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- PDB-5u68: Structural basis for antibody cross-neutralization of respiratory... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u68
タイトルStructural basis for antibody cross-neutralization of respiratory syncytial virus and human metapneumovirus
要素
  • Chimera protein of Fusion glycoprotein F0 and Envelope glycoprotein
  • MPE8
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / RSVF prefusion / MPE8 / cross-reactive antibody neutralization / Trimer / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus A (ウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.083 Å
データ登録者Wen, X. / Jardetzky, T.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-61050 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Structural basis for antibody cross-neutralization of respiratory syncytial virus and human metapneumovirus.
著者: Wen, X. / Mousa, J.J. / Bates, J.T. / Lamb, R.A. / Crowe, J.E. / Jardetzky, T.S.
履歴
登録2016年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Source and taxonomy
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera protein of Fusion glycoprotein F0 and Envelope glycoprotein
B: Chimera protein of Fusion glycoprotein F0 and Envelope glycoprotein
C: Chimera protein of Fusion glycoprotein F0 and Envelope glycoprotein
E: MPE8
F: MPE8
G: MPE8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,4116
ポリマ－279,4116
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)155.540, 155.540, 275.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Chimera protein of Fusion glycoprotein F0 and Envelope glycoprotein / Protein F


分子量: 62452.488 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP P03420 residues 1-513,UNP M1E1E4 residues 1-28 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (ウイルス), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: A2 / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): 293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420, UniProt: M1E1E4
#2: 抗体 MPE8


分子量: 30684.664 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: single chain antibody (scFv) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.36 % / 解説: rod-shaped
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Potassium Nitrate, 0.1M Citrate Phosphate pH 4.2, 1 % Tacsimate pH 7.0, 14 (w/v) % PEG 6000
PH範囲: 7.0-7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月13日 / 詳細: Fibre Optic Taper (FOT)
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.191 Å / Num. obs: 71891 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 11.2 % / Net I/σ(I): 11.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JHW, 3H42

4jhw

3h42


解像度: 3.083→48.191 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2392 2686 5.01 %Random
Rwork0.1842 ---
obs0.187 53648 74.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.083→48.191 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15642 0 0 0 15642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02115933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.89321561
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2565778
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0812526
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012733
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0832-3.13930.2965100.505128X-RAY DIFFRACTION4
3.1393-3.19970.4795200.3663343X-RAY DIFFRACTION10
3.1997-3.2650.571330.3435574X-RAY DIFFRACTION16
3.265-3.33590.453430.3198873X-RAY DIFFRACTION25
3.3359-3.41350.3379690.29931249X-RAY DIFFRACTION35
3.4135-3.49890.3162910.28431724X-RAY DIFFRACTION49
3.4989-3.59340.31711350.25012654X-RAY DIFFRACTION74
3.5934-3.69910.31831900.23383594X-RAY DIFFRACTION100
3.6991-3.81850.31371860.22523549X-RAY DIFFRACTION100
3.8185-3.95490.27841890.20443578X-RAY DIFFRACTION100
3.9549-4.11320.24671880.18183569X-RAY DIFFRACTION100
4.1132-4.30020.20111870.15543565X-RAY DIFFRACTION100
4.3002-4.52680.19781900.13753600X-RAY DIFFRACTION100
4.5268-4.81020.16851900.133598X-RAY DIFFRACTION100
4.8102-5.18120.20681900.13723607X-RAY DIFFRACTION100
5.1812-5.70180.20911890.14843613X-RAY DIFFRACTION100
5.7018-6.52520.22341920.1643652X-RAY DIFFRACTION100
6.5252-8.21440.22471940.18853680X-RAY DIFFRACTION100
8.2144-48.19660.22862000.20773812X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -135.4741 Å / Origin y: 162.3403 Å / Origin z: 288.1867 Å
111213212223313233
T0.4693 Å2-0.2245 Å20.0112 Å2-0.2526 Å20.0752 Å2--0.4118 Å2
L0.7689 °20.0393 °20.5156 °2-0.6538 °20.2363 °2--1.0335 °2
S0.0759 Å °-0.2541 Å °-0.1502 Å °0.1485 Å °0.0141 Å °-0.0789 Å °0.1678 Å °-0.0763 Å °-0.0386 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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