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- PDB-5u85: Murine saposin-D (SapD), open conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u85
タイトルMurine saposin-D (SapD), open conformation
要素Saposin-D
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / saposin
機能・相同性
機能・相同性情報


corneocyte development / membrane lipid metabolic process / glycolipid metabolic process / glucosylceramide metabolic process / inclusion body assembly / cornified envelope assembly / walking behavior / lipid antigen binding / Glycosphingolipid catabolism / galactosylceramide catabolic process ...corneocyte development / membrane lipid metabolic process / glycolipid metabolic process / glucosylceramide metabolic process / inclusion body assembly / cornified envelope assembly / walking behavior / lipid antigen binding / Glycosphingolipid catabolism / galactosylceramide catabolic process / Peptide ligand-binding receptors / cerebellar Purkinje cell differentiation / micturition / lysosomal protein catabolic process / ceramide metabolic process / G alpha (i) signalling events / NK T cell differentiation / Platelet degranulation / sphingolipid metabolic process / prostate gland growth / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / nervous system process / aggresome / lysosomal transport / cochlea development / antigen processing and presentation / regulation of MAPK cascade / regulation of lipid metabolic process / protein secretion / neuromuscular process controlling balance / developmental growth / Neutrophil degranulation / myelination / cellular response to reactive oxygen species / intracellular protein transport / sensory perception of sound / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / late endosome / protease binding / gene expression / lysosome / positive regulation of MAPK cascade / mitochondrion / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Saposin, chordata / Saposin-like / NK-Lysin / Saposin A-type domain / Saposin / : / Saposin A-type domain / Saposin A-type domain profile. / Saposin/surfactant protein-B A-type DOMAIN / Saposin-like type B, region 1 ...Saposin, chordata / Saposin-like / NK-Lysin / Saposin A-type domain / Saposin / : / Saposin A-type domain / Saposin A-type domain profile. / Saposin/surfactant protein-B A-type DOMAIN / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / Saposin (B) Domains / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Gebai, A. / Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of saposin D in an open conformation.
著者: Gebai, A. / Gorelik, A. / Nagar, B.
履歴
登録2016年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / struct_keywords
Item: _entity.formula_weight / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Saposin-D
B: Saposin-D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5432
ポリマ－18,5432
非ポリマー00
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area8740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.650, 43.163, 88.822
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Dimer as determined by gel filtration

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要素

#1: タンパク質 Saposin-D / Sulfated glycoprotein 1 / SGP-1


分子量: 9271.682 Da / 分子数: 2 / 断片: Saposin B-type 4 domain, residues 438-519 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Psap, Sgp1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q61207
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium citrate PEG 4000 isopropanol / PH範囲: 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 19863 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 33.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
ACORN位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.65→38.822 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1857 1430 4.99 %
Rwork0.1662 --
obs0.1672 18902 76.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→38.822 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1216 0 0 198 1414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031293
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6651761
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.975830
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004225
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.7090.242640.22931347X-RAY DIFFRACTION38
1.709-1.77740.2425810.21511536X-RAY DIFFRACTION44
1.7774-1.85830.2051090.21011926X-RAY DIFFRACTION55
1.8583-1.95630.21481190.20512323X-RAY DIFFRACTION65
1.9563-2.07890.20171410.16662773X-RAY DIFFRACTION78
2.0789-2.23940.19011720.15353216X-RAY DIFFRACTION92
2.2394-2.46470.17671860.14653520X-RAY DIFFRACTION99
2.4647-2.82120.19051880.15583554X-RAY DIFFRACTION100
2.8212-3.55410.16931870.16213527X-RAY DIFFRACTION100
3.5541-38.83260.17821830.16793492X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00090.0001-0.00060.00120.00030.00060.0036-0.00310.00520.0029-0.0030.00780.00540.03090-0.06410.04310.0120.0169-0.02390.0208-13.09286.1161-18.132
2-0.00020.001-0.00180.0008-0.00140.00070.0058-0.0077-0.0220.01570.0094-0.0086-0.0164-0.0156-00.02460.01040.05460.018-0.01130.0308-35.258914.903-10.6354
3-0.0004-0.0024-0.0022-0.0024-0.0029-0.00110.027-0.01030.00990.01910.0277-0.0249-0.0067-0.0295-0-0.0026-0.02370.0797-0.09520.1912-0.1619-30.520922.4169-13.9518
40.0010.00020.00050.0005-0.000100.00780.00620.0013-0.00470.0147-0.019400.0046-00.0484-0.0375-0.08460.0527-0.04730.1336-6.426712.4299-12.999
50.00120.00170.00210.00080.00120.00060.0022-0.0208-0.00040.00010.0045-0.004-0.0150.0039-00.08020.02850.00780.0589-0.00270.0362-28.14820.381-3.584
60.00110.00040.0015-0.00060.00230.00050.008-0.0014-0.00820.00160.0028-0.00540.0160.0008-00.00210.00830.030.0297-0.0863-0.0694-18.9505-1.3563-11.7854
70.00290.00090.00090.00040.00010.0009-0.0008-0.0023-0.0086-0.0030.0109-0.01380.01180.009800.0740.0201-0.06130.0542-0.01840.014-11.32354.6712-7.7909
80.00050.0005-0.00010.0004-0.00010.0002-0.00660.00470.01140.0027-0.0033-0.002-0.00110.004-00.1638-0.0454-0.01120.05030.01720.1088-21.884927.4608-9.5897
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 21 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 42 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 43 through 65 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 66 through 80 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 21 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 22 through 42 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 43 through 65 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 66 through 79 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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