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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u6m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of UDP-glucosyltransferase, UGT74F2, with UDP and salicylic acid | ||||||
要素 | UDP-glycosyltransferase 74F2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / UDP-glucosyltransferase / salicylic acid / salicylic acid glucoside / salicylic acid ester | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 para-aminobenzoic acid metabolic process / salicylic acid glucosyltransferase (ester-forming) activity / salicylic acid glucosyltransferase (glucoside-forming) activity / benzoic acid glucosyltransferase activity / UDP-glucose:4-aminobenzoate acylglucosyltransferase activity / nicotinate-O-glucosyltransferase activity / positive regulation of seed germination / benzoate metabolic process / salicylic acid metabolic process / UDP-glucosyltransferase activity ...para-aminobenzoic acid metabolic process / salicylic acid glucosyltransferase (ester-forming) activity / salicylic acid glucosyltransferase (glucoside-forming) activity / benzoic acid glucosyltransferase activity / UDP-glucose:4-aminobenzoate acylglucosyltransferase activity / nicotinate-O-glucosyltransferase activity / positive regulation of seed germination / benzoate metabolic process / salicylic acid metabolic process / UDP-glucosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.568 Å | ||||||
データ登録者 | George Thompson, A.M. / Iancu, C.V. / Dean, J.V. / Choe, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Differences in salicylic acid glucose conjugations by UGT74F1 and UGT74F2 from Arabidopsis thaliana. 著者: George Thompson, A.M. / Iancu, C.V. / Neet, K.E. / Dean, J.V. / Choe, J.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5u6m.cif.gz | 362.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5u6m.ent.gz | 301.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5u6m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5u6m_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5u6m_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5u6m_validation.xml.gz | 35.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5u6m_validation.cif.gz | 47 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/5u6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/5u6m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50821.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: UGT74F2, GT, SAGT1, SGT1, At2g43820, F18O19.7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O22822, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの #2: 糖 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.89 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 22-26 % (w/v) PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.56→50 Å / Num. obs: 30702 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 68.6431469736 Å2 / Net I/σ(I): 0.086 |
反射 シェル | 解像度: 2.56→2.65 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.568→43.841 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.72 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.568→43.841 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 56.5102 Å / Origin y: 75.947 Å / Origin z: 59.1517 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |