PDB-5u8j: Crystal structure of a protein of unknown function ECL_02571 invo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u8j

タイトル

Crystal structure of a protein of unknown function ECL_02571 involved in membrane biogenesis from Enterobacter cloacae

要素

UPF0502 protein BFJ73_07745

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / membrane biogenesis / alpha/beta protein / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / :

機能・相同性情報

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Skarina, T. / Sandoval, J. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a protein of unknown function ECL_02571 involved in membrane biogenesis from Enterobacter cloacae
著者: Stogios, P.J.

履歴

登録	2016年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u8j.cif.gz	284 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u8j.ent.gz	233.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u8j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u8j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bz6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7lun-8 4f1l-4 7lun-2 4f1l-3 7lun-4 7lun-7 2mv2-d 4f1q-1 2li5-d 4f1l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95678

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UPF0502 protein BFJ73_07745

B: UPF0502 protein BFJ73_07745

C: UPF0502 protein BFJ73_07745

D: UPF0502 protein BFJ73_07745

ヘテロ分子

79.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: UPF0502 protein BFJ73_07745

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: UPF0502 protein BFJ73_07745

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: UPF0502 protein BFJ73_07745

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: UPF0502 protein BFJ73_07745

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.170, 53.890, 90.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.04, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	UPF0502 protein BFJ73_07745 分子量: 19838.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: BFJ73_07745 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: A0A1B3EZY2
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M potassium dihydrogen phosphate, 1% sucrose, 0.1 M phosphate citrate pH 4.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→30 Å / Num. obs: 28186 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 19.84
反射シェル	解像度: 2.52→2.56 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.922 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / CC_1/2: 0.664 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2481: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
BALBES		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BZ6

3bz6

解像度: 2.52→29.564 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2737	1361	4.92 %	RANDOM
R_work	0.2126	-	-	-
obs	0.2157	27685	98.27 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→29.564 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5326	0	2	222	5550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5419
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.654	7313
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.634	2087
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	831
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	962

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5201-2.6101	0.3435	118	0.2825	2582	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6101-2.7145	0.3672	149	0.2803	2555	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7145-2.838	0.366	156	0.2907	2549	X-RAY DIFFRACTION	97
2.838-2.9875	0.3504	101	0.2663	2647	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9875-3.1744	0.3203	127	0.2487	2613	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1744-3.4192	0.2779	127	0.2216	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4192-3.7627	0.2749	139	0.2139	2641	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7627-4.3057	0.2557	146	0.1752	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3057-5.4193	0.2052	144	0.176	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4193-29.5656	0.2591	154	0.197	2751	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8079	1.7932	1.4675	3.6927	2.8661	2.2311	0.687	0.6549	-0.5374	-0.3935	0.1002	-0.2398	0.2836	0.7549	1.2848	1.3072	-0.3083	0.3558	0.3516	-0.6203	0.1199	1.0554	4.3354	17.3629
2	2.9039	1.5667	0.5734	5.1247	0.8609	1.656	-0.3856	0.0888	0.3001	-0.3844	0.3938	0.7266	-0.2985	-0.2865	0.0003	0.4484	-0.0729	-0.0164	0.4003	0.0435	0.4144	-10.9038	8.5023	28.1457
3	1.0288	-1.399	-0.8041	1.9169	1.0751	0.6168	0.1148	1.1711	1.0921	-2.605	0.6047	0.9966	-0.9621	0.1118	0.186	1.0171	-0.1912	-0.0677	0.694	0.1946	0.481	-10.8834	-3.6531	15.7631
4	3.0911	-0.0023	-0.4647	4.7662	0.5897	1.4273	-0.3344	0.0126	-0.5061	0.3695	0.6917	-0.9084	0.2965	0.4304	0.0014	0.4861	-0.0115	-0.0496	0.4963	-0.1709	0.5507	1.6968	-9.4891	30.2105
5	2.0026	4.0258	-1.4256	2.2869	-0.9105	0.3781	-0.2618	0.9063	-2.1854	-0.4485	-0.8987	-0.857	1.1483	-0.2244	-0.2177	1.2448	-0.0352	0.359	0.3333	-0.0786	0.7592	6.312	11.0655	16.256
6	4.3771	0.2411	-1.1803	1.3309	0.4164	2.7828	-0.1844	-0.0815	-0.0596	0.1369	0.2256	-0.0616	0.1136	-0.0168	-0	0.4377	-0.0745	0.0216	0.3724	-0.0579	0.3587	7.8126	24.0283	23.6398
7	3.9292	-0.0824	-2.6687	2.3251	2.0172	3.5952	0.1055	0.3875	0.1634	-0.2902	-0.0492	-0.3103	0.0881	-0.3585	0.0006	0.4279	-0.1334	0.0331	0.4734	-0.0211	0.423	13.4657	24.6076	10.0825
8	0.7028	0.3266	-0.9703	1.436	-0.0556	1.3306	0.4932	0.1967	0.2453	-0.5853	0.1346	-0.0087	0.4144	-0.5712	0.0004	0.6954	-0.1652	-0.029	0.7542	-0.015	0.4178	3.9636	16.9867	1.5928
9	1.5507	1.1472	0.4407	3.2288	-1.3982	2.6503	-0.2899	0.2403	-0.1253	-0.3095	0.3939	0.2542	0.2341	-0.2688	0	0.4234	-0.1329	0.0086	0.4932	0.0412	0.4505	-28.2618	-16.7828	21.0171
10	1.2301	-0.3991	0.6202	0.7182	-0.0825	0.4009	0.1942	0.2966	-0.0711	-0.5194	-0.0359	0.4006	-0.6679	-0.1069	-0.0019	0.5612	-0.1144	-0.0696	0.6055	0.1193	0.5622	-28.172	-6.0629	15.1574
11	4.9523	0.4607	0.131	2.4585	2.1386	4.3521	0.0262	-0.4473	-0.2549	0.4276	-0.057	0.012	0.3523	-0.4959	0.0014	0.4831	-0.076	0.0095	0.5001	0.112	0.4133	-27.674	-12.9676	39.8348
12	4.4286	-2.1187	-4.3193	4.3712	2.5843	4.2956	0.1434	-1.5597	-0.6691	1.7132	-0.2358	1.6591	0.7954	-1.7801	-0.1557	0.5818	-0.1384	0.0523	1.3905	0.2836	0.8138	-41.2935	-14.9107	35.4346
13	-0	0.0042	0.007	0.0011	0.0167	0.0456	0.4577	-0.4799	0.1983	0.6629	0.3907	0.5858	-0.6019	-0.1587	-0	1.0057	0.0169	0.367	1.0134	-0.0936	0.9515	38.6278	41.6213	27.1438
14	3.5732	-0.1159	0.5858	2.7638	0.7705	0.9143	-0.0239	0.3	-0.046	0.1057	-0.0461	-0.0227	-0.0605	0.3202	0	0.4261	-0.178	-0.0488	0.576	0.0534	0.5746	36.7872	29.8274	15.5965
15	3.0138	-0.2233	-0.7587	3.3037	1.7533	1.153	0.0761	0.0586	1.6741	-0.2125	-0.3261	0.1963	-0.1102	-0.1938	-0.0001	0.4682	-0.0224	-0.1657	0.5831	0.1367	1.0908	23.8076	43.1014	14.3065
16	1.1318	-0.8203	-0.0919	1.243	-0.4345	0.398	-0.5827	0.2295	1.7518	0.2667	0.1735	0.3984	-0.5591	-0.029	-0.0391	0.6341	-0.2738	-0.2377	0.2416	0.1335	1.903	31.1245	50.1542	19.7806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:5)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 6:84)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 85:94)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 95:171)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 1:7)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 8:71)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 72:141)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 142:173)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 2:63)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 64:86)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 87:166)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 167:172)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 1:5)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 6:86)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 87:142)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 143:171)

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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