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- PDB-5u7q: Identification of A New Class of Potent Cdc7 Inhibitors Designed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u7q
タイトルIdentification of A New Class of Potent Cdc7 Inhibitors Designed by Putative Pharmacophore Model: Synthesis and Biological Evaluation of 2,3-Dihydrothieno[3,2-d]pyrimidin-4(1H)-ones
要素Rho-associated protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE / Serine/threonine kinase / apo-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of connective tissue growth factor production / cellular response to acetylcholine / positive regulation of centrosome duplication / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / ROCK-subfamily protein kinase / negative regulation of protein localization to lysosome / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of connective tissue replacement ...positive regulation of connective tissue growth factor production / cellular response to acetylcholine / positive regulation of centrosome duplication / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / ROCK-subfamily protein kinase / negative regulation of protein localization to lysosome / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of connective tissue replacement / response to transforming growth factor beta / regulation of cell junction assembly / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / regulation of nervous system process / positive regulation of protein localization to early endosome / host-mediated perturbation of viral process / embryonic morphogenesis / regulation of cellular response to hypoxia / regulation of cell motility / negative regulation of biomineral tissue development / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / response to angiotensin / regulation of establishment of endothelial barrier / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases Activate ROCKs / actomyosin structure organization / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / cortical actin cytoskeleton organization / aortic valve morphogenesis / RHOBTB1 GTPase cycle / regulation of focal adhesion assembly / RHOB GTPase cycle / positive regulation of amyloid-beta formation / EPHA-mediated growth cone collapse / tau-protein kinase activity / negative regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of establishment of cell polarity / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / RHOC GTPase cycle / mRNA destabilization / centrosome duplication / mitotic cytokinesis / smooth muscle contraction / RHOH GTPase cycle / epithelial to mesenchymal transition / RHOA GTPase cycle / regulation of cell adhesion / endopeptidase activator activity / Rho protein signal transduction / positive regulation of stress fiber assembly / EPHB-mediated forward signaling / negative regulation of angiogenesis / blood vessel diameter maintenance / response to ischemia / protein localization to plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / regulation of circadian rhythm / VEGFA-VEGFR2 Pathway / tau protein binding / small GTPase binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / rhythmic process / G alpha (12/13) signalling events / actin cytoskeleton organization / protease binding / Potential therapeutics for SARS / cytoskeleton / protein phosphorylation / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of gene expression / centrosome / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Rho-associated protein kinase 2, HR1 domain / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / : / MRCK kinase PH domain / : / HR1 rho-binding domain ...: / Rho-associated protein kinase 2, HR1 domain / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / : / MRCK kinase PH domain / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho-associated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Hoffman, I.D.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Identification of a new class of potent Cdc7 inhibitors designed by putative pharmacophore model: Synthesis and biological evaluation of 2,3-dihydrothieno[3,2-d]pyrimidin-4(1H)-ones.
著者: Kurasawa, O. / Oguro, Y. / Miyazaki, T. / Homma, M. / Mori, K. / Iwai, K. / Hara, H. / Skene, R. / Hoffman, I. / Ohashi, A. / Yoshida, S. / Ishikawa, T. / Cho, N.
履歴
登録2016年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Rho-associated protein kinase 2
B: Rho-associated protein kinase 2
C: Rho-associated protein kinase 2
D: Rho-associated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,6034
ポリマ－181,6034
非ポリマー00
水18010
1
A: Rho-associated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4011
ポリマ－45,4011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rho-associated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4011
ポリマ－45,4011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Rho-associated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4011
ポリマ－45,4011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Rho-associated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4011
ポリマ－45,4011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Rho-associated protein kinase 2

B: Rho-associated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8012
ポリマ－90,8012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area36170 Å2
手法PISA
6
C: Rho-associated protein kinase 2

D: Rho-associated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8012
ポリマ－90,8012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area3520 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area36410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.194, 146.463, 112.416
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGTYRTYRAA28 - 4166 - 394
21ARGARGTYRTYRBB28 - 4166 - 394
12SERSERTYRTYRAA25 - 4163 - 394
22SERSERTYRTYRCC25 - 4163 - 394
13GLNGLNARGARGAA27 - 4175 - 395
23GLNGLNARGARGDD27 - 4175 - 395
14ARGARGTYRTYRBB28 - 4166 - 394
24ARGARGTYRTYRCC28 - 4166 - 394
15ARGARGARGARGBB28 - 4176 - 395
25ARGARGARGARGDD28 - 4176 - 395
16GLNGLNTYRTYRCC27 - 4165 - 394
26GLNGLNTYRTYRDD27 - 4165 - 394

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Rho-associated protein kinase 2 / Rho kinase 2 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 2 / coiled-coil-containing ...Rho kinase 2 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 2 / coiled-coil-containing protein kinase II / ROCK-II / p164 ROCK-2


分子量: 45400.645 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 23-417 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROCK2, KIAA0619
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: O75116, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.1 M Sodium malonate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.5% v/v Jeffamine ED-2001 pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9764848 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9764848 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. obs: 51367 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 215910
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.15-3.240.833199.9
3.2-3.264.10.6751100
3.26-3.334.20.621100
3.33-3.394.20.4841100
3.39-3.474.30.4051100
3.47-3.554.20.3461100
3.55-3.644.30.271100
3.64-3.734.20.221100
3.73-3.844.30.1841100
3.84-3.974.20.1621100
3.97-4.114.20.1361100
4.11-4.274.20.1181100
4.27-4.474.20.1071100
4.47-4.74.20.0991100
4.7-54.20.1021100
5-5.384.20.0981100
5.38-5.934.20.0941100
5.93-6.784.10.0771100
6.78-8.544.20.0541100
8.54-504.10.0421100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 3.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 40.328 / SU ML: 0.303 / SU R Cruickshank DPI: 0.3824 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.381
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2348 2611 5.1 %RANDOM
Rwork0.2048 ---
obs0.2063 48123 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 191.35 Å2 / Biso mean: 72.412 Å2 / Biso min: 20.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.78 Å2-0 Å21.3 Å2
2---2.85 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12530 0 0 10 12540
Biso mean---31.91 -
残基数----1546
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01912840
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0212086
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6611.95417355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.565327829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.11451537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.06124.069639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.788152235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9091578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21837
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02114469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023035
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A450340.11
12B450340.11
21A461500.1
22C461500.1
31A452280.11
32D452280.11
41B463140.09
42C463140.09
51B465500.08
52D465500.08
61C458240.09
62D458240.09
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.198 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 157 -
Rwork0.317 2650 -
all-2807 -
obs--73.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.35511.56041.77281.99132.00632.9516-0.06780.082-0.2099-0.09630.0762-0.4589-0.25960.2508-0.00830.0788-0.0184-0.04240.04140.07070.335259.2756-16.332815.798
23.28120.41410.09272.40550.11242.0623-0.00470.3188-0.0728-0.165-0.03820.2851-0.138-0.38370.04290.05220.0268-0.08180.16940.0220.172731.5575-16.464211.3073
33.7863-1.32011.97222.422-2.40182.7459-0.12960.14230.08940.12610.1820.3211-0.3106-0.1435-0.05240.1676-0.006-0.09730.0673-0.02260.3361-18.239-16.778840.7845
43.4243-0.07610.06361.7688-0.48671.5117-0.0152-0.10530.02710.0755-0.0756-0.3353-0.09890.33850.09080.0996-0.0211-0.06540.2135-0.01740.29029.3449-18.481446.7595
51.7778-1.07621.10841.2237-1.93924.23150.0986-0.2901-0.33890.23040.11140.134-0.09-0.0957-0.20990.5161-0.1105-0.10340.09690.00120.23084.004321.171574.3374
61.52260.113-0.27182.7712-0.02113.10440.05330.2786-0.089-0.28830.0128-0.3856-0.0821-0.0234-0.06610.201-0.04170.01960.1584-0.07150.18749.109821.477546.6344
71.18991.24580.88872.09741.68014.159-0.05250.1937-0.3148-0.38120.20670.03370.2078-0.1964-0.15420.4266-0-0.07580.12920.03450.343935.341121.8367-16.3406
80.79950.3628-0.74852.1682-0.58323.35320.0656-0.0875-0.01330.22680.12640.2495-0.2317-0.1118-0.1920.30060.0632-0.00080.16790.05310.232732.617523.491711.8808
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 173
2X-RAY DIFFRACTION2A174 - 417
3X-RAY DIFFRACTION3B28 - 173
4X-RAY DIFFRACTION4B174 - 417
5X-RAY DIFFRACTION5C25 - 173
6X-RAY DIFFRACTION6C174 - 417
7X-RAY DIFFRACTION7D27 - 173
8X-RAY DIFFRACTION8D174 - 417

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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