87370.17560.21480.40970.08950.5568-3.763821.4449-18.4586
41.30540.8217-0.20723.26080.40012.28530.14580.3128-0.0105-0.4843-0.0469-0.3517-0.41990.2042-0.08780.39190.04810.07660.37230.01180.2614.5256-4.3724-35.5924
51.7395-1.14080.92152.6604-2.51532.5844-0.1150.7630.5426-0.3227-0.2732-0.4938-0.45840.70940.30220.4604-0.1666-0.03530.5645-0.02370.585932.1856-9.9965-14.2808
61.137-0.6045-0.31371.835-0.23761.66080.11210.2071-0.1322-0.2188-0.01440.1043-0.0625-0.1175-0.1090.1570.0029-0.01150.2336-0.03880.21818.8174-14.8033-23.7511
76.26030.7927-1.37294.0417-0.05124.1247-0.23120.08480.0553-0.0740.1317-0.42120.16030.21110.12270.13690.0001-0.05340.1617-0.01040.315224.8241-24.1045-9.9656
83.45210.1344-1.13352.1780.25073.7266-0.0012-0.5410.17180.29620.0874-0.212-0.1890.6155-0.08220.27780.0067-0.02050.45440.020.2793-12.53224.0789-63.318
92.3793-0.5028-0.57262.3117-0.14712.94480.0734-0.06630.2035-0.04390.07760.0018-0.3026-0.0515-0.10510.2254-0.01520.01030.25080.02590.2317-21.56677.8719-77.3735
103.7840.1013-0.16214.3354-1.42244.81670.40480.2461.1272-0.3222-0.0676-0.0443-0.9648-0.3007-0.26950.52940.10510.1390.38980.1330.5212-25.655923.4451-90.6123
112.77420.3351-0.37743.41080.14932.1251-0.12480.67-0.3419-0.85820.0574-0.16710.2422-0.04630.02360.5437-0.0950.08460.4536-0.05740.3108-7.9718-0.6924-108.2034
120.9204-0.50270.85781.498-2.68334.8393-0.05120.51570.39250.0279-0.598-0.7436-1.03530.88420.60420.5169-0.1340.05880.59040.02950.69110.9397-7.661-86.5426
131.6929-0.6337-0.37141.8941-0.96051.4572-0.20530.2959-0.5401-0.30420.15120.23860.3702-0.13960.02510.438-0.11450.09580.3434-0.07110.4111-12.9994-12.1867-96.2558
145.70430.5426-1.2663.51760.46074.2027-0.4871-0.0433-0.3944-0.10220.1071-0.31340.5520.24280.36430.3450.04390.15430.25260.03960.61692.9413-21.9-82.5442
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 134 )A-2 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 135 through 300 )A135 - 300
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 301 through 358 )A301 - 358
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -3 through 133 )B-3 - 133
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 134 through 172 )B134 - 172
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 173 through 300 )B173 - 300
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 301 through 359 )B301 - 359
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid -2 through 132 )C-2 - 132
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 133 through 300 )C133 - 300
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 301 through 358 )C301 - 358
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid -1 through 133 )D-1 - 133
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 134 through 172 )D134 - 172
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 173 through 300 )D173 - 300
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 301 through 359 )D301 - 359

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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