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- PDB-5u84: Acid ceramidase (ASAH1, aCDase) from common minke whale, Cys143Al... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u84
タイトルAcid ceramidase (ASAH1, aCDase) from common minke whale, Cys143Ala, uncleaved
要素Acid ceramidase
キーワードHYDROLASE / ceramidase / ceramide / ntn-hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / : / fatty acid amide hydrolase activity / sphingolipid metabolic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / fatty acid metabolic process / lysosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Acid ceramidase-like / Acid ceramidase, N-terminal / beta subunit of N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase / Choloylglycine hydrolase/NAAA C-terminal / Linear amide C-N hydrolases, choloylglycine hydrolase family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I3C / IODIDE ION / Acid ceramidase
類似検索 - 構成要素
生物種Balaenoptera acutorostrata (コイワシクジラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Gebai, A. / Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the activation of acid ceramidase.
著者: Gebai, A. / Gorelik, A. / Li, Z. / Illes, K. / Nagar, B.
履歴
登録2016年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月17日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_ec
改定 1.32019年5月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_name_com / entity_src_gen ...entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acid ceramidase
B: Acid ceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,63448
ポリマ－87,7252
非ポリマー10,91046
水2,414134
1
A: Acid ceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,05328
ポリマ－43,8621
非ポリマー7,19127
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Acid ceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,58120
ポリマ－43,8621
非ポリマー3,71919
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.815, 109.267, 79.541
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acid ceramidase / Acid CDase


分子量: 43862.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Balaenoptera acutorostrata (コイワシクジラ)
遺伝子: ASAH1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A383ZFX3, ceramidase

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糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 177分子

#4: 化合物
ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸


分子量: 558.835 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4I3NO4
#5: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: citric acid sodium chloride lithium 5-amino-2,4,6-triiodoisophthalate (I3C)
PH範囲: 3.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.77122 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.77122 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→44.656 Å / Num. obs: 67018 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 14.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.34→44.656 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2306 3239 4.83 %
Rwork0.1999 --
obs0.2014 67018 81.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→44.656 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5655 0 282 134 6071
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036108
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7278344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.513533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046917
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031042
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.34-2.37490.3194590.31741042X-RAY DIFFRACTION30
2.3749-2.4120.2981840.31381328X-RAY DIFFRACTION39
2.412-2.45160.3613620.30451619X-RAY DIFFRACTION47
2.4516-2.49380.3199920.26991784X-RAY DIFFRACTION53
2.4938-2.53920.3044870.25851971X-RAY DIFFRACTION58
2.5392-2.5880.26931190.24852112X-RAY DIFFRACTION62
2.588-2.64080.29911100.24742296X-RAY DIFFRACTION68
2.6408-2.69830.24851210.24012534X-RAY DIFFRACTION73
2.6983-2.7610.27911460.24152653X-RAY DIFFRACTION79
2.761-2.83010.23241430.25882908X-RAY DIFFRACTION85
2.8301-2.90660.25891690.25223086X-RAY DIFFRACTION91
2.9066-2.99210.28151350.24883274X-RAY DIFFRACTION95
2.9921-3.08860.26081800.22633235X-RAY DIFFRACTION97
3.0886-3.1990.27791620.21513383X-RAY DIFFRACTION99
3.199-3.3270.24191780.23396X-RAY DIFFRACTION99
3.327-3.47840.19991700.18863337X-RAY DIFFRACTION99
3.4784-3.66170.22441780.18313432X-RAY DIFFRACTION100
3.6617-3.8910.20811660.17353372X-RAY DIFFRACTION100
3.891-4.19120.1681740.15743416X-RAY DIFFRACTION100
4.1912-4.61260.20361710.14713390X-RAY DIFFRACTION100
4.6126-5.27920.17481770.15253420X-RAY DIFFRACTION100
5.2792-6.64770.26351720.20933402X-RAY DIFFRACTION100
6.6477-44.66370.22681840.2073389X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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