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- PDB-5u6b: Structure of the Axl kinase domain in complex with a macrocyclic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u6b
タイトルStructure of the Axl kinase domain in complex with a macrocyclic inhibitor
要素Tyrosine-protein kinase receptor UFO
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Kinase Inhibitor Complex / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain cell migration / ovulation cycle / positive regulation of natural killer cell differentiation / negative regulation of lymphocyte activation / positive regulation of pinocytosis / cellular response to interferon-alpha / neutrophil clearance / negative regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / natural killer cell differentiation ...forebrain cell migration / ovulation cycle / positive regulation of natural killer cell differentiation / negative regulation of lymphocyte activation / positive regulation of pinocytosis / cellular response to interferon-alpha / neutrophil clearance / negative regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / natural killer cell differentiation / dendritic cell differentiation / secretion by cell / positive regulation of viral life cycle / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / erythrocyte homeostasis / phosphatidylserine binding / vagina development / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / blood vessel remodeling / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / phagocytosis / cell maturation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / establishment of localization in cell / receptor protein-tyrosine kinase / platelet activation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / neuron migration / cell migration / nervous system development / actin cytoskeleton / cellular response to lipopolysaccharide / virus receptor activity / neuron apoptotic process / protein tyrosine kinase activity / spermatogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / inflammatory response / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / symbiont entry into host cell / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7YS / Tyrosine-protein kinase receptor UFO
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Gajiwala, K.S. / Grodsky, N.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The Axl kinase domain in complex with a macrocyclic inhibitor offers first structural insights into an active TAM receptor kinase.
著者: Gajiwala, K.S. / Grodsky, N. / Bolanos, B. / Feng, J. / Ferre, R. / Timofeevski, S. / Xu, M. / Murray, B.W. / Johnson, T.W. / Stewart, A.
履歴
登録2016年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase receptor UFO
B: Tyrosine-protein kinase receptor UFO
C: Tyrosine-protein kinase receptor UFO
D: Tyrosine-protein kinase receptor UFO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,3248
ポリマ－139,4804
非ポリマー1,8444
水00
1
A: Tyrosine-protein kinase receptor UFO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3312
ポリマ－34,8701
非ポリマー4611
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein kinase receptor UFO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3312
ポリマ－34,8701
非ポリマー4611
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Tyrosine-protein kinase receptor UFO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3312
ポリマ－34,8701
非ポリマー4611
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Tyrosine-protein kinase receptor UFO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3312
ポリマ－34,8701
非ポリマー4611
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.680, 100.704, 81.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Tyrosine-protein kinase receptor UFO / AXL oncogene


分子量: 34869.988 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 514-818 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AXL, UFO
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P30530, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-7YS / (10R)-7-amino-11-chloro-12-fluoro-1-(2-hydroxyethyl)-3,10,16-trimethyl-16,17-dihydro-1H-8,4-(azeno)pyrazolo[4,3-h][2,5,11]benzoxadiazacyclotetradecin-15(10H)-one


分子量: 460.889 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22ClFN6O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.2 microL of the protein-ligand complex (1:3 ratio of protein:ligand) and 1.2 microL of the reservoir solution (0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 30 % (w/v) PEG-4000, 1-2 % (v/v) 1-butanol).

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→63 Å / Num. obs: 31278 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 74.19 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.84→2.99 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4542 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.84→59.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.351
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 759 4.84 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.212 31142 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1518 Å20 Å2-1.5426 Å2
2--11.9473 Å20 Å2
3----10.7955 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.84→59.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8922 0 128 0 9050
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0099238HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0912478HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3280SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes228HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1420HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9238HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.31
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1154SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10404SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.84→2.93 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 146 5.09 %
Rwork0.249 2722 -
all0.251 2868 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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