PDB-5u5u: CcP gateless cavity

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u5u

タイトル

CcP gateless cavity

要素

Peroxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Model system / Cytochrome c Peroxidase / water / GIST / desolvation / docking / ligand binding

機能・相同性

機能・相同性情報

cytochrome-c peroxidase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.33 Å

データ登録者

Fischer, M. / Shoichet, B.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Testing inhomogeneous solvation theory in structure-based ligand discovery.
著者: Balius, T.E. / Fischer, M. / Stein, R.M. / Adler, T.B. / Nguyen, C.N. / Cruz, A. / Gilson, M.K. / Kurtzman, T. / Shoichet, B.K.

履歴

登録	2016年12月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2017年8月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2017年8月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u5u.cif.gz	190.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u5u.ent.gz	151.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u5u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5u5u_validation.pdf.gz	785.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u5u_full_validation.pdf.gz	786.4 KB	表示
XML形式データ	5u5u_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	5u5u_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/5u5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/5u5u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u5vC 5u5wC 5u5xC 5u5yC 5u5zC 5u60C 5u61C 5ug2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1aeo-d 1aes-d 1ccg-d 3m2a-d 4oq7-d 2euq-d 2aqd-d 2rbu-d 2eur-d 4nvc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peroxidase

ヘテロ分子

33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.007, 74.920, 106.941
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peroxidase 分子量: 32928.582 Da / 分子数: 1 / 変異: P190G, W191G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain RM11-1a) (パン酵母) 株: RM11-1a / 遺伝子: SCRG_04081 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B3LRE1, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-NTN / ISONICOTINAMIDINE / ピリジン-4-カルボアミジン分子量: 121.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₇N₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.38 % / Mosaicity: 0 °
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Compound soaked into crystal grown in equal volume of 500mM MES buffer (pH 6.0) and 25% MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月5日

放射

モノクロメーター: KOHZU DUAL DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1158 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→61.36 Å / Num. obs: 93829 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 11.1 % / B_iso Wilson estimate: 15.02 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 10.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.3-1.33	5.4	1.191	0.701	1	59.8
5.81-50.97	11.6	0.039	0.999	1	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.68 Å	61.36 Å
Translation	6.68 Å	61.36 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.21	データスケーリング
PHASER	2.6.1	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.33→61.36 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.35

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1923	4423	4.95 %
R_work	0.172	-	-
obs	0.173	89439	94.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.49 Å² / B_iso mean: 20.895 Å² / B_iso min: 9.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.33→61.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2371	0	16	333	2720
B_iso mean	-	-	14.92	29.74	-
残基数	-	-	-	-	290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2507
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.162	3410
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	332
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	452
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.12	915

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.33-1.3451	0.357	84	0.35	1874	62
1.3451-1.3609	0.3673	117	0.3398	1986	68
1.3609-1.3775	0.3463	109	0.3231	2167	73
1.3775-1.395	0.3455	124	0.3072	2358	79
1.395-1.4133	0.3339	114	0.3	2529	85
1.4133-1.4327	0.3092	148	0.283	2749	94
1.4327-1.4532	0.3171	131	0.2699	2912	97
1.4532-1.4749	0.2928	144	0.2602	2887	99
1.4749-1.4979	0.2417	141	0.2538	2961	98
1.4979-1.5225	0.2801	137	0.2412	2936	99
1.5225-1.5487	0.2402	167	0.2421	2898	98
1.5487-1.5769	0.2357	155	0.2287	2949	99
1.5769-1.6072	0.2661	144	0.2223	2924	98
1.6072-1.64	0.2346	160	0.2191	2929	99
1.64-1.6757	0.2407	177	0.224	2912	98
1.6757-1.7147	0.2194	144	0.2079	2941	98
1.7147-1.7576	0.2701	153	0.201	2960	99
1.7576-1.8051	0.2583	133	0.1956	2962	99
1.8051-1.8582	0.191	149	0.1892	2951	98
1.8582-1.9182	0.212	162	0.1903	2957	99
1.9182-1.9867	0.2214	181	0.1754	2921	98
1.9867-2.0663	0.1991	152	0.165	2978	99
2.0663-2.1603	0.1748	161	0.1601	2972	99
2.1603-2.2742	0.1626	167	0.1528	2991	99
2.2742-2.4167	0.1682	145	0.1565	3015	99
2.4167-2.6033	0.1743	165	0.1552	2974	99
2.6033-2.8653	0.1545	171	0.1523	3021	99
2.8653-3.2799	0.1872	159	0.1474	3061	100
3.2799-4.1322	0.144	159	0.1349	3101	100
4.1322-61.36	0.157	170	0.1363	3240	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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